Sammenslutning af SNP'er i lang intergenisk ikke-kodende RNA 00511 (LINC00511) med brystkræft blandt den egyptiske befolkning

1. Indledning 1.1. Baggrund: Brystkræft (BC) er en af ​​de mest almindelige kræftformer hos kvinder i dag, da det anslås, at 1,6 millioner BC-tilfælde opstår rundt om i verden hvert år. Der var cirka 500.000 kvinder, der dør på grund af BC årligt, hvilket gør det til en førende årsag til kræftdødelighed blandt kvinder. Det repræsenterer 23 % af de samlede kræfttilfælde og 14 % af kræftdødsfaldene hos kvinder. Det repræsenterer 52 % af BC-tilfældene og 62 % af dødsfaldene i økonomisk udviklingslande. I Egypten er BC rapporteret at være den hyppigste kræftsygdom hos kvinder (38,8%), og den aldersjusterede frekvens for BC er 49,6 pr. 100.000 befolkning. Brystkræft kan klassificeres baseret på hormoner og HER2-status til Luminal A BC (østrogenreceptor(ER) + , progesteronreceptor(PR) +/- , human epidermal vækstfaktor receptor 2 (HER2) -), Luminal B BC (ER+) , PR+/-, HER2+), HER2 BC (ER-, PR- og HER2+) og Triple negative BC (TNBC) (ER-, PR- og HER2-). TNBC er en aggressiv cancer på grund af sin tilbagevenden og færre målrettede lægemidler. BC kan blive en metastaserende kræftsygdom og overføres til fjerne organer såsom knogler, lunger og hjerne, hvilket er årsagen til dets uhelbredelighed. Tidlig diagnosticering af sygdommen fører til god prognose og øger overlevelsesraten. Traditionelle prognostiske faktorer, såsom tumorstørrelse, tumorgrad og lymfeknudemetastasestatus, er de vigtigste prognostiske faktorer for BC. Det er dog nødvendigt at inkludere den genetiske information i prognosen. Som en typisk kræftsygdom opstår BC på grund af samspillet mellem genetiske og ikke-genetiske faktorer.

   Det er blevet rapporteret, at lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) spiller en vigtig rolle i forskellige typer kræft, herunder BC, gennem regulering af genekspression og epigenetiske signaturer. LncRNA'er er mere end 200 nukleotider lange. LncRNA'er gennemgår forskellige biologiske handlinger, såsom regulering af RNA-stabilitet, transkriptionel regulering, fungerer som et stillads, RNA-forstærker, miRNA-sekvestrering og vejledende protein-DNA-interaktion. LncRNA'er er impliceret i genekspressionsregulering på mange niveauer, herunder alternativ splejsning og ændring af proteinlokalisering, kromatinmodifikation, transkription og post-transkriptionel behandling. Desuden er lncRNA'er involveret i adskillige kendetegn ved cancer, herunder ukontrolleret spredning, angiogenese, undvigelse af celledød og metastaser. Det er bemærkelsesværdigt at nævne, at unormal ekspression af lncRNA'er bidrager væsentligt til cancermodtagelighed og progression i BC-tilfælde.

   Langt intergent ikke-kodende RNA 00511 (LINC00511) er et 2265 bp ncRNA og er placeret på kromosom 17q24. Tidligere undersøgelser viste, at det udøver en onkogen funktion i mange kræftformer, såsom BC, ikke-småcellet lungekræft, ovariecancer og gliom. I tilfælde af BC, som er onkogen, fremmer LINC00511 tumorvækst ved at accelerere G1/S-overgangen og hæmme apoptose. Det er blevet påvist, at der er en sammenhæng mellem LINC00511 og BC vækst og invasion, hvor kompetitiv binding mellem LINC00511 og microRNA-185 (miR-185) påvirker BC prognose og progression. LINC00511 svampe miR-185-3p, der forhindrer dette miRNA i at binde til dets mål-mRNA, og derfor er frit mRNA der, med mere ekspression af transkriptionsfaktoren E2F1, som i sidste ende fremmer BC-proliferation og progression.

   Genetiske variationer såsom enkeltnukleotidpolymorfier (SNP'er) i lncRNA'er har vist sig at være forbundet med cancer. De påvirker funktionen af ​​målgener gennem ændringen af ​​splejsningsprocessen og stabiliteten af ​​mRNA-konformation, hvilket fører til modifikation af deres nedstrøms interagerende partnere. Mutante varianter kan påvirke ekspressionen og den sekundære struktur af lncRNA'er, hvilket kan påvirke status for bindingsstedet/bindingsstederne for miRNA'er, og desuden ændre interaktionen mellem miRNA'er og mRNA'er. SNP'er i lncRNA'er kan øge eller reducere risikoen for kræft, afhængigt af funktionen af ​​lncRNA, da det kan fungere som onkogen eller tumorsuppressorgen, en hypotese, der skal undersøges. Desuden kan SNP'er i lncRNA'er øge eller reducere risikoen for kræft, afhængigt af placeringen af ​​disse SNP'er, hvis de er i et ikke-kodende område eller ej. Identifikation af sådanne loci, hvis mutant eller ej, involveret i BC progression eller forebyggelse, vil være et vigtigt spørgsmål for at forstå BC patogenese såvel som for at opdage nye mål for cancerdiagnose, forebyggelse og/eller behandling.

