Az SNP-k asszociációja a 00511 hosszú intergenikus nem kódoló RNS-ben (LINC00511) az emlőrákkal az egyiptomi lakosság körében

1. Bevezetés 1.1. Háttér: A mellrák (BC) az egyik leggyakoribb rákfajta manapság a nők körében, mivel a becslések szerint minden évben Kr.e. 1,6 millió eset fordul elő szerte a világon. Évente hozzávetőleg 500 000 nő halt meg a BC miatt, így ez a nők rákos halálozásának vezető oka. Ez az összes rákos eset 23%-át és a nők daganatos elhalálozásának 14%-át teszi ki. Ez a gazdaságilag fejlődő országokban a Kr.e. esetek 52%-át és a halálozások 62%-át teszi ki. Egyiptomban a nőknél a leggyakoribb rákbetegség a BC (38,8%), és az életkorral kiigazított ráta 49,6/100 000 népesség. Az emlőrák a hormonok és a HER2 státusz alapján a Luminal A BC (Ösztrogénreceptor(ER)+, Progeszteronreceptor(PR)+/-, Humán epidermális növekedési faktor receptor 2 (HER2) -) , Luminal B BC (ER+) kategóriába sorolható. , PR+/-, HER2 +), HER2 BC (ER-, PR- és HER2+) és hármas negatív BC (TNBC) (ER-, PR- és HER2-). gyógyszerek. A BC áttétes rákká válhat, és átterjedhet olyan távoli szervekbe, mint a csontok, a tüdő és az agy, ami a gyógyíthatatlanság oka. A betegség korai felismerése jó prognózishoz és a túlélési arány növekedéséhez vezet. A hagyományos prognosztikai tényezők, mint például a daganat mérete, a tumor fokozata és a nyirokcsomó-metasztázis állapota, a legfontosabb prognosztikai tényezők a BC esetében. A prognózishoz azonban szükség van a genetikai információk figyelembevételére. Tipikus rákként a BC genetikai és nem genetikai tényezők kölcsönhatása miatt fordul elő.

   Beszámoltak arról, hogy a hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) fontos szerepet játszanak a rák különböző típusaiban, beleértve a BC-t is, a génexpresszió szabályozásán és az epigenetikai aláírásokon keresztül. Az LncRNS-ek 200 nukleotidnál hosszabbak. Az LncRNS-ek különböző biológiai hatásokon mennek keresztül, például szabályozzák az RNS stabilitását, a transzkripciós szabályozást, vázként működnek, RNS-fokozóként, miRNS-szekvesztráláson és irányító fehérje-DNS kölcsönhatáson mennek keresztül. Az LncRNS-ek számos szinten részt vesznek a génexpresszió szabályozásában, beleértve az alternatív splicinget és a fehérje lokalizációjának megváltoztatását, a kromatin módosítását, a transzkripciót és a poszttranszkripciós feldolgozást. Ezenkívül az lncRNS-ek részt vesznek a rák számos jellemzőjében, beleértve az ellenőrizetlen proliferációt, az angiogenezist, a sejthalál és a metasztázis elkerülését. Érdemes megemlíteni, hogy az lncRNS-ek rendellenes expressziója jelentősen hozzájárul a rákérzékenységhez és a progresszióhoz BC esetekben.

   A hosszú intergénikus, nem kódoló RNS 00511 (LINC00511) egy 2265 bp ncRNS, és a 17q24 kromoszómán található. Korábbi tanulmányok kimutatták, hogy onkogén funkciót fejt ki számos rákban, például a BC-ben, a nem-kissejtes tüdőrákban, a petefészekrákban és a gliomában. BC esetekben, mivel onkogén, a LINC00511 elősegíti a tumor növekedését a G1/S átmenet felgyorsításával és az apoptózis gátlásával. Kimutatták, hogy összefüggés van a LINC00511 és a BC növekedése és inváziója között, ahol a LINC00511 és a mikroRNS-185 (miR-185) közötti kompetitív kötődés befolyásolja a BC prognózisát és progresszióját. A LINC00511 szivacs a miR-185-3p-t megakadályozza, hogy ez a miRNS kötődjön a cél-mRNS-hez, így szabad mRNS van jelen, az E2F1 transzkripciós faktor fokozott expressziójával, ami végül elősegíti a BC proliferációját és progresszióját.

   Úgy találták, hogy az lncRNS-ekben lévő genetikai variációk, például az egynukleotidos polimorfizmusok (SNP-k) összefüggésbe hozhatók a rákkal. Befolyásolják a célgének működését a splicing folyamatának és az mRNS konformáció stabilitásának megváltoztatásával, ami a downstream kölcsönható partnereik módosulásához vezet. A mutáns variánsok befolyásolhatják az lncRNS-ek expresszióját és másodlagos szerkezetét, ami befolyásolhatja a miRNS-ek kötőhely(ek) állapotát, továbbá megváltoztathatja a miRNS-ek és az mRNS-ek közötti kölcsönhatást. Az lncRNS-ekben lévő SNP-k az lncRNS funkciójától függően növelhetik vagy csökkenthetik a rák kockázatát, mivel az onkogénként vagy tumorszuppresszor génként működhet, ez egy feltárandó hipotézis. Ezenkívül az lncRNS-ekben lévő SNP-k növelhetik vagy csökkenthetik a rák kockázatát, az SNP-k elhelyezkedésétől függően, ha nem kódoló területen vannak-e vagy sem. Az ilyen lókuszok azonosítása, akár mutánsok, akár nem, részt vesznek a BC progressziójában vagy megelőzésében, fontos kérdés lesz a BC patogenezisének megértésében, valamint a rák diagnózisának, megelőzésének és/vagy kezelésének új célpontjainak felfedezésében.

