Suoliston mikrobiomi tulehduksellisessa suolistosairaudessa

Tämän tulevan kohorttitutkimuksen tavoitteena on rakentaa suoliston mikrobiomikirjasto korealaisille IBD-potilaille, ja se pyrkii myös tutkimaan suoliston mikrobien allekirjoituksia sekä erilaisia ​​kliinisiä/geneettisiä piirteitä ja niiden mahdollista vuorovaikutusta käyttämällä tutkijan multi-omiikka-analyysialustaa.

Tietoon perustuvan suostumuksen allekirjoittamisen jälkeen potilailta hankitaan määräajoin erilaisia ​​biologisia näytteitä (uloste-, limakalvo- ja verinäytteet) sekä kattavaa kliinistä tietoa (mukaan lukien psykometriset arvioinnit potilaskyselyllä).

Multiomiikkatutkimukset käsittävät: metagenomiikka (16s RNA:n sekvensointi ja koko metagenominen sekvensointi), metabolomiikka, ihmisen genomiikka (genominlaajuinen SNP-tiedot, koko eksomin ja genomin sekvensointi), transkriptomiikka, proteomiikka, epigenetiikka ja yksisoluinen moniomiikka-analyysi . Suoritetaan in vitro- ja in vivo -tutkimus ulostenäytteitä käyttäen.

Lyhyesti sanottuna DNA:n poistamisen jälkeen verinäytteistä suoritetaan koko genomin sekvensointi ja tietoja verrataan aiemmin raportoituihin variansseihin. Uudet varianssit tai spesifisten varianssien esiintyvyys mitataan. Ulostenäyte kerätään ja kunkin koehenkilön mikrobiomikoostumus analysoidaan. Ulosteen mikrobien monimuotoisuus mitataan 16S ribosomaalisen RNA:n sekvensointitiedoista, joka on hyvin säilynyt geneettisen informaation alue mikro-organismien keskuudessa. Paksusuolen limakalvonäyte otetaan, kun rutiininomaista endoskooppista seurantaa suunnitellaan. Näyte kerätään sairaalta ja normaalilta limakalvolta analyysiä varten. Mikrobien monimuotoisuus mitataan näytteiden 16S RNA:n sekvensointitiedoista.

Multi-omiikkadata analysoidaan kattavan kliinisen metadatan avulla integroidun bioinformatiikan analyysialustan avulla. Kliiniset tiedot sisältävät demografisia tietoja, sairauden ominaisuuksia ja erilaisia ​​potilaiden raportoimia ulostulotietoja (mukaan lukien terveyteen liittyvä elämänlaatu, ahdistuneisuus, masennus ja muut). Potilaiden ilmoittamat tulostiedot kerätään validoitujen kyselylomakkeiden avulla säännöllisesti.

Perusanalyysin tietoja tarkastellaan uudelleen yksilöiden välisten erojen, sairauden ominaisuuksien (kuten sairauden fenotyyppi, lääketieteellisen hoidon tyyppi ja serologiset merkkiaineet), psykososiaalisten ominaisuuksien (kuten ahdistuneisuuden tai masennuksen ja ja elämänlaatu) jne. Lisäksi perusanalyysin tietoja käytetään viitteenä korealaiselle IBD-potilaalle ja niitä verrataan muihin tietoihin, jotka on saatu "eri etnisestä" tai "terveestä" korealaisesta väestöstä.

Yhteenvetona voidaan todeta, että tämä pitkän aikavälin laajamittainen prospektiivinen tutkimus tarjoaa alustan translaatiolääketieteen alan tutkimiselle IBD:n taustalla olevan suoliston mikrobiomin piilomerkkien paljastamiseksi ja mahdollisten biologisten merkkiaineiden tunnistamiseksi IBD:ssä.