Darmmicrobioom bij inflammatoire darmaandoeningen

Deze prospectieve cohortstudie heeft tot doel een darmmicrobioombibliotheek op te bouwen voor Koreaanse IBD-patiënten, en heeft ook tot doel microbiële kenmerken van de darm te onderzoeken samen met verschillende klinische / genetische kenmerken en hun mogelijke wisselwerking met behulp van het multi-omics-analyseplatform van de onderzoeker.

Na ondertekening van de geïnformeerde toestemming zullen periodiek verschillende biologische monsters (fecale, slijmvlies- en bloedmonsters) en uitgebreide klinische gegevens (inclusief psychometrische evaluaties met behulp van patiëntenenquête) van patiënten worden verkregen.

De multi-omics-onderzoeken omvatten: metagenomics (16s RNA-sequencing en volledige metagenomische sequencing), metabolomics, menselijke genomica (genoombrede SNP-gegevens, volledige exoom- en genoomsequencing), transcriptomics, proteomics, epigenetica en eencellige multi-omics-analyse . In vitro en in vivo onderzoek met behulp van fecale monsters zal worden uitgevoerd.

In het kort, na het extraheren van het DNA uit bloedmonsters, zal sequentiebepaling van het hele genoom worden uitgevoerd en zullen gegevens worden vergeleken met de eerder gerapporteerde varianties. Nieuwe varianties of incidentie van specifieke varianties zullen worden gemeten. Fecaal monster zal worden verzameld en de samenstelling van het microbioom van elke proefpersoon zal worden geanalyseerd. Fecale microbiële diversiteit zal worden gemeten aan de hand van sequentiegegevens van 16S ribosomaal RNA, een zeer goed bewaard gebleven gebied van genetische informatie onder micro-organismen. Er zal een monster van het slijmvlies van de dikke darm worden verzameld wanneer routinematige endoscopische surveillance is gepland. Er wordt een monster genomen van het zieke en normale slijmvlies voor analyse. Microbiële diversiteit zal worden gemeten aan de hand van 16S RNA-sequencinggegevens van de monsters.

De multi-omics-gegevens zullen worden geanalyseerd met uitgebreide klinische metadata met behulp van een geïntegreerd bioinformatica-analyseplatform. Klinische gegevens omvatten demografische gegevens, ziektekenmerken en diverse door de patiënt gerapporteerde uitkomstgegevens (waaronder gezondheidsgerelateerde kwaliteit van leven, angst, depressie en andere). Patiëntgerapporteerde uitkomstgegevens zullen periodiek worden verzameld met behulp van gevalideerde vragenlijsten.

Gegevens uit basisanalyse zullen opnieuw worden onderzocht in termen van interindividuele verschillen, verschillen tussen ziektekenmerken (zoals ziektefenotype, type medische behandeling en serologische markers), verschil tussen psychosociale kenmerken (zoals de aanwezigheid van angst of depressie en kwaliteit van leven) en etc. Bovendien zullen gegevens van de basisanalyse worden gebruikt als referentie voor de Koreaanse IBD-patiënt en worden vergeleken met andere gegevens die zijn verkregen van de "andere etniciteit" of "gezonde" Koreaanse bevolking.

Concluderend zal deze grootschalige prospectieve studie op lange termijn een platform bieden voor het bestuderen van een veld van translationele geneeskunde om verborgen handtekeningen van het darmmicrobioom die ten grondslag liggen aan IBD te onthullen en om potentiële biologische markers in IBD te identificeren.