Diagnostic Odyssey: secuenciación del genoma completo (WGS)

El objetivo de esta investigación colaborativa es estudiar genomas humanos en niños con sospecha de enfermedad congénita, anomalías congénitas múltiples y/o enfermedad multiorgánica de etiología desconocida, a fin de comprender el valor potencial de WGS para establecer un diagnóstico genético. El estudio examinará las tasas de diagnóstico, los cambios en la atención clínica como resultado de un diagnóstico genético, la economía de la salud, incluida la rentabilidad potencial de WGS, y la experiencia del paciente y del proveedor con la medicina genómica. También se recopilará otra información clínica del tipo recopilada por los médicos tratantes y almacenada en registros médicos electrónicos para ayudar en la interpretación de los datos de laboratorio. También se les pedirá a los participantes que den su consentimiento para acceder en el futuro a la historia clínica, futuras investigaciones sobre bioespecímenes y datos generados a partir de la secuenciación genómica, y la posibilidad de volver a ponerse en contacto.

Como parte de este esfuerzo, Nicklaus Children's Hospital planea crear una gran base de datos integrada que contenga las secuencias de ADN de los genomas humanos completos de los participantes e información de salud adicional sobre las características y la salud de las personas cuyas muestras han sido secuenciadas. Luego, los científicos pueden usar la base de datos para tratar de vincular esos rasgos, enfermedades y otras condiciones con los cambios en la secuencia del genoma. Nicklaus Children's Hospital planea poner la base de datos a disposición de sus colaboradores, como RCIGM, compañías farmacéuticas y de biotecnología, y otras instituciones académicas que utilizarán la base de datos para encontrar formas mejores e innovadoras de prevenir, diagnosticar y tratar el cáncer y otras enfermedades. Los datos no identificados de este estudio se compartirán con la comunidad en general, incluidas las publicaciones y las bases de datos públicas. Además, los participantes tendrán la opción de permitir que las muestras biológicas (es decir, sangre residual, saliva, LCR, etc.) se incluyan en los depósitos biológicos del Nicklaus Children's Hospital y el Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM).

El estudio proporcionará resultados confirmados por laboratorio clínico relacionados con el fenotipo del paciente afectado, incluidos hallazgos incidentales opcionales a menos que los sujetos opten por no recibir estos resultados adicionales, para permitir que estos hallazgos de investigación se utilicen en la atención clínica. Además, este estudio agregará datos sobre las pruebas genéticas clínicas estándar, así como medidas de costos, no solo para identificar las diferencias en las tasas de diagnóstico, la precisión del diagnóstico y los tiempos de diagnóstico, sino también para determinar la rentabilidad de estas pruebas y los cambios posteriores en la gestión de la atención. . La utilidad clínica se definirá como los cambios en la atención que se derivan directamente de los resultados de las pruebas genéticas (tanto positivas como negativas), incluidas las pruebas clínicas estándar y WGS. Estos datos se utilizarán para examinar más a fondo la utilidad analítica, diagnóstica y clínica y la rentabilidad de esta prueba.

Los métodos WGS continúan mejorando y la medicina genómica pediátrica es un campo muy nuevo de la práctica médica. Este estudio también informará a los investigadores sobre las mejores prácticas, tanto en términos de resultados médicos tradicionales como de resultados centrados en el paciente. En consecuencia, este estudio también actuará como un biodepósito de muestras y datos, ya que la capacidad de compartir datos genómicos y fenotípicos entre investigadores es fundamental para avanzar en nuestra comprensión del campo naciente de la medicina genómica pediátrica.

Objetivos específicos:

1. Use WGS para identificar nuevos diagnósticos genéticos en niños con anomalías congénitas múltiples, retraso en el desarrollo, autismo, convulsiones, discapacidades intelectuales, trastornos neurodegenerativos y enfermedades metabólicas.
2. Evaluar la tasa de diagnóstico de enfermedades genéticas por WGS en pacientes no diagnosticados previamente.
3. Evaluar la utilidad clínica de WGS en el cuidado y manejo de pacientes.
4. Examinar la economía de la salud y la rentabilidad de la WGS.
5. Evaluar la experiencia del proveedor, paciente y familia con la medicina genómica
6. Recopilar muestras biológicas y datos clínicos asociados de pacientes pediátricos que puedan tener una enfermedad genética y sus familiares (el "fenómeno").
7. Cree, analice y almacene datos genómicos de las muestras biológicas. Los datos genómicos incluirán secuencias genómicas (ADNg), secuencias de ARN y/u otros datos ómicos relacionados (incluidos, entre otros, farmacogenómica, transcriptómica y epigenómica). Los datos genómicos de WGS incluirán variantes de un solo nucleótido (SNV), variantes estructurales como pruebas de número de copias, reordenamientos genómicos, expresión génica, el "transcriptoma completo" o paneles de secuenciación de ADN más limitados de genes específicos o de todos los exones de genes (el " Exoma").
8. Analizar e informar diagnósticos genómicos clínicamente confirmados y orientación de tratamiento mediante el uso de nuevas tecnologías de investigación.
9. Identificar y estudiar nuevos genes y procesos de enfermedades.