耶氏肺孢子菌基因分型
实时肺孢子虫基因分型支持医院暴发管理中的临床决策
我们与微生物共同生活,如果一个人健康且免疫系统正常,这些微生物通常不会造成问题。 然而,如果免疫系统功能不正常(例如癌症患者),他们就有感染的风险。 一种名为耶氏肺孢子虫 (PCP) 的真菌微生物可以在免疫系统功能正常的患者中引起严重的胸部感染,如果不及时治疗,会导致住院甚至死亡。 如果患者的免疫系统仍然缺乏功能,他们就有更大的机会重复感染。
五氯苯酚通过空气在人与人之间传播,并且可以在环境表面生存。 患者接触这些表面后可能会被感染。 医院有责任确保感染 PCP 的患者不会将其传染给其他不适的患者。 在五氯苯酚感染了多名患者的情况下,了解相同的真菌是否在患者之间传播(或传播)对于了解医院是否爆发疫情至关重要。 了解 PCP 菌株的相似性(相关性)使医护人员能够检测患者或环境之间的任何传播。
为了了解每位患者 PCP 感染的相关性,我们将利用称为多位点序列分型 (MLST) 的实验室测试。 该测试使用脱氧核糖核酸 (DNA) 测序来查看真菌遗传密码的部分,以创建一个代码(基因型),该代码告诉我们一个 PCP 与其他测试的相关性如何,从而可以在患者之间进行比较并最终发现传播情况。
我们的目标是使用 PCP 阳性患者样本开发此测序测试,并确保其符合高质量标准。 来自 70 名已知 PCP 阳性患者样本的剩余材料将进行测试。 我们将对每个样本进行分析,以确定 DNA 基因型是否与我们测试过的其他患者样本匹配或相似,从而帮助了解 PCP 如何在患者之间传播。
研究概览
地位
条件
详细说明
我们与微生物共同生活,如果一个人健康且免疫系统正常,这些微生物通常不会造成问题。 然而,如果免疫系统功能不正常(例如癌症患者),他们就有感染的风险。 一种名为耶氏肺孢子虫 (PCP) 的真菌微生物可以在免疫系统功能正常的患者中引起严重的胸部感染,如果不及时治疗,会导致住院甚至死亡。 如果患者的免疫系统仍然缺乏功能,他们就有更大的机会重复感染。
五氯苯酚通过空气在人与人之间传播,并且可以在环境表面生存。 患者接触这些表面后可能会被感染。 医院有责任确保感染 PCP 的患者不会将其传染给其他不适的患者。 在五氯苯酚感染了多名患者的情况下,了解相同的真菌是否在患者之间传播(或传播)对于了解医院是否爆发疫情至关重要。 了解 PCP 菌株的相似性(相关性)使医护人员能够检测患者或环境之间的任何传播。
为了了解每位患者 PCP 感染的相关性,我们将利用称为多位点序列分型 (MLST) 的实验室测试。 该测试使用脱氧核糖核酸 (DNA) 测序来查看真菌遗传密码的部分,以创建一个代码(基因型),该代码告诉我们一个 PCP 与其他测试的相关性如何,从而可以在患者之间进行比较并最终发现传播情况。
我们的目标是使用 PCP 阳性患者样本开发此测序测试,并确保其符合高质量标准。 来自 70 名已知 PCP 阳性患者样本的剩余材料将进行测试。 我们将对每个样本进行分析,以确定 DNA 基因型是否与我们测试过的其他患者样本匹配或相似,从而帮助了解 PCP 如何在患者之间传播。
研究类型
注册 (估计的)
参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
描述
纳入标准:
- 从常规呼吸系统检测中 PCP 诊断呈阳性(检测浓度 > 50 拷贝/10ul)的成年患者(18 岁以上)中提取总核酸。
排除标准:
- 常规呼吸系统检测结果 PCP 诊断呈阴性的患者的总核酸提取物
- 非成人患者(18 岁以下)的总核酸提取物。
- PCP 阳性总核酸提取物样品 < 50 拷贝/10ul。
- 患者被列入英国国家选择退出登记册
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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目标 1:在 NUH 内开发 MLST PCP 基因分型测定法。
大体时间:18个月
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Pasic 等人(2020)之前发布的使用等位基因 β-TUB、CYB、mt26S 和 SOD 的 MLST 方案将进行评估,并对每个等位基因进行优化和验证以实现目标 2。
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18个月
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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目标 2:分析 PCP 阳性患者样本并识别 PCP 基因型,评估患者元数据和基因型之间的联系
大体时间:18个月
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成功实施 MLST 检测后,将使用 MLST 检测对多达 70 个已知 PCP 阳性总核酸样本进行检测。
将鉴定基因型并进行系统发育分析以评估群体的相关性。
由此,我们将使用患者元数据和医院病床移动/诊所就诊来评估患者之间可能的传播事件。
此外,数据分析将有助于了解某些 PCP 基因型是否更有可能发生在特定患者群体中,以及是否与疾病严重程度、死亡率和传播存在联系。
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18个月
|
合作者和调查者
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (估计的)
初级完成 (估计的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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