Pneumocystis Jirovecii Genotyping

Vi deler livene våre med mikroorganismer, og disse utgjør vanligvis ikke et problem hvis en person er frisk med et normalt immunsystem. Men hvis immunsystemet ikke fungerte som det skal (f.eks. kreftpasienter), er de i fare for infeksjon. En mikroorganisme, en sopp kalt Pneumocystis jirovecii (PCP), kan forårsake alvorlige brystinfeksjoner hos pasienter uten riktig fungerende immunsystem, noe som kan føre til sykehusinnleggelse og død hvis den ikke behandles. Hvis pasienter forblir uten et fungerende immunsystem, har de større sjanse for gjentatt infeksjon.

PCP sprer seg gjennom luft fra person til person og kan overleve på miljøoverflater. Pasienter kan bli smittet etter kontakt med disse overflatene. Sykehus har et ansvar for å sikre at PCP-infiserte pasienter ikke overfører det til andre syke pasienter. I tilfeller der PCP har infisert flere pasienter, er det viktig å vite om den samme soppen har blitt ført videre (eller overført) fra pasient til pasient for å forstå om det er et utbrudd på sykehuset. Å forstå hvor lik (slektskapet) PCP-stammen er, gjør det mulig for helsepersonell å oppdage enhver overføring mellom pasienter eller miljøet.

For å forstå hvor relatert hver pasients PCP-infeksjon er, vil vi bruke en laboratorietest kalt multilocus sequence typing (MLST). Denne testen ser på deler av soppens genetiske kode ved å bruke deoksyribonukleinsyre (DNA)-sekvensering for å lage en kode (genotype) som forteller oss hvor relatert en PCP er til andre testede, noe som tillater sammenligning mellom pasienter og til slutt oppdage overføring.

Vårt mål er å utvikle denne sekvenseringstesten ved å bruke PCP-positive pasientprøver og sikre at den yter til høykvalitetsstandarder. Overskuddsmateriale fra sytti kjente PCP-positive pasientprøver vil bli testet. Hver prøve vil bli analysert for å se om DNA-genotypen samsvarer med eller ligner på andre pasientprøver vi har testet, noe som bidrar til å forstå hvordan PCP kan spre seg mellom pasienter.