Diagnostic Odyssey: 全ゲノムシーケンシング (WGS)

この共同研究の目標は、遺伝子診断の確立における WGS の潜在的な価値を理解するために、先天性疾患、多発性先天異常、および/または病因不明の多臓器性疾患が疑われる小児のヒトゲノムを研究することです。 この研究では、診断率、遺伝子診断の結果としての臨床ケアの変化、WGS の潜在的な費用対効果を含む医療経済学、およびゲノム医療に関する患者とプロバイダーの経験を調査します。 治療中の医師によって収集され、電子医療記録に保存されているタイプの他の臨床情報も、検査データの解釈を支援するために収集されます。 参加者はまた、医療記録への将来のアクセス、ゲノム配列決定から生成された生体試料およびデータに関する将来の研究、および再連絡の可能性について同意するよう求められます。

この取り組みの一環として、ニクラウス小児病院は、参加者の全ヒトゲノムの DNA 配列と、サンプルが配列決定された人の特徴と健康に関する追加の健康情報を含む大規模な統合データベースの作成を計画しています。 科学者はデータベースを使用して、それらの形質、疾患、およびその他の状態をゲノム配列の変化に関連付けることができます。 ニクラウス小児病院は、RCIGM、製薬会社、バイオテクノロジー会社、その他の学術機関などの協力者がデータベースを利用できるようにする予定です。これらの機関は、データベースを使用して、がんやその他の病気を予防、診断、治療するためのより優れた革新的な方法を見つけます。 この調査で得られた匿名化されたデータは、出版物や公開データベースなど、コミュニティ全体と共有されます。 さらに、参加者には、ニクラウス小児病院およびラディ小児ゲノム & システム医学研究所 (RCIGM) のバイオレポジトリに生体試料 (すなわち、残留血液、唾液、CSF など) を含めることを許可するオプションが与えられます。

この研究は、被験者がこれらの追加の結果をオプトアウトしない限り、オプションの偶発的な所見を含む、影響を受けた患者の表現型に関連する臨床検査室で確認された結果を提供し、これらの研究結果を臨床ケアに使用できるようにします。 さらに、この研究では、診断率、診断精度、および診断までの時間の違いを特定するだけでなく、この検査の費用対効果とその後のケア管理の変化を判断するために、標準的な臨床遺伝子検査と費用測定に関するデータを集約します。 . 臨床的有用性は、標準的な臨床検査と WGS を含む遺伝子検査の結果 (陽性と陰性の両方) から直接続く治療の変化として定義されます。 このデータは、この検査の分析、診断、および臨床的有用性と費用対効果をさらに調べるために使用されます。

WGS 法は改善を続けており、小児ゲノム医療は医療行為の非常に新しい分野です。 この研究はまた、伝統的な医学的転帰と患者中心の転帰の両方の観点から、ベストプラクティスに関する研究者に情報を提供します。 その結果、この研究はサンプルとデータのバイオリポジトリとしても機能します。研究者間でゲノムおよび表現型データを共有する機能は、小児ゲノム医療の初期分野の理解を深めるために重要です。

具体的な目的:

1. WGS を使用して、複数の先天異常、発達遅滞、自閉症、発作、知的障害、神経変性障害、および代謝性疾患を持つ子供の新しい遺伝子診断を特定します。
2. 以前に診断されていない患者における WGS による遺伝性疾患の診断率を評価します。
3. 患者のケアと管理における WGS の臨床的有用性を評価します。
4. WGS の医療経済性と費用対効果を調べます。
5. ゲノム医療に関するプロバイダー、患者、家族の経験を評価する
6. 遺伝性疾患の可能性がある小児患者とその家族 (「フェノーム」) から生物学的サンプルと関連する臨床データを収集します。
7. 生物学的サンプルからゲノム データを作成、分析、保存します。 ゲノムデータには、ゲノム (gDNA) 配列、RNA 配列、および/またはその他の関連するオミクスデータ (ファーマコゲノミクス、トランスクリプトミクス、およびエピゲノミクスを含むがこれらに限定されない) が含まれます。 WGS からのゲノム データには、単一ヌクレオチド バリアント (SNV)、コピー数テストなどの構造バリアント、ゲノム再構成、遺伝子発現、「全トランスクリプトーム」、または特定の遺伝子または遺伝子のすべてのエクソンのより限定された DNA シーケンス パネル (「エクソーム」）。
8. 新しい研究技術を使用して、臨床的に確認されたゲノム診断と治療ガイダンスを分析して報告します。
9. 新しい遺伝子および疾患プロセスを特定し、研究します。