Pneumocystis Jirovecii Genotyping

Vi deler vores liv med mikroorganismer, og disse udgør generelt ikke et problem, hvis et individ er sundt med et normalt immunsystem. Men hvis immunsystemet ikke fungerede korrekt (f.eks. kræftpatienter), er de i risiko for infektion. En mikroorganisme, en svamp kaldet Pneumocystis jirovecii (PCP), kan forårsage alvorlige brystinfektioner hos patienter uden korrekt fungerende immunsystem, hvilket fører til hospitalsindlæggelse og død, hvis de ikke behandles. Hvis patienter forbliver uden et fungerende immunsystem, har de større chance for gentagen infektion.

PCP spredes gennem luften fra person til person og kan overleve på miljømæssige overflader. Patienter kan blive smittet efter kontakt med disse overflader. Hospitaler har et ansvar for at sikre, at PCP-inficerede patienter ikke giver det videre til andre syge patienter. I tilfælde, hvor PCP har inficeret flere patienter, er det vigtigt at vide, om de samme svampe er blevet videregivet (eller overført) fra patient til patient, for at forstå, om der er et udbrud på hospitalet. At forstå, hvor ens (sammenhængen) PCP-stammen er, gør det muligt for sundhedspersonale at opdage enhver overførsel mellem patienter eller miljøet.

For at forstå, hvor relateret hver patients PCP-infektion er, vil vi bruge en laboratorietest kaldet multilocus-sekvenstypning (MLST). Denne test ser på sektioner af svampens genetiske kode ved hjælp af deoxyribonukleinsyre (DNA) sekventering til at skabe en kode (genotype), som fortæller os, hvor relateret en PCP er til andre testede, hvilket muliggør sammenligning mellem patienter og i sidste ende spotte transmission.

Vores mål er at udvikle denne sekventeringstest ved hjælp af PCP-positive patientprøver og sikre, at den lever op til høje kvalitetsstandarder. Overskudsmateriale fra halvfjerds kendte PCP-positive patientprøver vil blive testet. Hver prøve vil blive analyseret for at se, om DNA-genotypen matcher eller ligner andre patientprøver, vi har testet, hvilket hjælper med at forstå, hvordan PCP kan spredes mellem patienter.