Diagnostic Odyssey: Whole Genome Sequencing (WGS)

Målet med denna samarbetsforskning är att studera mänskliga genom hos barn med misstänkt medfödd sjukdom, multipla medfödda anomalier och/eller multiorgansjukdom av okänd etiologi, för att förstå det potentiella värdet av WGS för att fastställa en genetisk diagnos. Studien kommer att undersöka diagnosfrekvenser, förändringar i den kliniska vården som ett resultat av en genetisk diagnos, hälsoekonomi inklusive potentiell kostnadseffektivitet för WGS och patientens och leverantörens erfarenhet av genomisk medicin. Annan klinisk information av den typ som samlas in av behandlande läkare och lagras i elektroniska journaler kommer också att samlas in för att underlätta tolkningen av laboratoriedata. Deltagarna kommer också att uppmanas att samtycka för framtida tillgång till journalen, framtida forskning om bioprover och data genererade från genomisk sekvensering, och för möjligheten att återkontakta.

Som en del av detta arbete planerar Nicklaus Barnsjukhus att skapa en stor integrerad databas som innehåller DNA-sekvenserna av deltagarnas hela mänskliga genom och ytterligare hälsoinformation om egenskaper och hälsa hos de personer vars prover har sekvenserats. Forskare kan sedan använda databasen för att försöka koppla dessa egenskaper, sjukdomar och andra tillstånd till förändringar i genomets sekvens. Nicklaus Children's Hospital planerar att göra databasen tillgänglig för sina samarbetspartners, såsom RCIGM, läkemedels- och bioteknikföretag och andra akademiska institutioner som kommer att använda databasen för att hitta bättre, innovativa sätt att förebygga, diagnostisera och behandla cancer och andra sjukdomar. Avidentifierade data från denna studie kommer att delas med samhället i stort, inklusive publikationer och offentliga databaser. Dessutom kommer deltagarna att ges möjlighet att tillåta att bioprover (dvs. restblod, saliv, CSF, etc.) inkluderas i biorepositories vid Nicklaus Children's Hospital och Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Studien kommer att ge kliniska laboratoriebekräftade resultat relaterade till den drabbade patientens fenotyp, inklusive valfria tillfälliga fynd om inte försökspersoner väljer bort dessa ytterligare resultat, för att tillåta att dessa forskningsrön kan användas i klinisk vård. Dessutom kommer denna studie att samla data om standard klinisk genetisk testning såväl som kostnadsmått för att inte bara identifiera skillnader i diagnostiska frekvenser, diagnostisk noggrannhet och tider till diagnoser, utan för att fastställa kostnadseffektiviteten för denna testning och efterföljande förändringar i vårdhantering . Klinisk nytta kommer att definieras som förändringar i vården som följer direkt av resultat av genetiska tester (både positiva och negativa), inklusive vanliga kliniska tester och WGS. Dessa data kommer att användas för att ytterligare undersöka den analytiska, diagnostiska och kliniska användbarheten och kostnadseffektiviteten av detta test.

WGS metoder fortsätter att förbättras och pediatrisk genomisk medicin är ett mycket nytt område inom medicinsk praxis. Denna studie kommer också att informera utredarna om bästa praxis, både när det gäller traditionella medicinska resultat och patientcentrerade resultat. Följaktligen kommer denna studie också att fungera som ett biolager för prover och data eftersom förmågan att dela genomisk och fenotypisk data mellan forskare är avgörande för att utveckla vår förståelse av det begynnande området för pediatrisk genomisk medicin.

Specifika mål:

1. Använd WGS för att identifiera nya genetiska diagnoser hos barn med flera medfödda anomalier, utvecklingsförsening, autism, kramper, intellektuella funktionsnedsättningar, neurodegenerativa störningar och metabola sjukdomar.
2. Utvärdera diagnosfrekvensen för genetiska sjukdomar av WGS hos tidigare odiagnostiserade patienter.
3. Bedöm den kliniska användbarheten av WGS vid vård och hantering av patienter.
4. Undersök hälsoekonomin och kostnadseffektiviteten hos WGS.
5. Utvärdera leverantörens, patientens och familjens erfarenhet av genomisk medicin
6. Samla biologiska prover och tillhörande kliniska data från pediatriska patienter som kan ha en genetisk sjukdom och deras familjemedlemmar ("Fenomet").
7. Skapa, analysera och lagra genomisk data från de biologiska proverna. Genomiska data kommer att inkludera genomiska (gDNA)-sekvenser, RNA-sekvenser och/eller andra relaterade omiska data (inklusive, men inte begränsat till, farmakogenomik, transkriptomik och epigenomik). Genomisk data från WGS kommer att inkludera singelnukleotidvarianter (SNV), strukturella varianter som kopienummertestning, genomiska omarrangemang, genuttryck, "hela transkriptomet" eller mer begränsade DNA-sekvenseringspaneler av specifika gener eller av alla exoner av gener (den " Exome").
8. Analysera och rapportera kliniskt bekräftade genomiska diagnoser och behandlingsvägledning genom användning av ny forskningsteknologi.
9. Identifiera och studera nya gen- och sjukdomsprocesser.