Diagnostic Odyssey: sequentiebepaling van het hele genoom (WGS)

Het doel van dit gezamenlijke onderzoek is het bestuderen van menselijke genomen bij kinderen met vermoedelijke aangeboren ziekte, meervoudige aangeboren afwijkingen en/of multi-orgaanziekte van onbekende etiologie, om de potentiële waarde van WGS bij het vaststellen van een genetische diagnose te begrijpen. De studie zal diagnosepercentages, veranderingen in klinische zorg als gevolg van een genetische diagnose, gezondheidseconomie inclusief potentiële kosteneffectiviteit van WGS, en ervaring van patiënt en zorgverlener met genomische geneeskunde onderzoeken. Andere klinische informatie van het type dat wordt verzameld door behandelende artsen en wordt opgeslagen in elektronische medische dossiers, zal ook worden verzameld om te helpen bij de interpretatie van laboratoriumgegevens. Deelnemers zullen ook worden gevraagd om toestemming te geven voor toekomstige toegang tot het medisch dossier, toekomstig onderzoek naar biospecimens en gegevens die zijn gegenereerd door genomische sequencing, en voor de mogelijkheid om opnieuw contact op te nemen.

Als onderdeel van deze inspanning is Nicklaus Children's Hospital van plan een grote geïntegreerde database te creëren die de DNA-sequenties van het volledige menselijke genoom van de deelnemers bevat en aanvullende gezondheidsinformatie over kenmerken en gezondheid van de personen van wie de sequentie is bepaald. Wetenschappers kunnen de database vervolgens gebruiken om te proberen die eigenschappen, ziekten en andere aandoeningen te koppelen aan veranderingen in de sequentie van het genoom. Nicklaus Children's Hospital is van plan de database beschikbaar te stellen aan zijn medewerkers, zoals RCIGM, farmaceutische en biotechnologische bedrijven en andere academische instellingen die de database zullen gebruiken om betere, innovatieve manieren te vinden om kanker en andere ziekten te voorkomen, diagnosticeren en behandelen. Geanonimiseerde gegevens van dit onderzoek zullen worden gedeeld met de gemeenschap in het algemeen, inclusief publicaties en openbare databases. Bovendien krijgen deelnemers de mogelijkheid om biospecimens (d.w.z. achtergebleven bloed, speeksel, CSF, etc.) op te nemen in biorepositories in Nicklaus Children's Hospital en Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

De studie zal klinisch laboratoriumbevestigde resultaten opleveren met betrekking tot het fenotype van de getroffen patiënt, inclusief optionele incidentele bevindingen, tenzij proefpersonen afzien van deze aanvullende resultaten, zodat deze onderzoeksresultaten in de klinische zorg kunnen worden gebruikt. Bovendien zal deze studie gegevens verzamelen met betrekking tot standaard klinische genetische tests en kostenmaatregelen om niet alleen verschillen in diagnostische tarieven, diagnostische nauwkeurigheid en tijden tot diagnoses te identificeren, maar ook om de kosteneffectiviteit van deze testen en daaropvolgende veranderingen in zorgbeheer te bepalen. . Klinische bruikbaarheid wordt gedefinieerd als veranderingen in de zorg die rechtstreeks volgen uit de resultaten van genetische tests (zowel positieve als negatieve), inclusief standaard klinische tests en WGS. Deze gegevens zullen worden gebruikt om de analytische, diagnostische en klinische bruikbaarheid en kosteneffectiviteit van deze tests verder te onderzoeken.

WGS-methoden blijven verbeteren en pediatrische genomische geneeskunde is een heel nieuw gebied van medische praktijk. Deze studie zal onderzoekers ook informeren over best practices, zowel wat betreft traditionele medische uitkomsten als patiëntgerichte uitkomsten. Bijgevolg zal deze studie ook fungeren als een biorepository voor monsters en gegevens, aangezien het vermogen om genomische en fenotypische gegevens tussen onderzoekers te delen van cruciaal belang is om ons begrip van het ontluikende gebied van pediatrische genomische geneeskunde te vergroten.

Specifieke doelstellingen:

1. Gebruik WGS om nieuwe genetische diagnoses te identificeren bij kinderen met meerdere aangeboren afwijkingen, ontwikkelingsachterstand, autisme, epileptische aanvallen, verstandelijke beperkingen, neurodegeneratieve aandoeningen en stofwisselingsziekten.
2. Evalueer het diagnosepercentage van genetische ziekten door WGS bij niet eerder gediagnosticeerde patiënten.
3. Beoordeel het klinische nut van WGS bij de zorg en het beheer van patiënten.
4. Onderzoek de gezondheidseconomie en kosteneffectiviteit van WGS.
5. Evalueer de ervaring van de verstrekker, patiënt en familie met genomische geneeskunde
6. Verzamel biologische monsters en bijbehorende klinische gegevens van pediatrische patiënten die mogelijk een genetische ziekte hebben en hun familieleden (het 'fenoom').
7. Creëer, analyseer en bewaar genomische gegevens van de biologische monsters. Genomische gegevens omvatten genomische (gDNA) sequenties, RNA-sequenties en/of andere gerelateerde 'omische gegevens' (inclusief, maar niet beperkt tot, farmacogenomica, transcriptomica en epigenomica). Genomische gegevens van WGS omvatten single nucleotide varianten (SNV's), structurele varianten zoals het testen van het aantal kopieën, genomische herschikkingen, genexpressie, het "hele transcriptoom" of meer beperkte DNA-sequencingpanelen van specifieke genen of van alle exons van genen (de " Exoom").
8. Analyseer en rapporteer klinisch bevestigde genomische diagnoses en behandelrichtlijnen door gebruik te maken van nieuwe onderzoekstechnologieën.
9. Identificeer en bestudeer nieuwe gen- en ziekteprocessen.