Mikrobiom jelitowy w nieswoistym zapaleniu jelit
Odkrycie sygnatur drobnoustrojów jelitowych w nieswoistym zapaleniu jelit
Nieswoiste zapalenie jelit (IBD) jest przewlekłym stanem zapalnym przewodu pokarmowego. Przeprowadzono liczne badania mające na celu ujawnienie dysbiozy składu mikrobiomu kału/śluzówki u pacjentów z IBD, ale rzeczywisty trend dysbiozy jest uderzająco różny w zależności od pochodzenia etnicznego pacjentów.
Na tym tle badacze stworzyli prospektywną kohortę koreańskich pacjentów z IBD w dużym akademickim ośrodku referencyjnym IBD. Korzystając ze zintegrowanej multiomicznej analizy bioinformatycznej, badacze mają na celu zbadanie sygnatur drobnoustrojów jelitowych wraz z odrębnymi cechami klinicznymi/genetycznymi oraz ich potencjalne wzajemne oddziaływanie u pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit.
Przegląd badań
Status
Szczegółowy opis
To prospektywne badanie kohortowe ma na celu zbudowanie biblioteki mikrobiomu jelitowego dla koreańskich pacjentów z nieswoistym zapaleniem jelit, a także ma na celu zbadanie sygnatur drobnoustrojów jelitowych wraz z odrębnymi cechami klinicznymi/genetycznymi i ich potencjalną współzależnością za pomocą platformy analizy multiomicznej badacza.
Po podpisaniu świadomej zgody od pacjentów będą pobierane okresowo różne próbki biologiczne (kału, śluzówki i krwi) oraz kompleksowe dane kliniczne (w tym ocena psychometryczna z wykorzystaniem ankiety pacjenta).
Badania multiomiczne będą obejmowały: metagenomikę (sekwencjonowanie 16s RNA i sekwencjonowanie całych metagenomów), metabolomikę, genomikę człowieka (dane SNP całego genomu, sekwencjonowanie całego egzomu i genomu), transkryptomikę, proteomikę, epigenetykę i analizę wieloomiczną pojedynczych komórek . Przeprowadzone zostaną badania in vitro i in vivo z wykorzystaniem próbek kału.
W skrócie, po ekstrakcji DNA z próbek krwi, zostanie przeprowadzone sekwencjonowanie całego genomu, a dane zostaną porównane z wcześniej zgłoszonymi wariancjami. Zmierzone zostaną nowe wariancje lub częstość występowania określonych wariancji. Zostaną pobrane próbki kału i przeanalizowany zostanie skład mikrobiomu każdego badanego. Różnorodność drobnoustrojów kałowych będzie mierzona na podstawie danych sekwencjonowania rybosomalnego RNA 16S, który jest wysoce zachowanym obszarem informacji genetycznej wśród mikroorganizmów. Próbka błony śluzowej okrężnicy zostanie pobrana, gdy planowany jest rutynowy nadzór endoskopowy. Próbka zostanie pobrana z chorej i zdrowej błony śluzowej łącznie do analizy. Różnorodność drobnoustrojów będzie mierzona na podstawie danych sekwencjonowania 16S RNA próbek.
Dane multiomiczne zostaną przeanalizowane wraz z kompleksowymi metadanymi klinicznymi przy użyciu zintegrowanej platformy analizy bioinformatycznej. Dane kliniczne obejmują dane demograficzne, charakterystykę choroby i różne dane dotyczące wyników leczenia zgłaszane przez pacjentów (w tym jakość życia związana ze zdrowiem, stany lękowe, depresja i inne). Zgłaszane przez pacjentów dane dotyczące wyników będą okresowo gromadzone przy użyciu zatwierdzonych kwestionariuszy.
Dane z analizy podstawowej zostaną ponownie zbadane pod kątem różnic międzyosobniczych, różnic między cechami choroby (takimi jak fenotyp choroby, rodzaj leczenia i markery serologiczne), różnic między cechami psychospołecznymi (takimi jak obecność lęku lub depresji i jakość życia) itp. Ponadto dane z analizy podstawowej zostaną wykorzystane jako odniesienie dla koreańskiego pacjenta z IBD i zostaną porównane z innymi danymi uzyskanymi z „innej grupy etnicznej” lub „zdrowej” populacji koreańskiej.
Podsumowując, to długoterminowe badanie prospektywne na dużą skalę zapewni platformę do badania dziedziny medycyny translacyjnej w celu ujawnienia ukrytych sygnatur mikrobiomu jelitowego leżącego u podstaw IBD i zidentyfikowania potencjalnych markerów biologicznych w IBD.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
-
Seoul, Republika Korei, 130-702
- Rekrutacyjny
- Kyung Hee University Hospital
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Pacjenci z ustalonym rozpoznaniem choroby zapalnej jelit, w tym wrzodziejącego zapalenia jelita grubego i choroby Leśniowskiego-Crohna
Kryteria wyłączenia:
- Osoba, która w ciągu ostatnich 2 tygodni stosowała antybiotyki lub probiotyki.
