Střevní mikrobiom při zánětlivém onemocnění střev

Tato prospektivní kohortová studie si klade za cíl vybudovat knihovnu střevních mikrobiomů pro korejské pacienty s IBD a také si klade za cíl prozkoumat střevní mikrobiální podpisy spolu s odlišnými klinickými/genetickými rysy a jejich potenciální souhrou pomocí výzkumné platformy multi-omické analýzy.

Po podepsání informovaného souhlasu budou od pacientů pravidelně získávány různé biologické vzorky (fekální, slizniční a krevní vzorky) a také komplexní klinická data (včetně psychometrických vyhodnocení pomocí průzkumu pacientů).

Multi-omické výzkumy budou zahrnovat: metagenomiku (sekvenování 16s RNA a celé metagenomické sekvenování), metabolomiku, lidskou genomiku (data SNP pro celý genom, sekvenování celého exomu a genomu), transkriptomiku, proteomiku, epigenetiku a multi-omickou analýzu jedné buňky . Bude provedena studie in vitro a in vivo s použitím vzorků stolice.

Stručně řečeno, po extrakci DNA ze vzorků krve bude provedeno sekvenování celého genomu a data budou porovnána s dříve hlášenými odchylkami. Budou měřeny nové odchylky nebo výskyt specifických odchylek. Bude odebrán vzorek stolice a bude analyzováno složení mikrobiomu každého studovaného subjektu. Fekální mikrobiální diverzita bude měřena ze sekvenačních dat 16S ribozomální RNA, která je vysoce chráněnou oblastí genetické informace mezi mikroorganismy. Vzorek sliznice tlustého střeva bude odebrán při plánovaném rutinním endoskopickém sledování. Vzorek bude odebrán z nemocné a normální sliznice pro analýzu. Mikrobiální diverzita bude měřena z dat sekvenování 16S RNA vzorků.

Multi-omická data budou analyzována s komplexními klinickými metadaty pomocí integrované platformy bioinformatické analýzy. Klinická data zahrnují demografické údaje, charakteristiky onemocnění a různé výsledky hlášené pacienty (včetně kvality života související se zdravím, úzkosti, deprese a dalších). Údaje o výsledcích hlášené pacienty budou pravidelně shromažďovány pomocí validovaných dotazníků.

Data ze základní analýzy budou znovu prozkoumána z hlediska interindividuálního rozdílu, rozdílu mezi charakteristikami nemoci (jako je fenotyp nemoci, typ léčby a sérologické markery), rozdílu mezi psychosociálními charakteristikami (jako je přítomnost úzkosti nebo deprese a kvalita života) atd. Kromě toho budou data ze základní analýzy použita jako referenční pro korejského pacienta s IBD a budou porovnána s dalšími daty získanými od „jiné etnické skupiny“ nebo „zdravé“ korejské populace.

Závěrem lze říci, že tato dlouhodobá rozsáhlá prospektivní studie poskytne platformu pro studium oboru translační medicíny s cílem odhalit skryté signatury střevního mikrobiomu, který je základem IBD, a identifikovat potenciální biologické markery u IBD.