Odyssée diagnostique : séquençage du génome entier (WGS)

L'objectif de cette recherche collaborative est d'étudier les génomes humains chez les enfants suspects de maladie congénitale, d'anomalies congénitales multiples et/ou de maladie multiviscérale d'étiologie inconnue, afin de comprendre la valeur potentielle du WGS dans l'établissement d'un diagnostic génétique. L'étude examinera les taux de diagnostic, les changements dans les soins cliniques à la suite d'un diagnostic génétique, l'économie de la santé, y compris le rapport coût-efficacité potentiel du WGS, et l'expérience des patients et des prestataires avec la médecine génomique. D'autres informations cliniques du type collectées par les médecins traitants et stockées dans des dossiers médicaux électroniques seront également collectées pour faciliter l'interprétation des données de laboratoire. Les participants seront également invités à consentir à l'accès futur au dossier médical, aux recherches futures sur les biospécimens et les données générées par le séquençage génomique, et à la possibilité de recontacter.

Dans le cadre de cet effort, l'hôpital pour enfants Nicklaus prévoit de créer une grande base de données intégrée contenant les séquences d'ADN des génomes humains entiers des participants et des informations supplémentaires sur la santé concernant les caractéristiques et la santé des personnes dont les échantillons ont été séquencés. Les scientifiques peuvent ensuite utiliser la base de données pour essayer de lier ces traits, maladies et autres conditions à des changements dans la séquence du génome. L'hôpital pour enfants Nicklaus prévoit de mettre la base de données à la disposition de ses collaborateurs, tels que le RCIGM, les sociétés pharmaceutiques et biotechnologiques et d'autres institutions universitaires qui utiliseront la base de données pour trouver de meilleurs moyens innovants de prévenir, diagnostiquer et traiter le cancer et d'autres maladies. Les données anonymisées de cette étude seront partagées avec la communauté au sens large, y compris les publications et les bases de données publiques. De plus, les participants auront la possibilité d'autoriser l'inclusion de biospécimens (c'est-à-dire de sang résiduel, de salive, de LCR, etc.) dans les biodépôts du Nicklaus Children's Hospital et du Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

L'étude fournira des résultats cliniques confirmés en laboratoire liés au phénotype du patient affecté, y compris des découvertes fortuites facultatives, à moins que les sujets ne se retirent pour ces résultats supplémentaires, afin de permettre l'utilisation de ces résultats de recherche dans les soins cliniques. En outre, cette étude regroupera des données concernant les tests génétiques cliniques standard ainsi que des mesures de coûts pour non seulement identifier les différences dans les taux de diagnostic, la précision des diagnostics et les délais de diagnostic, mais aussi pour déterminer le rapport coût-efficacité de ces tests et les changements ultérieurs dans la gestion des soins. . L'utilité clinique sera définie comme les changements dans les soins qui découlent directement des résultats des tests génétiques (à la fois positifs et négatifs), y compris les tests cliniques standard et le WGS. Ces données seront utilisées pour examiner plus en détail l'utilité et la rentabilité analytiques, diagnostiques et cliniques de ces tests.

Les méthodes WGS continuent de s'améliorer et la médecine génomique pédiatrique est un tout nouveau domaine de pratique médicale. Cette étude informera également les chercheurs sur les meilleures pratiques, à la fois en termes de résultats médicaux traditionnels et de résultats centrés sur le patient. Par conséquent, cette étude servira également de biodépôt d'échantillons et de données, car la capacité de partager des données génomiques et phénotypiques entre les chercheurs est essentielle pour faire progresser notre compréhension du domaine naissant de la médecine génomique pédiatrique.

Objectifs spécifiques :

1. Utilisez WGS pour identifier de nouveaux diagnostics génétiques chez les enfants atteints d'anomalies congénitales multiples, de retard de développement, d'autisme, de convulsions, de déficiences intellectuelles, de troubles neurodégénératifs et de maladies métaboliques.
2. Évaluer le taux de diagnostic des maladies génétiques par WGS chez les patients non diagnostiqués auparavant.
3. Évaluer l'utilité clinique du WGS dans les soins et la gestion des patients.
4. Examiner l'économie de la santé et la rentabilité du WGS.
5. Évaluer l'expérience du fournisseur, du patient et de la famille avec la médecine génomique
6. Recueillir des échantillons biologiques et des données cliniques associées auprès de patients pédiatriques susceptibles d'avoir une maladie génétique et des membres de leur famille (le "Phenome").
7. Créez, analysez et stockez les données génomiques des échantillons biologiques. Les données génomiques comprendront des séquences génomiques (ADNg), des séquences d'ARN et/ou d'autres données 'omiques connexes (y compris, mais sans s'y limiter, la pharmacogénomique, la transcriptomique et l'épigénomique). Les données génomiques du WGS comprendront des variants nucléotidiques uniques (SNV), des variants structurels tels que le test du nombre de copies, les réarrangements génomiques, l'expression génique, le « transcriptome entier » ou des panels de séquençage d'ADN plus limités de gènes spécifiques ou de tous les exons de gènes (le « Exome").
8. Analyser et signaler les diagnostics génomiques cliniquement confirmés et les conseils de traitement grâce à l'utilisation de nouvelles technologies de recherche.
9. Identifier et étudier de nouveaux processus génétiques et pathologiques.