Diagnostinen Odyssey: Koko genomin sekvensointi (WGS)

Tämän yhteistyötutkimuksen tavoitteena on tutkia ihmisen genomeja lapsilla, joilla epäillään synnynnäistä sairautta, useita synnynnäisiä epämuodostumia ja/tai etiologiaa tuntematonta monielinsairautta, jotta voidaan ymmärtää WGS:n potentiaalinen arvo geneettisen diagnoosin asettamisessa. Tutkimuksessa tarkastellaan diagnoosin määrää, geneettisen diagnoosin aiheuttamia muutoksia kliinisessä hoidossa, terveystaloutta, mukaan lukien WGS:n mahdollista kustannustehokkuutta, sekä potilaiden ja palveluntarjoajien kokemuksia genomisesta lääketieteestä. Laboratoriotietojen tulkinnan avuksi kerätään myös muita hoitavien lääkäreiden keräämiä ja sähköisiin potilaskertomuksiin tallennettuja kliinisiä tietoja. Osallistujilta pyydetään myös suostumus myöhempään pääsyyn potilastietoihin, tulevaan bionäytteiden ja genomisen sekvensoinnin avulla tuotettujen tietojen tutkimukseen sekä mahdollisuuteen ottaa yhteyttä uudelleen.

Osana tätä työtä Nicklausin lastensairaala suunnittelee luovansa suuren integroidun tietokannan, joka sisältää osallistujien koko ihmisen genomien DNA-sekvenssit sekä lisätietoa niiden henkilöiden ominaisuuksista ja terveydestä, joiden näytteet on sekvensoitu. Tutkijat voivat sitten käyttää tietokantaa yrittääkseen yhdistää nämä piirteet, sairaudet ja muut olosuhteet genomin sekvenssin muutoksiin. Nicklausin lastensairaala aikoo tuoda tietokannan käyttöön yhteistyökumppaneidensa, kuten RCIGM:n, lääke- ja bioteknologiayritysten sekä muiden korkeakoulujen käyttöön, jotka käyttävät tietokantaa löytääkseen parempia, innovatiivisia tapoja ehkäistä, diagnosoida ja hoitaa syöpää ja muita sairauksia. Tämän tutkimuksen tunnistamattomat tiedot jaetaan koko yhteisön kanssa, mukaan lukien julkaisut ja julkiset tietokannat. Lisäksi osallistujille annetaan mahdollisuus sallia bionäytteiden (eli jäännösveren, syljen, CSF:n jne.) sisällyttäminen Nicklaus Children's Hospitalin ja Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Instituten (RCIGM) biovarastoihin.

Tutkimus tarjoaa kliinisissä laboratorioissa vahvistettuja tuloksia, jotka liittyvät sairastuneen potilaan fenotyyppiin, mukaan lukien valinnaiset satunnaiset löydökset, elleivät tutkittavat kieltäydy näistä lisätuloksista, jotta näitä tutkimustuloksia voidaan käyttää kliinisessä hoidossa. Lisäksi tässä tutkimuksessa kootaan tietoja tavanomaisista kliinisistä geneettisistä testeistä sekä kustannusmittauksista, joilla ei vain tunnisteta eroja diagnostisissa nopeuksissa, diagnostisessa tarkkuudessa ja diagnoosien tekemisajoissa, vaan myös tämän testauksen kustannustehokkuuden ja myöhempien hoidon hallinnan muutosten määrittämiseksi. . Kliininen hyödyllisyys määritellään muutoksiksi hoidossa, jotka johtuvat suoraan geneettisen testauksen tuloksista (sekä positiivisista että negatiivisista), mukaan lukien tavanomaiset kliiniset testit ja WGS. Näitä tietoja käytetään tutkimaan tarkemmin tämän testauksen analyyttistä, diagnostista ja kliinistä hyödyllisyyttä ja kustannustehokkuutta.

WGS-menetelmät kehittyvät jatkuvasti ja lasten genominen lääketiede on aivan uusi lääketieteen ala. Tämä tutkimus myös tiedottaa tutkijoille parhaista käytännöistä sekä perinteisten lääketieteellisten tulosten että potilaskeskeisten tulosten osalta. Tästä syystä tämä tutkimus toimii myös näytteiden ja tietojen biovarastona, koska kyky jakaa genomi- ja fenotyyppidataa tutkijoiden kesken on ratkaisevan tärkeää edistettäessä ymmärrystämme lasten genomilääketieteen nousevasta alasta.

Erityiset tavoitteet:

1. Käytä WGS:ää uusien geneettisten diagnoosien tunnistamiseen lapsilla, joilla on useita synnynnäisiä poikkeavuuksia, kehitysviiveitä, autismia, kohtauksia, kehitysvammaisia, hermostoa rappeuttavia häiriöitä ja aineenvaihduntasairauksia.
2. Arvioi geneettisten sairauksien diagnosointiaste WGS:n avulla aiemmin diagnosoimattomilla potilailla.
3. Arvioi WGS:n kliinistä hyötyä potilaiden hoidossa ja hoidossa.
4. Tutki WGS:n terveystaloutta ja kustannustehokkuutta.
5. Arvioi palveluntarjoajan, potilaan ja perheen kokemuksia genomisesta lääketieteestä
6. Kerää biologisia näytteitä ja niihin liittyviä kliinisiä tietoja lapsipotilailta, joilla saattaa olla geneettinen sairaus, ja heidän perheenjäseniinsä ("ilmiö").
7. Luo, analysoi ja tallenna genomidataa biologisista näytteistä. Genominen data sisältää genomiset (gDNA) sekvenssit, RNA-sekvenssit ja/tai muut vastaavat "omitiedot" (mukaan lukien, mutta ei rajoittuen, farmakogenomiikka, transkriptomiikka ja epigenomiikka). WGS:n genominen data sisältää yksittäisiä nukleotidivariantteja (SNV:t), rakennemuunnoksia, kuten kopiomäärätestauksen, genomisen uudelleenjärjestelyt, geenin ilmentymisen, "koko transkription" tai rajoitetummat DNA-sekvensointipaneelit tiettyjen geenien tai kaikkien geenien eksonien (" Exome").
8. Analysoi ja raportoi kliinisesti vahvistettuja genomidiagnooseja ja hoito-ohjeita käyttämällä uusia tutkimustekniikoita.
9. Tunnista ja tutki uusia geeni- ja sairausprosesseja.