Генотипирование Pneumocystis Jirovecii

Мы разделяем нашу жизнь с микроорганизмами, и они обычно не представляют проблемы, если человек здоров и имеет нормальную иммунную систему. Однако если иммунная система не функционирует должным образом (например, у больных раком), они подвергаются риску заражения. Один микроорганизм, гриб под названием Pneumocystis jirovecii (PCP), может вызывать тяжелые инфекции дыхательных путей у пациентов с недостаточно функционирующей иммунной системой, что приводит к госпитализации и смерти при отсутствии лечения. Если пациенты остаются без функционирующей иммунной системы, у них увеличивается вероятность повторного заражения.

ПХФ передается воздушно-капельным путем от человека к человеку и может сохраняться на поверхностях окружающей среды. Пациенты могут заразиться после контакта с этими поверхностями. Больницы обязаны следить за тем, чтобы пациенты, инфицированные ПЦП, не передавали инфекцию другим больным пациентам. В случаях, когда PCP заразил нескольких пациентов, знание того, передавался ли один и тот же грибок от пациента к пациенту, имеет жизненно важное значение для понимания того, произошла ли вспышка в больнице. Понимание того, насколько схож (родственность) штамм PCP, позволяет медицинским работникам обнаружить любую передачу инфекции между пациентами или окружающей средой.

Чтобы понять, насколько связана инфекция PCP у каждого пациента, мы будем использовать лабораторный тест, называемый мультилокусным типированием последовательностей (MLST). В этом тесте изучаются участки генетического кода грибов с использованием секвенирования дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) для создания кода (генотипа), который говорит нам, насколько связан один PCP с другими протестированными, что позволяет сравнивать пациентов и, в конечном итоге, выявлять передачу.

Наша цель — разработать этот тест секвенирования с использованием образцов пациентов, положительных на PCP, и обеспечить его соответствие высоким стандартам качества. Будут проверены излишки материала семидесяти известных образцов пациентов с положительными реакциями на PCP. Каждый образец будет проанализирован, чтобы определить, соответствует ли генотип ДНК или похож на другие образцы пациентов, которые мы тестировали, что поможет понять, как PCP может распространяться между пациентами.