Tarmmikrobiom ved inflammatorisk tarmsygdom

Denne prospektive kohorteundersøgelse har til formål at opbygge et tarmmikrobiombibliotek for koreanske IBD-patienter og sigter også mod at udforske tarmmikrobielle signaturer sammen med distinkte kliniske/genetiske egenskaber og deres potentielle samspil ved hjælp af investigatorens multi-omics analyseplatform.

Efter at have underskrevet det informerede samtykke vil forskellige biologiske prøver (fækal-, slimhinde- og blodprøver) samt omfattende kliniske data (inklusive psykometriske evalueringer ved hjælp af patientundersøgelse) blive indhentet fra patienter med jævne mellemrum.

Multi-omics-undersøgelserne vil omfatte: metagenomics (16s RNA-sekventering og hel metagenomisk sekventering), metabolomics, human genomics (genom-dækkende SNP-data, hele exom- og genom-sekventering), transkriptomics, proteomics, epigenetik og enkeltcellede multi-omics-analyse . Der vil blive udført in vitro og in vivo undersøgelser med fækale prøver.

Kort sagt, efter at have ekstraheret DNA'et fra blodprøver, vil hele genomsekventering blive udført, og data vil blive sammenlignet med de tidligere rapporterede varianser. Nye varianser eller forekomst af specifikke varianser vil blive målt. Fækal prøve vil blive indsamlet, og mikrobiomsammensætningen af ​​hvert forsøgspersoner vil blive analyseret. Fækal mikrobiel diversitet vil blive målt ud fra sekventeringsdata af 16S ribosomalt RNA, som er højt bevaret område med genetisk information blandt mikroorganismer. Colonslimhindeprøve vil blive indsamlet, når rutinemæssig endoskopisk overvågning er planlagt. Prøver vil blive samlet fra syge og normale slimhinder til analyse. Mikrobiel diversitet vil blive målt ud fra 16S RNA-sekventeringsdata fra prøverne.

Multiomics-dataene vil blive analyseret med omfattende kliniske metadata ved hjælp af en integreret bioinformatikanalyseplatform. Kliniske data omfatter demografi, sygdomskarakteristika og forskellige patientrapporterede resultater (herunder sundhedsrelateret livskvalitet, angst, depression og andre). Patientrapporterede udfaldsdata vil blive indsamlet med jævne mellemrum ved hjælp af validerede spørgeskemaer.

Data fra grundlæggende analyser vil blive genudforsket med hensyn til inter-individuelle forskelle, forskel mellem sygdomskarakteristika (såsom sygdomsfænotype, type medicinsk behandling og serologiske markører), forskel mellem psykosociale karakteristika (såsom tilstedeværelsen af ​​angst eller depression og livskvalitet) osv. Derudover vil data fra basisanalyse blive brugt som reference for den koreanske IBD-patient, og de vil blive sammenlignet med andre data opnået fra den "anden etnicitet" eller "sunde" koreanske befolkning.

Som konklusion vil denne langsigtede, storstilede prospektive undersøgelse give en platform til at studere et felt inden for translationel medicin for at afsløre skjulte signaturer af tarmmikrobiom, der ligger til grund for IBD og for at identificere potentielle biologiske markører i IBD.