Микробиом кишечника при воспалительном заболевании кишечника

Это проспективное когортное исследование направлено на создание библиотеки кишечного микробиома для корейских пациентов с ВЗК, а также на изучение микробных сигнатур кишечника наряду с отчетливыми клиническими/генетическими особенностями и их потенциальным взаимодействием с использованием исследовательской платформы многокомпонентного анализа.

После подписания информированного согласия у пациентов будут периодически браться различные биологические образцы (фекалии, слизистые оболочки и образцы крови), а также комплексные клинические данные (включая психометрические оценки с использованием опроса пациентов).

Мультиомные исследования будут включать: метагеномику (секвенирование 16s РНК и цельное метагеномное секвенирование), метаболомику, геномику человека (полногеномные данные SNP, полное экзомное и геномное секвенирование), транскриптомику, протеомику, эпигенетику и мультиомный анализ отдельных клеток. . Будут проведены исследования in vitro и in vivo с использованием образцов фекалий.

Короче говоря, после извлечения ДНК из образцов крови будет проведено секвенирование всего генома, и данные будут сравниваться с ранее зарегистрированными отклонениями. Будут измеряться новые отклонения или частота возникновения конкретных отклонений. Будет собран образец кала и проанализирован состав микробиома каждого субъекта исследования. Фекальное микробное разнообразие будет измеряться на основе данных секвенирования 16S рибосомной РНК, которая является хорошо сохранившейся областью генетической информации среди микроорганизмов. Образец слизистой оболочки толстой кишки будет взят, когда планируется рутинное эндоскопическое наблюдение. Образец будет взят из пораженной и нормальной слизистой оболочки для анализа. Микробное разнообразие будет измеряться по данным секвенирования 16S РНК образцов.

Данные мультиомики будут проанализированы с комплексными клиническими метаданными с использованием интегрированной платформы биоинформатического анализа. Клинические данные включают демографические данные, характеристики заболевания и различные данные об исходах, сообщаемые пациентами (включая качество жизни, связанное со здоровьем, тревогу, депрессию и другие). Данные о результатах, о которых сообщают пациенты, будут периодически собираться с использованием утвержденных вопросников.

Данные базового анализа будут повторно исследованы с точки зрения индивидуальных различий, различий между характеристиками заболевания (такими как фенотип заболевания, тип лечения и серологические маркеры), различий между психосоциальными характеристиками (такими как наличие тревоги или депрессии и качество жизни) и др. Кроме того, данные базового анализа будут использоваться в качестве эталона для корейского пациента с ВЗК, и они будут сравниваться с другими данными, полученными от «другой этнической принадлежности» или «здорового» корейского населения.

В заключение, это долгосрочное крупномасштабное проспективное исследование предоставит платформу для изучения области трансляционной медицины для выявления скрытых признаков кишечного микробиома, лежащего в основе ВЗК, и для выявления потенциальных биологических маркеров ВЗК.