Tarmmikrobiom ved inflammatorisk tarmsykdom

Denne prospektive kohortstudien tar sikte på å bygge et tarmmikrobiombibliotek for koreanske IBD-pasienter, og har også som mål å utforske tarmmikrobielle signaturer sammen med distinkte kliniske/genetiske egenskaper og deres potensielle samspill ved å bruke etterforskerens multi-omics analyseplattform.

Etter å ha signert det informerte samtykket, vil ulike biologiske prøver (fekale, slimhinne- og blodprøver) samt omfattende kliniske data (inkludert psykometriske evalueringer ved bruk av pasientundersøkelse) innhentes fra pasienter med jevne mellomrom.

Multiomics-undersøkelsene vil omfatte: metagenomikk (16s RNA-sekvensering og hel metagenomisk sekvensering), metabolomikk, human genomikk (genomomfattende SNP-data, heleksom- og genomsekvensering), transkriptomikk, proteomikk, epigenetikk og encellet multiomikkanalyse . In vitro og in vivo studier med avføringsprøver vil bli utført.

Kort fortalt, etter ekstrahering av DNA fra blodprøver, vil hele genomsekvensering bli utført og data vil bli sammenlignet med tidligere rapporterte varianser. Nye varianser eller forekomst av spesifikke varianser vil bli målt. Avføringsprøver vil bli samlet inn og mikrobiomsammensetningen av hvert studieobjekt vil bli analysert. Fekal mikrobiell mangfold vil bli målt fra sekvenseringsdata av 16S ribosomalt RNA som er svært bevart område med genetisk informasjon blant mikroorganismer. Slimhinneprøve i tykktarmen vil bli samlet inn når rutinemessig endoskopisk overvåking er planlagt. Prøver vil bli samlet inn fra syke og normale slimhinner for analyse. Mikrobiell mangfold vil bli målt fra 16S RNA-sekvenseringsdata fra prøvene.

Multiomics-dataene vil bli analysert med omfattende kliniske metadata ved hjelp av en integrert bioinformatikkanalyseplattform. Kliniske data inkluderer demografi, sykdomskarakteristikker og ulike pasientrapporterte utfallsdata (inkludert helserelatert livskvalitet, angst, depresjon og andre). Pasientrapporterte utfallsdata vil bli samlet inn ved hjelp av validerte spørreskjemaer med jevne mellomrom.

Data fra grunnleggende analyse vil bli undersøkt på nytt når det gjelder inter-individuell forskjell, forskjell mellom sykdomskarakteristikker (som sykdomsfenotype, type medisinsk behandling og serologiske markører), forskjell mellom psykososiale egenskaper (som tilstedeværelse av angst eller depresjon og livskvalitet) og så videre. I tillegg vil data fra grunnleggende analyse bli brukt som referanse for den koreanske IBD-pasienten og den vil bli sammenlignet med andre data innhentet fra den "forskjellige etnisiteten" eller den "friske" koreanske befolkningen.

Avslutningsvis vil denne langsiktige, storskala prospektive studien gi en plattform for å studere et felt av translasjonsmedisin for å avsløre skjulte signaturer av tarmmikrobiom som ligger til grunn for IBD og for å identifisere potensielle biologiske markører i IBD.