炎症性肠病中的肠道微生物组
炎症性肠病中肠道微生物特征的发现
炎症性肠病(IBD)是胃肠道的慢性炎症性疾病。 已有大量研究揭示了 IBD 患者粪便/粘膜微生物组组成的生态失调,但生态失调的实际趋势在患者种族之间存在显着差异。
在此背景下,研究人员在一个大型学术转诊 IBD 中心组成了一个韩国 IBD 患者的前瞻性队列。 使用集成的多组学生物信息学分析,研究人员旨在探索肠道微生物特征以及不同的临床/遗传特征,以及它们在 IBD 患者中的潜在相互作用。
研究概览
详细说明
这项前瞻性队列研究旨在为韩国 IBD 患者建立肠道微生物组文库,还旨在使用研究者的多组学分析平台探索肠道微生物特征以及不同的临床/遗传特征及其潜在的相互作用。
签署知情同意书后,将定期从患者那里获取各种生物样本(粪便、粘膜和血液样本)以及全面的临床数据(包括使用患者调查进行的心理测量评估)。
多组学研究将包括:宏基因组学(16s RNA 测序和全宏基因组测序)、代谢组学、人类基因组学(全基因组 SNP 数据、全外显子组和基因组测序)、转录组学、蛋白质组学、表观遗传学和单细胞多组学分析. 将使用粪便样本进行体外和体内研究。
简而言之,从血液样本中提取 DNA 后,将进行全基因组测序,并将数据与之前报告的差异进行比较。 将测量新的差异或特定差异的发生率。 将收集粪便样本并分析每个研究对象的微生物组组成。 粪便微生物多样性将根据 16S 核糖体 RNA 的测序数据进行测量,这是微生物遗传信息高度保存的区域。 当计划进行常规内窥镜监测时,将收集结肠粘膜样本。 样品将从患病和正常的粘膜中一起收集用于分析。 微生物多样性将根据样品的 16S RNA 测序数据进行测量。
多组学数据将使用综合生物信息学分析平台与全面的临床元数据进行分析。 临床数据包括人口统计学、疾病特征和各种患者报告的外显子数据(包括与健康相关的生活质量、焦虑、抑郁等)。 将使用经过验证的问卷定期收集患者报告的结果数据。
来自基础分析的数据将在个体差异、疾病特征差异(如疾病表型、药物治疗类型和血清学标志物)、心理社会特征差异(如焦虑或抑郁的存在和生活质量)等。 此外,来自基础分析的数据将用作韩国 IBD 患者的参考,并将与从“不同种族”或“健康”韩国人群获得的其他数据进行比较。
总之,这项长期、大规模的前瞻性研究将为研究转化医学领域提供一个平台,以揭示 IBD 背后肠道微生物组的隐藏特征,并识别 IBD 中的潜在生物标志物。
研究类型
注册 (预期的)
联系人和位置
学习地点
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Seoul、大韩民国、130-702
- 招聘中
- Kyung Hee University Hospital
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
有资格学习的性别
取样方法
研究人群
描述
纳入标准:
- 已确诊患有炎症性肠病(包括溃疡性结肠炎和克罗恩病)的患者
排除标准:
- 在过去 2 周内有使用抗生素或益生菌史的人。
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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肠道微生物组的组成和多样性
大体时间:长达 10 年
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粪便和/或肠粘膜样本是从登记的受试者中获得的,用于宏基因组测序。
提取粪便或粘膜 DNA 后,通过 16sRNA 高通量测序或鸟枪法测量微生物组成和多样性。
比较不同疾病表型的数据,例如疾病类型(溃疡性结肠炎与克罗恩病)、治疗类型和心理障碍(焦虑/抑郁)的存在。
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长达 10 年
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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肠道微生物组的分类学分析
大体时间:长达 10 年
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粪便和/或肠粘膜样本是从登记的受试者中获得的,用于宏基因组测序。
提取粪便或粘膜 DNA 后,通过 16sRNA 高通量测序或鸟枪法分析与炎症性肠病和不同疾病表型相关的分类学特征。
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长达 10 年
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发现单核苷酸多态性(SNPs)
大体时间:长达 10 年
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从用于全基因组微阵列的登记受试者获得血样。
提取 DNA 后,探索与炎症性肠病和不同疾病表型相关的 SNP(全基因组关联研究 [GWAS] 统计显着性阈值,P < 5.00*E-08)。
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长达 10 年
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血清学生物标志物的发现
大体时间:长达 10 年
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从登记的受试者获得血样用于蛋白质组学分析。
探索了与炎症性肠病和疾病表型有关的血清学生物标记物。
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长达 10 年
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宿主基因分型与肠道微生物组之间的相关性
大体时间:长达 10 年
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从用于全基因组微阵列的登记受试者获得血样。
提取 DNA 后,探索与炎症性肠病和不同疾病表型相关的 SNP(全基因组关联研究 [GWAS] 统计显着性阈值,P < 5.00*E-08)。
粪便和/或肠粘膜样本是从登记的受试者中获得的,用于宏基因组测序。
提取粪便或粘膜 DNA 后,通过 16sRNA 高通量测序或鸟枪法分析与炎症性肠病和不同疾病表型相关的分类学特征。
根据宿主基因组测序数据比较肠道菌群的分类组成。
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长达 10 年
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通过单细胞 RNA-Seq 评估的液体活检生物印记
大体时间:长达 10 年
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血液和肠粘膜活检样本取自登记的受试者,特别是那些用生物药物或小分子进行单细胞分析 (RNA-Seq) 治疗的受试者。
从单细胞分析获得的数据将在不同的时间范围内(例如,特定治疗前后)和不同的疾病表型进行比较。
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长达 10 年
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合作者和调查者
出版物和有用的链接
一般刊物
- Nishida A, Inoue R, Inatomi O, Bamba S, Naito Y, Andoh A. Gut microbiota in the pathogenesis of inflammatory bowel disease. Clin J Gastroenterol. 2018 Feb;11(1):1-10. doi: 10.1007/s12328-017-0813-5. Epub 2017 Dec 29.
- Wellcome Trust Case Control Consortium. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls. Nature. 2007 Jun 7;447(7145):661-78. doi: 10.1038/nature05911.
- Thia KT, Loftus EV Jr, Sandborn WJ, Yang SK. An update on the epidemiology of inflammatory bowel disease in Asia. Am J Gastroenterol. 2008 Dec;103(12):3167-82. doi: 10.1111/j.1572-0241.2008.02158.x.
- Huang H, Vangay P, McKinlay CE, Knights D. Multi-omics analysis of inflammatory bowel disease. Immunol Lett. 2014 Dec;162(2 Pt A):62-8. doi: 10.1016/j.imlet.2014.07.014. Epub 2014 Aug 15.
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (预期的)
研究完成 (预期的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (估计)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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