Diagnostic Odyssey: Whole Genome Sequencing (WGS)

Målet med denne samarbeidsforskningen er å studere menneskelige genomer hos barn med mistanke om medfødt sykdom, multiple medfødte anomalier og/eller multiorgansykdom med ukjent etiologi, for å forstå den potensielle verdien av WGS for å etablere en genetisk diagnose. Studien vil undersøke diagnosehastigheter, endringer i klinisk behandling som et resultat av en genetisk diagnose, helseøkonomi inkludert potensiell kostnadseffektivitet av WGS, og pasient og leverandørs erfaring med genomisk medisin. Annen klinisk informasjon av den typen som samles inn av behandlende leger og lagres i elektroniske journaler vil også bli samlet inn for å hjelpe til med tolkningen av laboratoriedata. Deltakerne vil også bli bedt om å samtykke for fremtidig tilgang til journalen, fremtidig forskning på bioprøver og data generert fra genomisk sekvensering, og for muligheten til re-kontakt.

Som en del av denne innsatsen planlegger Nicklaus barnesykehus å lage en stor integrert database som inneholder DNA-sekvensene til deltakernes hele menneskelige genomer og ytterligere helseinformasjon om egenskaper og helse til personene hvis prøver er sekvensert. Forskere kan deretter bruke databasen til å prøve å knytte disse egenskapene, sykdommene og andre tilstandene til endringer i sekvensen til genomet. Nicklaus Children's Hospital planlegger å gjøre databasen tilgjengelig for sine samarbeidspartnere, som RCIGM, farmasøytiske og bioteknologiske selskaper og andre akademiske institusjoner som vil bruke databasen til å finne bedre, innovative måter å forebygge, diagnostisere og behandle kreft og andre sykdommer. Avidentifiserte data fra denne studien vil bli delt med samfunnet for øvrig, inkludert publikasjoner og offentlige databaser. I tillegg vil deltakerne få muligheten til å la bioprøver (dvs. gjenværende blod, spytt, CSF, etc.) inkluderes i biorepositorier ved Nicklaus Children's Hospital og Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

Studien vil gi kliniske laboratoriebekreftede resultater relatert til den berørte pasientens fenotype, inkludert valgfrie tilfeldige funn med mindre forsøkspersonene velger bort disse tilleggsresultatene, for å tillate at disse forskningsfunnene kan brukes i klinisk behandling. Videre vil denne studien samle data angående standard klinisk genetisk testing så vel som kostnadsmål for ikke bare å identifisere forskjeller i diagnostiske rater, diagnostisk nøyaktighet og tider til diagnoser, men for å bestemme kostnadseffektiviteten til denne testingen og påfølgende endringer i pleiebehandlingen. . Klinisk nytte vil bli definert som endringer i omsorg som følger direkte av resultater av genetisk testing (både positive og negative), inkludert standard kliniske tester og WGS. Disse dataene vil bli brukt til å undersøke den analytiske, diagnostiske og kliniske nytten og kostnadseffektiviteten til denne testingen.

WGS-metoder fortsetter å forbedres og pediatrisk genomisk medisin er et veldig nytt felt innen medisinsk praksis. Denne studien vil også informere etterforskere om beste praksis, både når det gjelder tradisjonelle medisinske utfall og pasientsentrerte utfall. Følgelig vil denne studien også fungere som et biolager for prøver og data, da evnen til å dele genomiske og fenotypiske data blant forskere er avgjørende for å utvikle vår forståelse av det begynnende feltet av pediatrisk genomisk medisin.

Spesifikke mål:

1. Bruk WGS til å identifisere nye genetiske diagnoser hos barn med flere medfødte anomalier, utviklingsforsinkelser, autisme, anfall, intellektuelle funksjonshemminger, nevrodegenerative lidelser og metabolske sykdommer.
2. Evaluer diagnosefrekvensen av genetiske sykdommer av WGS hos tidligere udiagnostiserte pasienter.
3. Vurder den kliniske nytten av WGS i pleie og behandling av pasienter.
4. Undersøk helseøkonomien og kostnadseffektiviteten til WGS.
5. Evaluer leverandørens, pasientens og familiens erfaring med genomisk medisin
6. Samle biologiske prøver og tilhørende kliniske data fra pediatriske pasienter som kan ha en genetisk sykdom og deres familiemedlemmer ("Fenomet").
7. Lag, analyser og lagre genomiske data fra de biologiske prøvene. Genomiske data vil inkludere genomiske (gDNA)-sekvenser, RNA-sekvenser og/eller andre relaterte omiske data (inkludert, men ikke begrenset til, farmakogenomikk, transkriptomikk og epigenomikk). Genomiske data fra WGS vil inkludere enkeltnukleotidvarianter (SNV), strukturelle varianter som kopiantallstesting, genomiske omorganiseringer, genuttrykk, "hele transkriptomet" eller mer begrensede DNA-sekvenseringspaneler av spesifikke gener eller av alle eksoner av gener (den " Exome").
8. Analysere og rapportere klinisk bekreftede genomiske diagnoser og behandlingsveiledning ved bruk av nye forskningsteknologier.
9. Identifisere og studere nye gen- og sykdomsprosesser.