   1.2 Arbejdets formål At give oplysninger om LINC00511 SNP'ers (rs11657109 eller rs17780195 eller rs9906859, rs4432291 og rs1558535) rolle i BC modtagelighed.

   1.3 Tidligere undersøgelsesfund Chong et al. fandt, at der var en sammenhæng mellem LINC00511 SNP'er og BC i den kinesiske befolkning. vi studerede de samme associationer, men i vores egyptiske befolkning.

2. Emner 2.1 Etikerklæring En etisk godkendelse blev opnået fra Ain Shams University, Det Farmaceutiske Fakultets bedømmelsesudvalg, godkendelse af forskningsetiske udvalg (REC ID 6, dato: 11. november 2020). Undersøgelsen blev udført i overensstemmelse med Helsinki-erklæringens retningslinjer. Der blev taget et skriftligt informeret samtykke fra alle deltagere.

   2.2 Effektanalyse og prøvestørrelsesberegninger Prøvestørrelsesberegning blev udført ved hjælp af PS: Software til beregning af strøm og prøvestørrelse, version 3.0.11 til MS Windows (William D. Dupont og Walton D., Vanderbilt University, Nashville, Tennessee, USA). α-fejlniveauet blev fastsat til 0,05, effekten blev sat til 80%. Den minimale optimale stikprøvestørrelse bør være 85 deltagere for hver SNP-gruppe.

   2.3 Studiedeltagere vil blive klassificeret i to hovedgrupper

   • Casegruppe n= 267, BC kvindelige patienter fra National Cancer Institute (NCI), Cairo, Egypten.
   • Kontrolgruppe n= 150, raske kvindelige frivillige. Kliniske data blev indhentet fra lægejournaler og de originale patologirapporter. Følgende dataparametre blev registreret og vurderet: patientens alder, tumorstørrelse (defineret ved mammografi eller magnetiske resonansteknikkers diameter (mm eller cm) ved diagnose), initial tumorstadie, BIRADs klassificering i henhold til American College of Radiology og nodalstatus ifølge TNM-klassificeringen af ​​American Joint Committee on Cancer (AJCC).
3. Metoder 3.1 Blodprøvetagning Blodprøver (5 ml) blev opsamlet fra kontroller og BC-patienter på EDTA antikoagulerende vacutainere og opbevaret ved -20ºC indtil biokemisk vurdering.

3.2 Biokemisk vurdering blev udført i laboratoriet for farmakologi og biokemisk afdeling ved Det Farmaceutiske Fakultet, The British University i Egypten og Advanced biochemistry research lab ved det farmaceutiske fakultet, Ain Shams University.

3.3 DNA-ekstraktion Et DNA-ekstraktionssæt (QIAamp DNA Blood Mini Kit) (Kat. nr. 51104; Zymo Research, USA) blev brugt til at ekstrahere DNA fra fuldblod opsamlet på EDTA antikoagulerende vacutainere i henhold til producentens instruktioner.

3.4 DNA-kvantificering Det blev udført med et Quawell UV-Vis spektrofotometer Q5000 (USA). 3.5 SNP'er Genotyping TaqMan® SNP genotypebestemmelsesanalyse blev brugt til at udføre genotypebestemmelse for LINC00511 polymorfismer (rs11657109 eller rs17780195 eller rs9906859 eller rs4432291 og rs15585, Universal, Fishermo) og StepOnePlus™ qPCR-system (anvendt Biosystems, USA).

3.6 Statistisk analyse Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) v.23.0 software og SHEsis software blev brugt til at udføre alle statistiske analyser. Elevens t-test og χ 2 test blev brugt til at sammenligne kvantitative og kvalitative variable mellem henholdsvis case- og kontrolgrupper. Logistisk regression blev anvendt for at finde ud af sammenhængen mellem LINC00511 SNP'er og BC modtagelighed. En stratificeret analyse blev anvendt til yderligere at undersøge forholdet mellem LINC00511 SNP'er og BC-følsomhed. For at finde ud af mere om forholdet mellem BC-følsomhed og LINC00511 SNP'er blev en stratificeret analyse brugt. SHEsis-software blev brugt til at lave haplotypeanalysen for at teste den kombinerede effekt af de undersøgte SNP'er.

Analyser med P-værdi mindre end eller lig med 0,05 blev betragtet som statistisk signifikante.