Nové testy pro detekci viru chřipky

I. Pozadí

• Virus sezónní chřipky způsobuje odhadem 0,3–0,6 milionu úmrtí ročně. Virus ptačí chřipky H5N1, H7N9 a H5N6 má úmrtnost vyšší než 30 %. Viry prasečí chřipky z prasat nakazily i lidi.
• Molekulární testy se nyní běžně používají při detekci chřipkových virů. Gen M se často používá jako cíl pro všechny viry chřipky A, protože nukleotidová sekvence tohoto genu je mezi všemi viry chřipky A relativně konzervovaná. Světová zdravotnická organizace a americké Středisko pro kontrolu a prevenci nemocí (CDC) zveřejnily protokoly pro molekulární detekci genu M viru chřipky A.
• Nedávné studie však ukázaly, že mutace v genu M vedly ke snížené citlivosti testu RT-PCR zaměřeného na tento gen. Proto je důležité použít alternativní konzervované geny jako cíl RT-PCR. V této studii je naším cílem vyhodnotit dva nové testy RT-PCR, které jsou založeny na genovém segmentu PB2 a NS

II. Cíl studie - Vyhodnotit senzitivitu a specificitu 2 nových testů RT-PCR

III. Celkový design studie

• Vyšetřovatelé náhodně získají archivované vzorky nosohltanu a slin, které byly dříve testovány na virus chřipky A pomocí komerčně dostupných testů v naší laboratoři, testované na virus chřipky A v pobočce veřejné zdravotnické laboratoře v Hong Kongu. Tyto vzorky budou testovány na virus chřipky A pomocí 4 různých testů RT-PCR, jak je uvedeno níže:

  1. Náš nový test RT-PCR zaměřený na gen PB2
  2. Náš nový test RT-PCR zaměřený na gen NS
  3. M gen RT-PCR publikovaný Světovou zdravotnickou organizací

  4. RT-PCR genu M publikovaná americkým CDC

     Bude stanovena citlivost, specificita, pozitivní prediktivní hodnota a negativní prediktivní hodnota.

     IV. Extrakce nukleových kyselin a reverzní transkripční polymerázová řetězová reakce (RT-PCR) v reálném čase pro virus chřipky A

• Vzorky slin a nazofaryngeálních vzorků budou podrobeny extrakci celkové nukleové kyseliny (TNA) pomocí NucliSENS easyMAG (BioMerieux, Boxtel, Nizozemsko).
• Budou provedeny monoplexní testy RT-PCR v reálném čase na virus chřipky A. Primery a sondy pro RT-PCR genu M byly publikovány WHO a americkým CDC.

V. Velikost vzorku:

• Vyšetřovatelé provedou všechny 4 testy RT-PCR na celkem 320 vzorcích, včetně
• 80 vzorků z nosohltanu, které byly pozitivně testovány na chřipku A komerčně dostupnými molekulárními testy nebo testováním provedeným v pobočce Public Health Laboratory Services Branch v Hong Kongu
• 80 vzorků z nosohltanu, které byly testovány negativně na chřipku A komerčně dostupnými molekulárními testy nebo testováním provedeným v pobočce Public Health Laboratory Services v Hong Kongu
• 80 vzorků slin, které byly pozitivně testovány na chřipku A komerčně dostupnými molekulárními testy
• 80 vzorků slin, které byly negativně testovány na chřipku A komerčně dostupnými molekulárními testy