   1.2 A munka célja Információnyújtás a LINC00511 SNP-k (rs11657109 vagy rs17780195 vagy rs9906859, rs4432291 és rs1558535) BC-érzékenységben betöltött szerepéről.

   1.3 Korábbi tanulmányok eredményei Chong et al. azt találta, hogy összefüggés van a LINC00511 SNP-k és a BC között a kínai populációban. ugyanazokat az asszociációkat vizsgáltuk, de egyiptomi lakosságunkban.

2. Tantárgyak 2.1 Etikai nyilatkozat Az Ain Shams Egyetem Gyógyszerésztudományi Karának felülvizsgálati bizottságának jóváhagyása a Kutatási Etikai Bizottságtól (REC ID 6, dátum: 2020. november 11.). A tanulmány a Helsinki Nyilatkozatának megfelelően készült. Minden résztvevőtől írásos beleegyezést kértek.

   2.2 Teljesítményelemzés és mintaméret számítások A mintaméret kiszámítása a PS: Power and Sample Size Calculations szoftverrel, 3.0.11 verzió MS Windowshoz (William D. Dupont és Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, USA). Az α-hiba szintet 0,05-ben rögzítettük, a teljesítményt 80%-ra állítottuk. A minimális optimális mintanagyság 85 résztvevő legyen SNP-csoportonként.

   2.3 A vizsgálatban résztvevőket két fő csoportba soroljuk

   • Esetcsoport n = 267, BC nőbetegek a National Rákkutató Intézetből (NCI), Kairó, Egyiptom.
   • Kontrollcsoport n=150, egészséges női önkéntesek. A klinikai adatokat az orvosi feljegyzésekből és az eredeti patológiai jelentésekből nyertük. A következő adatparamétereket rögzítettük és értékeltük: a beteg életkora, a daganat mérete (mammográfiás vagy mágneses rezonancia technikával meghatározott átmérő (mm vagy cm) a diagnóziskor), kezdeti tumorstádium, BIRAD-ok osztályozása az American College of Radiology szerint és csomóponti állapot az American Joint Committee on Cancer (AJCC) TNM osztályozása szerint.
3. Módszerek 3.1 Vérmintavétel Vérmintákat (5 ml) vettünk a kontrolloktól és a BC betegektől EDTA antikoaguláns vakutainereken, és -20ºC-on tároltuk a biokémiai értékelésig.

3.2 A biokémiai értékelést az Egyiptomi Brit Egyetem Gyógyszerészeti Karának Farmakológiai és Biokémiai Tanszékének Laboratóriumában és az Ain Shams Egyetem Gyógyszerésztudományi Karának Advanced Biochemistry Kutatólaboratóriumában végezték el.

3.3 DNS kivonás DNS extrakciós készlet (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Kat. No. 51104; Zymo Research, USA) segítségével EDTA antikoaguláns vakutainereken gyűjtött teljes vérből DNS-t vontak ki a gyártó utasításai szerint.

3.4 A DNS mennyiségi meghatározása Quawell UV-Vis spektrofotométer Q5000 (USA) segítségével végeztük. 3.5 SNP-k genotipizálása A TaqMan® SNP genotipizálási vizsgálatot a LINC00511 polimorfizmusok (rs11657109 vagy rs17780195 vagy rs9906859 vagy S4432291 vagy S4432291, UNG-Universal) és a MirO Fishmoficien, valamint a No USAcient rs1558535 segítségével történő genotipizálására használták. Plus™ qPCR rendszer (alkalmazva Biosystems, USA).

3.6 Statisztikai elemzés Az összes statisztikai elemzés elvégzéséhez Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 szoftvert és SHEsis szoftvert használtunk. Student-féle t-próbát és χ 2 próbát használtunk az esetek és a kontrollcsoportok kvantitatív és kvalitatív változóinak összehasonlítására. Logisztikus regressziót alkalmaztunk a LINC00511 SNP-k és a BC-érzékenység közötti összefüggés kiderítésére. Rétegzett elemzést alkalmaztunk a LINC00511 SNP-k és a BC-érzékenység közötti kapcsolat további vizsgálatára. A BC-érzékenység és a LINC00511 SNP-k közötti kapcsolat további megismeréséhez rétegzett elemzést használtunk. A haplotípus-analízishez SHEsis szoftvert használtunk a vizsgált SNP-k együttes hatásának tesztelésére.

A 0,05-nél kisebb vagy azzal egyenlő P-értékű elemzéseket statisztikailag szignifikánsnak tekintettük.