Génotypage de Pneumocystis Jirovecii

Nous partageons notre vie avec des micro-organismes, et ceux-ci ne posent généralement pas de problème si un individu est en bonne santé et possède un système immunitaire normal. Cependant, si le système immunitaire ne fonctionne pas correctement (par exemple, chez les patients atteints de cancer), ils courent un risque d’infection. Un micro-organisme, un champignon appelé Pneumocystis jirovecii (PCP), peut provoquer de graves infections pulmonaires chez les patients dont le système immunitaire ne fonctionne pas correctement, entraînant une hospitalisation et la mort s'il n'est pas traité. Si les patients ne disposent pas d’un système immunitaire fonctionnel, ils courent un plus grand risque d’infection répétée.

Le PCP se propage par voie aérienne d’une personne à l’autre et peut survivre sur les surfaces environnementales. Les patients peuvent être infectés après un contact avec ces surfaces. Les hôpitaux ont la responsabilité de garantir que les patients infectés par la PCP ne la transmettent pas à d'autres patients malades. Dans les cas où la PCP a infecté plusieurs patients, il est essentiel de savoir si les mêmes champignons ont été transmis (ou transmis) d’un patient à l’autre pour comprendre s’il y a une épidémie dans l’hôpital. Comprendre à quel point la souche PCP est similaire (la parenté) permet aux travailleurs de la santé de détecter toute transmission entre les patients ou l'environnement.

Pour comprendre le lien entre l'infection à PCP de chaque patient, nous utiliserons un test de laboratoire appelé typage séquentiel multilocus (MLST). Ce test examine des sections du code génétique du champignon en utilisant le séquençage de l'acide désoxyribonucléique (ADN) pour créer un code (génotype) qui nous indique le degré de parenté d'un PCP avec d'autres testés, permettant ainsi la comparaison entre les patients et, finalement, la détection de la transmission.

Notre objectif est de développer ce test de séquençage en utilisant des échantillons de patients positifs à la PCP et de garantir qu'il répond à des normes de qualité élevées. Le matériel excédentaire provenant de soixante-dix échantillons de patients positifs au PCP connus sera testé. Chaque échantillon sera analysé pour voir si le génotype de l'ADN correspond ou est similaire à d'autres échantillons de patients que nous avons testés, aidant ainsi à comprendre comment la PCP peut se propager entre les patients.