Microbioma intestinal en la enfermedad inflamatoria intestinal

Este estudio de cohorte prospectivo tiene como objetivo construir una biblioteca de microbiomas intestinales para pacientes coreanos con EII, y también tiene como objetivo explorar las firmas microbianas intestinales junto con características clínicas/genéticas distintas y su posible interacción utilizando la plataforma de análisis multiómica del investigador.

Después de firmar el consentimiento informado, se obtendrán periódicamente de los pacientes varias muestras biológicas (muestras fecales, mucosas y de sangre), así como datos clínicos completos (incluidas evaluaciones psicométricas mediante encuestas a pacientes).

Las investigaciones multiómicas comprenderán: metagenómica (secuenciación de ARN 16s y secuenciación metagenómica completa), metabolómica, genómica humana (datos SNP de todo el genoma, exoma completo y secuenciación del genoma), transcriptómica, proteómica, epigenética y análisis multiómico de una sola célula. . Se realizarán estudios in vitro e in vivo utilizando muestras fecales.

En resumen, después de extraer el ADN de las muestras de sangre, se realizará la secuenciación del genoma completo y se compararán los datos con las variaciones informadas anteriormente. Se medirán las variaciones nuevas o la incidencia de variaciones específicas. Se recolectará una muestra fecal y se analizará la composición del microbioma de cada sujeto del estudio. La diversidad microbiana fecal se medirá a partir de los datos de secuenciación del ARN ribosómico 16S, que es un área de información genética altamente conservada entre los microorganismos. La muestra de la mucosa colónica se recolectará cuando se planifique la vigilancia endoscópica de rutina. La muestra se recolectará de la mucosa enferma y normal en conjunto para su análisis. La diversidad microbiana se medirá a partir de los datos de secuenciación del ARN 16S de las muestras.

Los datos multiómicos se analizarán con metadatos clínicos integrales utilizando una plataforma de análisis bioinformática integrada. Los datos clínicos incluyen datos demográficos, características de la enfermedad y varios datos de resultados informados por los pacientes (incluida la calidad de vida relacionada con la salud, la ansiedad, la depresión y otros). Los datos de resultados informados por los pacientes se recopilarán periódicamente mediante cuestionarios validados.

Los datos del análisis básico se volverán a explorar en términos de diferencia interindividual, diferencia entre las características de la enfermedad (como el fenotipo de la enfermedad, tipo de tratamiento médico y marcadores serológicos), diferencia entre las características psicosociales (como la presencia de ansiedad o depresión y calidad de vida), etc. Además, los datos del análisis básico se utilizarán como referencia para el paciente coreano con EII y se compararán con otros datos obtenidos de la población coreana "de diferente etnia" o "sana".

En conclusión, este estudio prospectivo a gran escala y a largo plazo proporcionará una plataforma para estudiar un campo de la medicina traslacional para revelar firmas ocultas del microbioma intestinal subyacente a la EII e identificar posibles marcadores biológicos en la EII.