Microbioma intestinal na doença inflamatória intestinal

Este estudo de coorte prospectivo visa construir uma biblioteca de microbioma intestinal para pacientes coreanos com DII e também visa explorar assinaturas microbianas intestinais, juntamente com características clínicas/genéticas distintas e sua potencial interação usando a plataforma de análise multi-ômica do investigador.

Depois de assinar o consentimento informado, várias amostras biológicas (amostras fecais, mucosas e de sangue), bem como dados clínicos abrangentes (incluindo avaliações psicométricas usando pesquisa de pacientes) serão obtidas periodicamente dos pacientes.

As investigações multi-ômicas incluirão: metagenômica (sequenciamento de RNA 16s e sequenciamento metagenômico total), metabolômica, genômica humana (dados SNP de todo o genoma, exoma completo e sequenciamento do genoma), transcriptômica, proteômica, epigenética e análise multi-ômica de célula única . Serão realizados estudos in vitro e in vivo utilizando amostras fecais.

Em resumo, após a extração do DNA das amostras de sangue, o sequenciamento do genoma completo será realizado e os dados serão comparados com as variações relatadas anteriormente. Novas variações ou incidência de variações específicas serão medidas. Amostras fecais serão coletadas e a composição do microbioma de cada sujeito do estudo será analisada. A diversidade microbiana fecal será medida a partir de dados de sequenciamento do RNA ribossômico 16S, que é uma área altamente preservada de informação genética entre os microrganismos. A amostra da mucosa colônica será coletada quando a vigilância endoscópica de rotina for planejada. A amostra será coletada da mucosa doente e normal para análise. A diversidade microbiana será medida a partir dos dados de sequenciamento do RNA 16S das amostras.

Os dados multi-ômicos serão analisados ​​com metadados clínicos abrangentes usando uma plataforma integrada de análise de bioinformática. Os dados clínicos incluem dados demográficos, características da doença e vários dados de desfechos relatados pelos pacientes (incluindo qualidade de vida relacionada à saúde, ansiedade, depressão e outros). Os dados dos resultados relatados pelo paciente serão coletados periodicamente usando questionários validados.

Os dados da análise básica serão reexplorados em termos de diferença interindividual, diferença entre características da doença (como fenótipo da doença, tipo de tratamento médico e marcadores sorológicos), diferença entre características psicossociais (como presença de ansiedade ou depressão e qualidade de vida) e etc. Além disso, os dados da análise básica serão usados ​​como referência para o paciente coreano com DII e serão comparados com outros dados obtidos da população coreana de "etnia diferente" ou "saudável".

Em conclusão, este estudo prospectivo de longo prazo e em grande escala fornecerá uma plataforma para estudar um campo da medicina translacional para revelar assinaturas ocultas do microbioma intestinal subjacente à DII e para identificar potenciais marcadores biológicos na DII.