Pneumocystis Jirovecii genotypning

Vi delar våra liv med mikroorganismer, och dessa utgör i allmänhet inga problem om en individ är frisk med ett normalt immunförsvar. Men om immunsystemet inte fungerade ordentligt (t.ex. cancerpatienter) löper de risk för infektion. En mikroorganism, en svamp som kallas Pneumocystis jirovecii (PCP), kan orsaka allvarliga bröstinfektioner hos patienter utan korrekt fungerande immunsystem, vilket leder till sjukhusvistelse och död om den inte behandlas. Om patienter förblir utan fungerande immunförsvar har de större chans att få upprepade infektioner.

PCP sprids genom luften från person till person och kan överleva på miljöytor. Patienter kan bli smittade efter kontakt med dessa ytor. Sjukhus har ett ansvar att se till att PCP-infekterade patienter inte överför det till andra sjuka patienter. I de fall där PCP har infekterat flera patienter är det viktigt att veta om samma svampar har förts vidare (eller överförts) från patient till patient för att förstå om det finns ett utbrott på sjukhuset. Att förstå hur lik (släktskapet) PCP-stammen är gör det möjligt för vårdpersonal att upptäcka all överföring mellan patienter eller miljön.

För att förstå hur relaterad varje patients PCP-infektion är kommer vi att använda ett laboratorietest som kallas multilocus sequence typing (MLST). Detta test tittar på sektioner av svampens genetiska kod med hjälp av deoxiribonukleinsyra (DNA) sekvensering för att skapa en kod (genotyp) som berättar hur relaterad en PCP är till andra testade, vilket möjliggör jämförelse mellan patienter och i slutändan observation av överföring.

Vårt mål är att utveckla detta sekvenseringstest med PCP-positiva patientprover och säkerställa att det fungerar enligt högkvalitativa standarder. Överskottsmaterial från sjuttio kända PCP-positiva patientprover kommer att testas. Varje prov kommer att analyseras för att se om DNA-genotypen matchar eller liknar andra patientprover vi har testat, vilket hjälper till att förstå hur PCP kan spridas mellan patienter.