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Skład i różnorodność mikrobiomu jelitowego
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Próbki kału i/lub błony śluzowej jelit uzyskuje się od włączonych osobników do sekwencjonowania metagenomicznego.
Po ekstrakcji DNA z kału lub błony śluzowej skład i różnorodność drobnoustrojów mierzy się za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania 16sRNA lub metody Shotgun.
Dane są porównywane dla różnych fenotypów chorób, takich jak rodzaje chorób (wrzodziejące zapalenie jelita grubego w porównaniu z chorobą Leśniowskiego-Crohna), rodzaj leczenia i występowanie zaburzeń psychicznych (lęk/depresja).
|
Do 10 lat
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Profilowanie taksonomiczne mikrobiomu jelitowego
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Próbki kału i/lub błony śluzowej jelit uzyskuje się od włączonych osobników do sekwencjonowania metagenomicznego.
Po ekstrakcji DNA z kału lub błony śluzowej profile taksonomiczne związane z nieswoistymi zapaleniami jelit i różnymi fenotypami chorób są analizowane za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania 16sRNA lub metody Shotgun.
|
Do 10 lat
|
|
Wykrywanie polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP)
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Próbki krwi pobiera się od włączonych osobników do mikromacierzy obejmującej cały genom.
Po ekstrakcji DNA bada się SNP związane z nieswoistymi zapaleniami jelit i różnymi fenotypami chorób (próg istotności statystycznej badania asocjacyjnego całego genomu [GWAS], P < 5,00*E-08).
|
Do 10 lat
|
|
Znalezienie biomarkerów serologicznych
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Od włączonych osobników pobiera się próbki krwi do analizy proteomicznej.
Badane są bioproducenci serologiczni biorący udział w nieswoistych zapaleniach jelit i fenotypach chorób.
|
Do 10 lat
|
|
Korelacja między genotypowaniem gospodarza a mikrobiomem jelitowym
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Próbki krwi pobiera się od włączonych osobników do mikromacierzy obejmującej cały genom.
Po ekstrakcji DNA bada się SNP związane z nieswoistymi zapaleniami jelit i różnymi fenotypami chorób (próg istotności statystycznej badania asocjacyjnego całego genomu [GWAS], P < 5,00*E-08).
Próbki kału i/lub błony śluzowej jelit uzyskuje się od włączonych osobników do sekwencjonowania metagenomicznego.
Po ekstrakcji DNA z kału lub błony śluzowej profile taksonomiczne związane z nieswoistymi zapaleniami jelit i różnymi fenotypami chorób są analizowane za pomocą wysokowydajnego sekwencjonowania 16sRNA lub metody Shotgun.
Skład taksonomiczny mikrobiomu jelitowego porównuje się zgodnie z danymi sekwencjonowania genomów gospodarza.
|
Do 10 lat
|
|
Płynne biosygnatury biopsyjne oceniane za pomocą pojedynczej komórki RNA-Seq
Ramy czasowe: Do 10 lat
|
Próbki krwi i biopsji błony śluzowej jelit są uzyskiwane od włączonych pacjentów, zwłaszcza leczonych lekami biologicznymi lub małymi cząsteczkami do analizy pojedynczych komórek (RNA-Seq).
Dane uzyskane z analizy pojedynczych komórek zostaną porównane w różnych ramach czasowych (na przykład przed i po określonym leczeniu) oraz w różnych fenotypach choroby.
|
Do 10 lat
|
Współpracownicy i badacze
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Nishida A, Inoue R, Inatomi O, Bamba S, Naito Y, Andoh A. Gut microbiota in the pathogenesis of inflammatory bowel disease. Clin J Gastroenterol. 2018 Feb;11(1):1-10. doi: 10.1007/s12328-017-0813-5. Epub 2017 Dec 29.
- Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2007 Jun 7;447(7145):661-78. doi: 10.1038/nature05911.
- Thia KT, Loftus EV Jr, Sandborn WJ, Yang SK. An update on the epidemiology of inflammatory bowel disease in Asia. Am J Gastroenterol. 2008 Dec;103(12):3167-82. doi: 10.1111/j.1572-0241.2008.02158.x.
- Huang H, Vangay P, McKinlay CE, Knights D. Multi-omics analysis of inflammatory bowel disease. Immunol Lett. 2014 Dec;162(2 Pt A):62-8. doi: 10.1016/j.imlet.2014.07.014. Epub 2014 Aug 15.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Oszacować)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- IBD library_2018
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Opis planu IPD
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .