Genotypizace Pneumocystis Jirovecii

Sdílíme svůj život s mikroorganismy a ty obecně nepředstavují problém, pokud je jedinec zdravý s normálním imunitním systémem. Pokud však imunitní systém nefungoval správně (např. pacienti s rakovinou), jsou vystaveni riziku infekce. Jeden mikroorganismus, houba zvaná Pneumocystis jirovecii (PCP), může způsobit závažné infekce hrudníku u pacientů bez správně fungujícího imunitního systému, což vede k hospitalizaci a smrti, pokud se neléčí. Pokud pacienti zůstanou bez fungujícího imunitního systému, mají větší šanci na opakovanou infekci.

PCP se šíří vzduchem z člověka na člověka a může přežívat na površích životního prostředí. Pacienti se mohou nakazit po kontaktu s těmito povrchy. Nemocnice mají povinnost zajistit, aby pacienti infikovaní PCP nepřenesli je na jiné nemocné pacienty. V případech, kdy PCP infikovalo více pacientů, je důležité vědět, zda byly stejné houby přeneseny (nebo přeneseny) z pacienta na pacienta, abychom pochopili, zda v nemocnici došlo k propuknutí. Pochopení toho, jak podobný (příbuznost) je kmen PCP, umožňuje zdravotnickým pracovníkům detekovat jakýkoli přenos mezi pacienty nebo prostředím.

Abychom pochopili, jak souvisí infekce PCP u každého pacienta, použijeme laboratorní test nazvaný multilocus sekvenční typování (MLST). Tento test se zaměřuje na části genetického kódu houby pomocí sekvenování deoxyribonukleové kyseliny (DNA) k vytvoření kódu (genotypu), který nám říká, jak souvisí jeden PCP s ostatními testovanými, což umožňuje srovnání mezi pacienty a nakonec zaznamená přenos.

Naším cílem je vyvinout tento sekvenační test s použitím vzorků pacientů pozitivních na PCP a zajistit, aby fungoval podle standardů vysoké kvality. Bude testován přebytečný materiál ze sedmdesáti známých PCP pozitivních vzorků pacientů. Každý vzorek bude analyzován, abychom zjistili, zda se genotyp DNA shoduje nebo je podobný jiným vzorkům pacientů, které jsme testovali, což pomůže pochopit, jak se PCP může šířit mezi pacienty.