Diagnostische Odyssee: Gesamtgenomsequenzierung (WGS)

Das Ziel dieser Verbundforschung ist die Untersuchung menschlicher Genome bei Kindern mit Verdacht auf angeborene Erkrankungen, multiple angeborene Anomalien und/oder Multiorganerkrankungen unbekannter Ätiologie, um den potenziellen Wert von WGS bei der Erstellung einer genetischen Diagnose zu verstehen. Die Studie wird Diagnoseraten, Veränderungen in der klinischen Versorgung infolge einer genetischen Diagnose, Gesundheitsökonomie einschließlich der potenziellen Kosteneffizienz von WGS sowie die Erfahrungen von Patienten und Anbietern mit genomischer Medizin untersuchen. Andere klinische Informationen der Art, die von behandelnden Ärzten gesammelt und in elektronischen Krankenakten gespeichert werden, werden ebenfalls gesammelt, um die Interpretation von Labordaten zu unterstützen. Die Teilnehmer werden auch gebeten, dem zukünftigen Zugriff auf die Krankenakte, der zukünftigen Forschung an Bioproben und Daten aus der Genomsequenzierung sowie der Möglichkeit zur erneuten Kontaktaufnahme zuzustimmen.

Als Teil dieser Bemühungen plant das Nicklaus Children's Hospital die Erstellung einer großen integrierten Datenbank, die die DNA-Sequenzen des gesamten menschlichen Genoms der Teilnehmer und zusätzliche Gesundheitsinformationen zu Merkmalen und Gesundheit der Personen enthält, deren Proben sequenziert wurden. Wissenschaftler können dann die Datenbank verwenden, um zu versuchen, diese Merkmale, Krankheiten und anderen Zustände mit Änderungen in der Sequenz des Genoms in Verbindung zu bringen. Das Nicklaus Children's Hospital plant, die Datenbank seinen Mitarbeitern wie RCIGM, Pharma- und Biotechnologieunternehmen und anderen akademischen Einrichtungen zur Verfügung zu stellen, die die Datenbank nutzen werden, um bessere, innovative Wege zur Vorbeugung, Diagnose und Behandlung von Krebs und anderen Krankheiten zu finden. Anonymisierte Daten aus dieser Studie werden mit der breiten Öffentlichkeit geteilt, einschließlich Veröffentlichungen und öffentlicher Datenbanken. Darüber hinaus haben die Teilnehmer die Möglichkeit, zuzulassen, dass Bioproben (d. h. Restblut, Speichel, Liquor usw.) in Biorepositories des Nicklaus Children's Hospital und des Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM) aufgenommen werden.

Die Studie wird klinisch laborbestätigte Ergebnisse in Bezug auf den Phänotyp des betroffenen Patienten liefern, einschließlich optionaler zufälliger Befunde, es sei denn, die Probanden entscheiden sich gegen diese zusätzlichen Ergebnisse, damit diese Forschungsergebnisse in der klinischen Versorgung verwendet werden können. Darüber hinaus wird diese Studie Daten zu klinischen Standard-Gentests sowie Kostenmessungen aggregieren, um nicht nur Unterschiede in den Diagnoseraten, der Diagnosegenauigkeit und den Zeiten bis zur Diagnose zu identifizieren, sondern auch um die Kosteneffektivität dieser Tests und nachfolgender Änderungen im Pflegemanagement zu bestimmen . Klinischer Nutzen wird definiert als Änderungen in der Versorgung, die sich direkt aus den Ergebnissen von Gentests (sowohl positiv als auch negativ) ergeben, einschließlich klinischer Standardtests und WGS. Diese Daten werden verwendet, um den analytischen, diagnostischen und klinischen Nutzen und die Kosteneffizienz dieser Tests weiter zu untersuchen.

WGS-Methoden verbessern sich ständig und die pädiatrische Genommedizin ist ein sehr neues Gebiet der medizinischen Praxis. Diese Studie wird Forscher auch über bewährte Verfahren informieren, sowohl in Bezug auf traditionelle medizinische Ergebnisse als auch auf patientenzentrierte Ergebnisse. Folglich wird diese Studie auch als Biorepository für Proben und Daten dienen, da die Möglichkeit, genomische und phänotypische Daten unter Forschern auszutauschen, entscheidend ist, um unser Verständnis des aufstrebenden Gebiets der pädiatrischen Genommedizin voranzutreiben.

Spezifische Ziele:

1. Verwenden Sie WGS, um neue genetische Diagnosen bei Kindern mit mehreren angeborenen Anomalien, Entwicklungsverzögerungen, Autismus, Krampfanfällen, geistigen Behinderungen, neurodegenerativen Erkrankungen und Stoffwechselerkrankungen zu identifizieren.
2. Bewerten Sie die Diagnoserate genetischer Erkrankungen durch WGS bei zuvor nicht diagnostizierten Patienten.
3. Bewerten Sie den klinischen Nutzen von WGS bei der Pflege und Behandlung von Patienten.
4. Untersuchen Sie die Gesundheitsökonomie und Kosteneffizienz von WGS.
5. Bewerten Sie die Erfahrungen von Anbietern, Patienten und Familien mit Genommedizin
6. Sammeln Sie biologische Proben und damit verbundene klinische Daten von pädiatrischen Patienten, die möglicherweise an einer genetischen Krankheit leiden, und ihren Familienmitgliedern (das „Phänomen“).
7. Erstellen, analysieren und speichern Sie genomische Daten aus den biologischen Proben. Genomdaten umfassen genomische (gDNA) Sequenzen, RNA-Sequenzen und/oder andere verwandte omische Daten (einschließlich, aber nicht beschränkt auf Pharmakogenomik, Transkriptomik und Epigenomik). Genomische Daten von WGS umfassen Einzelnukleotidvarianten (SNVs), strukturelle Varianten wie Kopienzahltests, genomische Umlagerungen, Genexpression, das "gesamte Transkriptom" oder begrenztere DNA-Sequenzierungspanels spezifischer Gene oder aller Exons von Genen (die " Exom").
8. Analysieren und melden Sie klinisch bestätigte genomische Diagnosen und Behandlungsleitlinien durch den Einsatz neuer Forschungstechnologien.
9. Identifizieren und untersuchen Sie neuartige Gen- und Krankheitsprozesse.