Microbiome intestinal dans les maladies inflammatoires de l'intestin

Cette étude de cohorte prospective vise à créer une bibliothèque de microbiomes intestinaux pour les patients coréens atteints de MICI, et vise également à explorer les signatures microbiennes intestinales ainsi que des caractéristiques cliniques/génétiques distinctes et leur interaction potentielle à l'aide de la plateforme d'analyse multi-omique de l'investigateur.

Après la signature du consentement éclairé, divers échantillons biologiques (échantillons fécaux, muqueux et sanguins) ainsi que des données cliniques complètes (y compris des évaluations psychométriques utilisant une enquête auprès des patients) seront obtenus périodiquement des patients.

Les investigations multi-omiques comprendront : la métagénomique (séquençage d'ARN 16s et séquençage métagénomique entier), la métabolomique, la génomique humaine (données SNP à l'échelle du génome, séquençage de l'exome entier et du génome), la transcriptomique, la protéomique, l'épigénétique et l'analyse multi-omique unicellulaire . Des études in vitro et in vivo utilisant des échantillons fécaux seront menées.

En bref, après avoir extrait l'ADN des échantillons de sang, le séquençage du génome entier sera effectué et les données seront comparées aux variances précédemment rapportées. Les nouvelles variances ou l'incidence de variances spécifiques seront mesurées. Un échantillon fécal sera prélevé et la composition du microbiome de chaque sujet de l'étude sera analysée. La diversité microbienne fécale sera mesurée à partir des données de séquençage de l'ARN ribosomal 16S qui est une zone hautement préservée d'informations génétiques parmi les micro-organismes. Un échantillon de muqueuse colique sera prélevé lors de la planification d'une surveillance endoscopique de routine. L'échantillon sera prélevé à partir de la muqueuse malade et normale pour analyse. La diversité microbienne sera mesurée à partir des données de séquençage de l'ARN 16S des échantillons.

Les données multi-omiques seront analysées avec des métadonnées cliniques complètes à l'aide d'une plateforme d'analyse bioinformatique intégrée. Les données cliniques comprennent les données démographiques, les caractéristiques de la maladie et diverses données sur les résultats rapportés par les patients (y compris la qualité de vie liée à la santé, l'anxiété, la dépression et autres). Les données sur les résultats rapportés par les patients seront recueillies périodiquement à l'aide de questionnaires validés.

Les données de l'analyse de base seront réexplorées en termes de différence interindividuelle, de différence entre les caractéristiques de la maladie (telles que le phénotype de la maladie, le type de traitement médical et les marqueurs sérologiques), de différence entre les caractéristiques psychosociales (telles que la présence d'anxiété ou de dépression et qualité de vie) etc. De plus, les données de l'analyse de base serviront de référence pour le patient coréen atteint de MII et seront comparées à d'autres données obtenues auprès de la population coréenne "d'ethnie différente" ou "en bonne santé".

En conclusion, cette étude prospective à long terme et à grande échelle fournira une plate-forme pour étudier un domaine de la médecine translationnelle afin de révéler les signatures cachées du microbiome intestinal sous-jacent aux MICI et d'identifier les marqueurs biologiques potentiels des MII.