Diagnostická odysea: sekvenování celého genomu (WGS)

Cílem tohoto společného výzkumu je studovat lidské genomy u dětí s podezřením na vrozené onemocnění, mnohočetné vrozené anomálie a/nebo multiorgánové onemocnění neznámé etiologie, abychom pochopili potenciální hodnotu WGS při stanovení genetické diagnózy. Studie bude zkoumat četnost diagnóz, změny v klinické péči v důsledku genetické diagnózy, ekonomiku zdraví včetně potenciální nákladové efektivity WGS a zkušenosti pacientů a poskytovatelů s genomickou medicínou. Pro usnadnění interpretace laboratorních dat budou shromažďovány i další klinické informace typu shromážděných ošetřujícími lékaři a uložených v elektronických lékařských záznamech. Účastníci budou také požádáni, aby souhlasili s budoucím přístupem k lékařskému záznamu, budoucím výzkumem biovzorků a dat generovaných genomickým sekvenováním a se schopností opětovného kontaktu.

V rámci tohoto úsilí plánuje Nicklaus Children's Hospital vytvořit velkou integrovanou databázi, která obsahuje sekvence DNA celých lidských genomů účastníků a další zdravotní informace týkající se charakteristik a zdraví osob, jejichž vzorky byly sekvenovány. Vědci se pak mohou pomocí databáze pokusit spojit tyto vlastnosti, nemoci a další stavy se změnami v sekvenci genomu. Nicklaus Children's Hospital plánuje zpřístupnit databázi svým spolupracovníkům, jako jsou RCIGM, farmaceutické a biotechnologické společnosti a další akademické instituce, které využijí databázi k nalezení lepších, inovativních způsobů prevence, diagnostiky a léčby rakoviny a dalších nemocí. Neidentifikovaná data z této studie budou sdílena s širokou komunitou, včetně publikací a veřejných databází. Kromě toho budou mít účastníci možnost povolit zařazení biovzorků (tj. zbytkové krve, slin, mozkomíšního moku atd.) do bioúložišť v Nicklaus Children's Hospital a Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Studie poskytne klinicky laboratorně potvrzené výsledky související s fenotypem postiženého pacienta, včetně volitelných náhodných nálezů, pokud se subjekty nerozhodnou pro tyto dodatečné výsledky, aby bylo možné tyto výsledky výzkumu použít v klinické péči. Kromě toho bude tato studie shromažďovat údaje týkající se standardního klinického genetického testování a také nákladových opatření, aby nejen identifikovala rozdíly v diagnostice, diagnostické přesnosti a časech do diagnóz, ale také určila nákladovou efektivitu tohoto testování a následných změn v řízení péče. . Klinická užitečnost bude definována jako změny v péči, které vyplývají přímo z výsledků genetického testování (pozitivních i negativních), včetně standardních klinických testů a WGS. Tato data budou použita k dalšímu zkoumání analytické, diagnostické a klinické užitečnosti a nákladové efektivity tohoto testování.

Metody WGS se stále zdokonalují a dětská genomická medicína je zcela novou oblastí lékařské praxe. Tato studie bude také informovat vyšetřovatele o osvědčených postupech, a to jak z hlediska tradičních lékařských výsledků, tak výsledků zaměřených na pacienta. V důsledku toho bude tato studie také fungovat jako bioúložiště vzorků a dat, protože schopnost sdílet genomická a fenotypová data mezi výzkumníky je zásadní pro pokrok v našem chápání vznikající oblasti dětské genomické medicíny.

Konkrétní cíle:

1. Použijte WGS k identifikaci nových genetických diagnóz u dětí s mnohočetnými vrozenými anomáliemi, vývojovým opožděním, autismem, záchvaty, mentálním postižením, neurodegenerativními poruchami a metabolickými chorobami.
2. Vyhodnoťte míru diagnostiky genetických onemocnění pomocí WGS u dříve nediagnostikovaných pacientů.
3. Posoudit klinickou užitečnost WGS v péči a managementu pacientů.
4. Prozkoumejte ekonomiku zdraví a nákladovou efektivitu WGS.
5. Vyhodnoťte zkušenosti poskytovatele, pacienta a rodiny s genomickou medicínou
6. Sbírejte biologické vzorky a související klinická data od dětských pacientů, kteří mohou mít genetické onemocnění, a jejich rodinných příslušníků (dále jen „fenom“).
7. Vytvářejte, analyzujte a ukládejte genomická data z biologických vzorků. Genomická data budou zahrnovat genomové (gDNA) sekvence, RNA sekvence a/nebo jiná související omická data (včetně, ale bez omezení, farmakogenomiky, transkriptomiky a epigenomiky). Genomická data z WGS budou zahrnovat jednotlivé nukleotidové varianty (SNV), strukturální varianty, jako je testování počtu kopií, genomové přeuspořádání, genová exprese, „celý transkriptom“ nebo omezenější panely sekvenování DNA specifických genů nebo všech exonů genů (" Exome").
8. Analyzujte a oznamujte klinicky potvrzené genomické diagnózy a vedení léčby pomocí nových výzkumných technologií.
9. Identifikujte a studujte nové genové a chorobné procesy.