Pneumocystis Jirovecii Genotypering

We delen ons leven met micro-organismen, en deze vormen over het algemeen geen probleem als een individu gezond is en een normaal immuunsysteem heeft. Als het immuunsysteem echter niet goed functioneerde (bijvoorbeeld bij kankerpatiënten), lopen ze risico op infectie. Eén micro-organisme, een schimmel genaamd Pneumocystis jirovecii (PCP), kan ernstige luchtweginfecties veroorzaken bij patiënten zonder goed functionerend immuunsysteem, wat kan leiden tot ziekenhuisopname en overlijden als het niet wordt behandeld. Als patiënten geen functionerend immuunsysteem hebben, hebben ze een grotere kans op herhaalde infecties.

PCP verspreidt zich via de lucht van persoon tot persoon en kan overleven op omgevingsoppervlakken. Patiënten kunnen na contact met deze oppervlakken besmet raken. Ziekenhuizen hebben de verantwoordelijkheid ervoor te zorgen dat PCP-geïnfecteerde patiënten dit niet doorgeven aan andere zieke patiënten. In gevallen waarin PCP meerdere patiënten heeft geïnfecteerd, is het van cruciaal belang om te weten of dezelfde schimmels van patiënt op patiënt zijn doorgegeven (of overgedragen) om te kunnen begrijpen of er een uitbraak in het ziekenhuis plaatsvindt. Door te begrijpen hoe vergelijkbaar (de verwantschap) de PCP-stam is, kunnen zorgverleners elke overdracht tussen patiënten of de omgeving detecteren.

Om te begrijpen hoe gerelateerd de PCP-infectie van elke patiënt is, zullen we een laboratoriumtest gebruiken die multilocus sequence typering (MLST) wordt genoemd. Bij deze test wordt gekeken naar delen van de genetische code van de schimmel met behulp van deoxyribonucleïnezuur (DNA) sequencing om een ​​code (genotype) te creëren die ons vertelt hoe gerelateerd één PCP is aan andere geteste PCP's, waardoor vergelijking tussen patiënten mogelijk wordt en uiteindelijk de overdracht kan worden opgespoord.

Ons doel is om deze sequencing-test te ontwikkelen met behulp van PCP-positieve patiëntmonsters en ervoor te zorgen dat deze volgens hoge kwaliteitsnormen presteert. Overtollig materiaal van zeventig bekende PCP-positieve patiëntenmonsters zal worden getest. Elk monster zal worden geanalyseerd om te zien of het DNA-genotype overeenkomt met of vergelijkbaar is met andere patiëntmonsters die we hebben getest, om te helpen begrijpen hoe PCP zich tussen patiënten kan verspreiden.