Genotipizzazione di Pneumocystis Jirovecii

Condividiamo la nostra vita con microrganismi e questi generalmente non rappresentano un problema se un individuo è sano con un sistema immunitario normale. Tuttavia, se il sistema immunitario non funziona correttamente (ad esempio, i malati di cancro), sono a rischio di infezione. Un microrganismo, un fungo chiamato Pneumocystis jirovecii (PCP), può causare gravi infezioni al torace in pazienti senza un sistema immunitario adeguatamente funzionante, portando al ricovero in ospedale e alla morte se non trattato. Se i pazienti rimangono senza un sistema immunitario funzionante, hanno maggiori probabilità di contrarre nuovamente l’infezione.

Il PCP si diffonde nell'aria da persona a persona e può sopravvivere sulle superfici ambientali. I pazienti possono essere infettati dopo il contatto con queste superfici. Gli ospedali hanno la responsabilità di garantire che i pazienti infetti da PCP non lo trasmettano ad altri pazienti malati. Nei casi in cui il PCP ha infettato più pazienti, sapere se gli stessi funghi sono stati trasmessi (o trasmessi) da paziente a paziente è fondamentale per capire se c'è un'epidemia in ospedale. Comprendere quanto sia simile (la parentela) il ceppo PCP consente agli operatori sanitari di rilevare qualsiasi trasmissione tra pazienti o nell’ambiente.

Per capire quanto sia correlata l'infezione da PCP di ciascun paziente, utilizzeremo un test di laboratorio chiamato tipizzazione sequenziale multilocus (MLST). Questo test esamina sezioni del codice genetico dei funghi utilizzando il sequenziamento dell'acido desossiribonucleico (DNA) per creare un codice (genotipo) che ci dice quanto è correlato un PCP agli altri testati, consentendo il confronto tra i pazienti e infine l'individuazione della trasmissione.

Il nostro obiettivo è sviluppare questo test di sequenziamento utilizzando campioni di pazienti positivi al PCP e garantire che funzioni secondo standard di alta qualità. Verrà analizzato il materiale in eccesso proveniente da settanta campioni di pazienti positivi alla PCP. Ogni campione verrà analizzato per vedere se il genotipo del DNA corrisponde o è simile ad altri campioni di pazienti che abbiamo testato, aiutando a capire come il PCP può diffondersi tra i pazienti.