Diagnosztikai Odyssey: Teljes genom szekvenálás (WGS)

Ennek a közös kutatásnak a célja a humán genom tanulmányozása olyan gyermekeknél, akiknél feltételezett veleszületett betegség, több veleszületett rendellenesség és/vagy ismeretlen etiológiájú több szervet érintő betegség, annak érdekében, hogy megértsük a WGS potenciális értékét a genetikai diagnózis felállításában. A tanulmány megvizsgálja a diagnózisok arányát, a klinikai ellátásban a genetikai diagnózis eredményeként bekövetkezett változásokat, az egészségügyi gazdaságot, beleértve a WGS lehetséges költséghatékonyságát, valamint a betegek és a szolgáltatók genomikus gyógyászattal kapcsolatos tapasztalatait. A kezelőorvosok által gyűjtött és elektronikus kórlapokban tárolt egyéb klinikai információkat is gyűjtenek, hogy segítsék a laboratóriumi adatok értelmezését. A résztvevők hozzájárulását kérik továbbá az egészségügyi dokumentációhoz való jövőbeni hozzáféréshez, a biomintákkal és a genomi szekvenálásból származó adatokkal kapcsolatos jövőbeni kutatásokhoz, valamint az újbóli kapcsolatfelvétel lehetőségéhez.

Ennek az erőfeszítésnek a részeként a Nicklaus Gyermekkórház egy nagy integrált adatbázis létrehozását tervezi, amely tartalmazza a résztvevők teljes emberi genomjának DNS-szekvenciáját, valamint további egészségügyi információkat azon személyek jellemzőiről és egészségi állapotáról, akiknek mintáit szekvenálták. A tudósok ezután az adatbázis segítségével megpróbálhatják összekapcsolni ezeket a tulajdonságokat, betegségeket és egyéb feltételeket a genom szekvenciájának változásaival. A Nicklaus Gyermekkórház azt tervezi, hogy az adatbázist elérhetővé teszi együttműködői számára, például az RCIGM-nek, a gyógyszeripari és biotechnológiai cégeknek és más tudományos intézményeknek, amelyek az adatbázis segítségével jobb, innovatív módszereket találnak a rák és más betegségek megelőzésére, diagnosztizálására és kezelésére. A tanulmányból származó azonosítatlan adatokat a közösség egészével megosztjuk, beleértve a publikációkat és a nyilvános adatbázisokat. Ezenkívül a résztvevők lehetőséget kapnak arra, hogy engedélyezzék biominták (azaz maradék vér, nyál, CSF stb.) felvételét a Nicklaus Children's Hospital és a Rady Pediatric Genomics & Systems Medicine Institute (RCIGM) biorepozitóriumaiba.

A vizsgálat az érintett beteg fenotípusára vonatkozó klinikai laboratóriumi eredményekkel fog szolgálni, beleértve a nem kötelező véletlenszerű leleteket is, kivéve, ha az alanyok lemondanak ezekről a további eredményekről, hogy lehetővé tegyék ezeknek a kutatási eredményeknek a klinikai ellátásban való felhasználását. Ezen túlmenően ez a tanulmány összesíti a standard klinikai genetikai vizsgálatokkal, valamint a költségmérőkkel kapcsolatos adatokat, hogy ne csak a diagnosztikai arányban, a diagnosztikai pontosságban és a diagnózis felállítási idejében mutatkozó különbségeket azonosítsa, hanem meghatározza ennek a vizsgálatnak a költséghatékonyságát és az azt követő gondozási menedzsment változásait. . A klinikai hasznosság az ellátásban bekövetkezett változások, amelyek közvetlenül a genetikai vizsgálatok (pozitív és negatív) eredményeiből következnek, beleértve a standard klinikai teszteket és a WGS-t is. Ezeket az adatokat a vizsgálat analitikai, diagnosztikai és klinikai hasznosságának és költséghatékonyságának további vizsgálatára használjuk fel.

A WGS-módszerek folyamatosan javulnak, és a gyermekgenomi medicina az orvosi gyakorlat egy nagyon új területe. Ez a tanulmány a legjobb gyakorlatokról is tájékoztatja a kutatókat, mind a hagyományos orvosi eredmények, mind a betegközpontú eredmények tekintetében. Következésképpen ez a tanulmány a minták és adatok biorepozitóriumaként is funkcionál majd, mivel a genomiális és fenotípusos adatok kutatók közötti megosztásának képessége kritikus fontosságú a gyermekgyógyászati ​​genomiális orvoslás születőben lévő területével kapcsolatos ismereteink előrehaladása szempontjából.

Konkrét célok:

1. Használja a WGS-t az új genetikai diagnózisok azonosítására több veleszületett rendellenességgel, fejlődési késleltetéssel, autizmussal, görcsrohamokkal, értelmi fogyatékossággal, neurodegeneratív rendellenességekkel és anyagcsere-betegséggel küzdő gyermekeknél.
2. Értékelje a genetikai betegségek WGS általi diagnosztizálásának arányát korábban nem diagnosztizált betegeknél.
3. Értékelje a WGS klinikai hasznosságát a betegek ellátásában és kezelésében.
4. Vizsgálja meg a WGS egészségügyi gazdaságosságát és költséghatékonyságát.
5. Értékelje a szolgáltató, a beteg és a család genomikus gyógyászattal kapcsolatos tapasztalatait
6. Gyűjtsön biológiai mintákat és kapcsolódó klinikai adatokat az esetlegesen genetikai betegségben szenvedő gyermekbetegektől és családtagjaiktól (a "jelenség").
7. Genomikus adatok létrehozása, elemzése és tárolása a biológiai mintákból. A genomikai adatok magukban foglalják a genomi (gDNS) szekvenciákat, RNS-szekvenciákat és/vagy egyéb kapcsolódó „omikai adatokat” (beleértve, de nem kizárólagosan a farmakogenomikát, a transzkriptomikát és az epigenomikát). A WGS-ből származó genomiális adatok magukban foglalják az egynukleotid-variánsokat (SNV-ket), a szerkezeti változatokat, például a kópiaszám-tesztet, a genomiális átrendeződéseket, a génexpressziót, a „teljes transzkriptumot”, vagy meghatározott gének vagy a gének összes exonjának korlátozottabb DNS-szekvenáló paneljeit (a „ Exome").
8. Elemezze és jelentse a klinikailag megerősített genomiális diagnózisokat és kezelési útmutatót új kutatási technológiák használatával.
9. Új gén- és betegségfolyamatok azonosítása és tanulmányozása.