Odisséia diagnóstica: sequenciamento completo do genoma (WGS)

O objetivo desta pesquisa colaborativa é estudar genomas humanos em crianças com suspeita de doença congênita, anomalias congênitas múltiplas e/ou doença de múltiplos órgãos de etiologia desconhecida, a fim de compreender o valor potencial da WGS no estabelecimento de um diagnóstico genético. O estudo examinará as taxas de diagnóstico, as mudanças nos cuidados clínicos como resultado de um diagnóstico genético, a economia da saúde, incluindo o potencial custo-efetividade do WGS, e a experiência do paciente e do provedor com a medicina genômica. Outras informações clínicas do tipo coletadas por médicos assistentes e armazenadas em prontuários eletrônicos também serão coletadas para auxiliar na interpretação dos dados laboratoriais. Os participantes também serão solicitados a consentir com o acesso futuro ao prontuário médico, pesquisas futuras sobre bioespécimes e dados gerados pelo sequenciamento genômico e para a capacidade de re-contato.

Como parte desse esforço, o Nicklaus Children's Hospital planeja criar um grande banco de dados integrado que contenha as sequências de DNA dos genomas humanos completos dos participantes e informações adicionais sobre as características e a saúde das pessoas cujas amostras foram sequenciadas. Os cientistas podem então usar o banco de dados para tentar vincular essas características, doenças e outras condições às mudanças na sequência do genoma. O Nicklaus Children's Hospital planeja disponibilizar o banco de dados para seus colaboradores, como RCIGM, empresas farmacêuticas e de biotecnologia e outras instituições acadêmicas que usarão o banco de dados para encontrar maneiras melhores e inovadoras de prevenir, diagnosticar e tratar o câncer e outras doenças. Os dados não identificados deste estudo serão compartilhados com a comunidade em geral, incluindo publicações e bancos de dados públicos. Além disso, os participantes terão a opção de permitir que bioespécimes (ou seja, sangue residual, saliva, LCR, etc.)

O estudo fornecerá resultados clínicos confirmados por laboratório relacionados ao fenótipo do paciente afetado, incluindo achados incidentais opcionais, a menos que os participantes optem por não receber esses resultados adicionais, para permitir que esses achados de pesquisa sejam usados ​​no atendimento clínico. Além disso, este estudo agregará dados sobre testes genéticos clínicos padrão, bem como medidas de custo, não apenas para identificar diferenças nas taxas de diagnóstico, precisão diagnóstica e tempos para diagnósticos, mas também para determinar a relação custo-benefício desses testes e mudanças subsequentes no gerenciamento de cuidados. . A utilidade clínica será definida como mudanças nos cuidados que decorrem diretamente dos resultados dos testes genéticos (positivos e negativos), incluindo testes clínicos padrão e WGS. Esses dados serão usados ​​para examinar ainda mais a utilidade analítica, diagnóstica e clínica e a relação custo-benefício desse teste.

Os métodos WGS continuam a melhorar e a medicina genômica pediátrica é um campo muito novo da prática médica. Este estudo também informará os investigadores sobre as melhores práticas, tanto em termos de resultados médicos tradicionais quanto de resultados centrados no paciente. Consequentemente, este estudo também atuará como um biorrepositório para amostras e dados, pois a capacidade de compartilhar dados genômicos e fenotípicos entre os pesquisadores é fundamental para o progresso de nossa compreensão do campo nascente da medicina genômica pediátrica.

Objetivos Específicos:

1. Use o WGS para identificar novos diagnósticos genéticos em crianças com múltiplas anomalias congênitas, atraso no desenvolvimento, autismo, convulsões, deficiência intelectual, distúrbios neurodegenerativos e doenças metabólicas.
2. Avaliar a taxa de diagnóstico de doenças genéticas por WGS em pacientes previamente não diagnosticados.
3. Avalie a utilidade clínica do WGS no cuidado e gerenciamento de pacientes.
4. Examine a economia da saúde e o custo-efetividade do WGS.
5. Avalie a experiência do provedor, do paciente e da família com a medicina genômica
6. Colete amostras biológicas e dados clínicos associados de pacientes pediátricos que possam ter uma doença genética e seus familiares (o "Fenôme").
7. Crie, analise e armazene dados genômicos das amostras biológicas. Os dados genômicos incluirão sequências genômicas (gDNA), sequências de RNA e/ou outros dados 'ômicos relacionados (incluindo, mas não limitados a, farmacogenômica, transcriptômica e epigenômica). Os dados genômicos do WGS incluirão variantes de nucleotídeo único (SNVs), variantes estruturais, como teste de número de cópias, rearranjos genômicos, expressão gênica, o "transcriptoma completo" ou painéis de sequenciamento de DNA mais limitados de genes específicos ou de todos os éxons de genes (os " Exoma").
8. Analisar e relatar diagnósticos genômicos clinicamente confirmados e orientações de tratamento por meio do uso de novas tecnologias de pesquisa.
9. Identificar e estudar novos genes e processos de doenças.