Odissea diagnostica: sequenziamento dell'intero genoma (WGS)

L'obiettivo di questa ricerca collaborativa è studiare i genomi umani in bambini con sospetta malattia congenita, anomalie congenite multiple e/o malattia multiorgano di eziologia sconosciuta, al fine di comprendere il potenziale valore del WGS nello stabilire una diagnosi genetica. Lo studio esaminerà i tassi di diagnosi, i cambiamenti nell'assistenza clinica a seguito di una diagnosi genetica, l'economia sanitaria inclusa la potenziale efficacia in termini di costi del WGS e l'esperienza del paziente e del fornitore con la medicina genomica. Altre informazioni cliniche del tipo raccolte dai medici curanti e conservate nelle cartelle cliniche elettroniche saranno raccolte anche per aiutare nell'interpretazione dei dati di laboratorio. Ai partecipanti verrà inoltre chiesto il consenso per l'accesso futuro alla cartella clinica, per future ricerche su campioni biologici e dati generati dal sequenziamento genomico e per la possibilità di ricontattarsi.

Come parte di questo sforzo, il Nicklaus Children's Hospital prevede di creare un ampio database integrato che contenga le sequenze di DNA dell'intero genoma umano dei partecipanti e ulteriori informazioni sulla salute relative alle caratteristiche e alla salute delle persone i cui campioni sono stati sequenziati. Gli scienziati possono quindi utilizzare il database per cercare di collegare quei tratti, malattie e altre condizioni ai cambiamenti nella sequenza del genoma. Il Nicklaus Children's Hospital prevede di rendere disponibile il database ai suoi collaboratori, come RCIGM, aziende farmaceutiche e biotecnologiche e altre istituzioni accademiche che utilizzeranno il database per trovare modi migliori e innovativi per prevenire, diagnosticare e curare il cancro e altre malattie. I dati anonimi di questo studio saranno condivisi con la comunità in generale, comprese pubblicazioni e database pubblici. Inoltre, ai partecipanti verrà data la possibilità di consentire l'inclusione di biocampioni (ad es. sangue residuo, saliva, CSF, ecc.) nei biorepository del Nicklaus Children's Hospital e del Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Lo studio fornirà risultati clinici confermati dal laboratorio relativi al fenotipo del paziente affetto, inclusi risultati incidentali facoltativi a meno che i soggetti non decidano di rinunciare a questi risultati aggiuntivi, per consentire l'utilizzo di questi risultati della ricerca nell'assistenza clinica. Inoltre, questo studio aggregherà i dati riguardanti i test genetici clinici standard e le misure di costo non solo per identificare le differenze nei tassi diagnostici, nell'accuratezza diagnostica e nei tempi delle diagnosi, ma anche per determinare il rapporto costo-efficacia di questo test e i successivi cambiamenti nella gestione dell'assistenza . L'utilità clinica sarà definita come i cambiamenti nelle cure che seguono direttamente dai risultati dei test genetici (sia positivi che negativi), compresi i test clinici standard e WGS. Questi dati verranno utilizzati per esaminare ulteriormente l'utilità analitica, diagnostica e clinica e l'efficacia in termini di costi di questo test.

I metodi WGS continuano a migliorare e la medicina genomica pediatrica è un campo molto nuovo della pratica medica. Questo studio informerà anche gli investigatori sulle migliori pratiche, sia in termini di risultati medici tradizionali che di risultati incentrati sul paziente. Di conseguenza, questo studio fungerà anche da biorepository per campioni e dati poiché la capacità di condividere dati genomici e fenotipici tra i ricercatori è fondamentale per far progredire la nostra comprensione del campo nascente della medicina genomica pediatrica.

Obiettivi specifici:

1. Usa WGS per identificare nuove diagnosi genetiche nei bambini con anomalie congenite multiple, ritardo dello sviluppo, autismo, convulsioni, disabilità intellettive, disturbi neurodegenerativi e malattie metaboliche.
2. Valutare il tasso di diagnosi di malattie genetiche mediante WGS in pazienti precedentemente non diagnosticati.
3. Valutare l'utilità clinica del WGS nella cura e nella gestione dei pazienti.
4. Esaminare l'economia sanitaria e il rapporto costo-efficacia di WGS.
5. Valutare l'esperienza del fornitore, del paziente e della famiglia con la medicina genomica
6. Raccogliere campioni biologici e dati clinici associati da pazienti pediatrici che potrebbero avere una malattia genetica e dai loro familiari (il "fenomeno").
7. Creare, analizzare e archiviare i dati genomici dai campioni biologici. I dati genomici includeranno sequenze genomiche (gDNA), sequenze di RNA e/o altri dati 'omici correlati (inclusi, ma non limitati a, farmacogenomica, trascrittomica ed epigenomica). I dati genomici da WGS includeranno varianti a singolo nucleotide (SNV), varianti strutturali come test del numero di copie, riarrangiamenti genomici, espressione genica, "l'intero trascrittoma" o pannelli di sequenziamento del DNA più limitati di geni specifici o di tutti gli esoni dei geni (il " Esoma").
8. Analizzare e segnalare diagnosi genomiche confermate clinicamente e indicazioni terapeutiche attraverso l'uso di nuove tecnologie di ricerca.
9. Identificare e studiare nuovi geni e processi patologici.