Диагностическая одиссея: полногеномное секвенирование (WGS)

Целью этого совместного исследования является изучение геномов человека у детей с подозрением на врожденные заболевания, множественные врожденные аномалии и/или полиорганные заболевания неизвестной этиологии, чтобы понять потенциальную ценность WGS в постановке генетического диагноза. В исследовании будут изучены показатели диагностики, изменения в клинической помощи в результате генетического диагноза, экономика здравоохранения, включая потенциальную экономическую эффективность WGS, а также опыт пациентов и поставщиков медицинских услуг в области геномной медицины. Другая клиническая информация, собираемая лечащими врачами и хранящаяся в электронных медицинских записях, также будет собираться для облегчения интерпретации лабораторных данных. Участников также попросят дать согласие на будущий доступ к медицинской карте, будущие исследования биообразцов и данных, полученных в результате секвенирования генома, а также на возможность повторного контакта.

В рамках этих усилий Детская больница Никлауса планирует создать крупную интегрированную базу данных, содержащую последовательности ДНК всех геномов участников и дополнительную информацию о здоровье, касающуюся характеристик и здоровья людей, образцы которых были секвенированы. Затем ученые могут использовать базу данных, чтобы попытаться связать эти черты, болезни и другие состояния с изменениями в последовательности генома. Детская больница Никлауса планирует сделать базу данных доступной для своих сотрудников, таких как RCIGM, фармацевтические и биотехнологические компании, а также другие академические учреждения, которые будут использовать базу данных для поиска лучших инновационных способов профилактики, диагностики и лечения рака и других заболеваний. Обезличенные данные этого исследования будут переданы всему сообществу, включая публикации и общедоступные базы данных. Кроме того, участникам будет предоставлена ​​возможность разрешить включение биообразцов (т. е. остаточной крови, слюны, спинномозговой жидкости и т. д.) в биорепозитории Детской больницы Никлауса и Института педиатрической геномики и системной медицины Ради (RCIGM).

Исследование предоставит клинически подтвержденные лабораторно результаты, относящиеся к фенотипу пострадавшего пациента, включая необязательные случайные результаты, если субъекты не откажутся от этих дополнительных результатов, чтобы разрешить использование этих результатов исследований в клинической помощи. Кроме того, в этом исследовании будут объединены данные, касающиеся стандартного клинического генетического тестирования, а также меры затрат, чтобы не только выявить различия в частоте диагностики, диагностической точности и времени постановки диагноза, но и определить экономическую эффективность этого тестирования и последующие изменения в управлении лечением. . Клиническая полезность будет определяться как изменения в уходе, которые вытекают непосредственно из результатов генетического тестирования (как положительного, так и отрицательного), включая стандартные клинические тесты и WGS. Эти данные будут использоваться для дальнейшего изучения аналитической, диагностической и клинической полезности и экономической эффективности этого тестирования.

Методы WGS продолжают совершенствоваться, и педиатрическая геномная медицина является совершенно новой областью медицинской практики. Это исследование также проинформирует исследователей о передовом опыте, как с точки зрения традиционных медицинских результатов, так и результатов, ориентированных на пациента. Следовательно, это исследование также будет выступать в качестве биорепозитория для образцов и данных, поскольку способность обмениваться геномными и фенотипическими данными между исследователями имеет решающее значение для развития нашего понимания зарождающейся области педиатрической геномной медицины.

Конкретные цели:

1. Используйте WGS для выявления новых генетических диагнозов у ​​детей с множественными врожденными аномалиями, задержкой развития, аутизмом, судорогами, умственной отсталостью, нейродегенеративными расстройствами и метаболическими заболеваниями.
2. Оценить частоту диагностики генетических заболеваний с помощью WGS у ранее не диагностированных пациентов.
3. Оценить клиническую полезность WGS в уходе и ведении пациентов.
4. Изучите экономику здравоохранения и экономическую эффективность WGS.
5. Оцените опыт поставщика, пациента и семьи в области геномной медицины.
6. Соберите биологические образцы и связанные с ними клинические данные у детей, у которых может быть генетическое заболевание, и у членов их семей («Феном»).
7. Создавайте, анализируйте и храните геномные данные из биологических образцов. Геномные данные будут включать геномные (гДНК) последовательности, последовательности РНК и/или другие родственные омические данные (включая, но не ограничиваясь ими, фармакогеномику, транскриптомику и эпигеномику). Геномные данные из WGS будут включать однонуклеотидные варианты (SNV), структурные варианты, такие как тестирование количества копий, геномные перестройки, экспрессия генов, «полный транскриптом» или более ограниченные панели секвенирования ДНК определенных генов или всех экзонов генов (« Экзом").
8. Анализируйте и сообщайте о клинически подтвержденных геномных диагнозах и рекомендациях по лечению с помощью новых исследовательских технологий.
9. Идентифицируйте и изучайте новые гены и болезненные процессы.