Nowe testy do wykrywania wirusa grypy

I. Tło

• Wirus grypy sezonowej powoduje około 0,3-0,6 miliona zgonów rocznie. Wirus ptasiej grypy H5N1, H7N9 i H5N6 ma śmiertelność ponad 30%. Wirusy grypy świń zarażały również ludzi.
• Testy molekularne są obecnie rutynowo stosowane w wykrywaniu wirusów grypy. Gen M jest często używany jako cel dla wszystkich wirusów grypy A, ponieważ sekwencja nukleotydowa tego genu jest stosunkowo konserwatywna wśród wszystkich wirusów grypy A. Światowa Organizacja Zdrowia i amerykańskie Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom (CDC) opublikowały protokoły molekularnego wykrywania genu M wirusa grypy A.
• Jednak ostatnie badania wykazały, że mutacje w genie M doprowadziły do ​​​​zmniejszonej czułości testu RT-PCR ukierunkowanego na ten gen. Dlatego ważne jest, aby użyć alternatywnych konserwatywnych genów jako celu RT-PCR. W tym badaniu naszym celem jest ocena dwóch nowych testów RT-PCR opartych na segmencie genów PB2 i NS

II. Cel badania – Ocena czułości i swoistości 2 nowych testów RT-PCR

III. Ogólny projekt badania

• Badacze losowo pobiorą zarchiwizowane próbki nosogardzieli i śliny, które zostały wcześniej przebadane na obecność wirusa grypy A przy użyciu dostępnych na rynku testów w naszym laboratorium, przetestowanych na obecność wirusa grypy A w Public Health Laboratory Service Branch w Hong Kongu. Próbki te zostaną przebadane na obecność wirusa grypy typu A za pomocą 4 różnych testów RT-PCR wymienionych poniżej:

  1. Nasz nowy test RT-PCR ukierunkowany na gen PB2
  2. Nasz nowy test RT-PCR ukierunkowany na gen NS
  3. M gen RT-PCR opublikowany przez Światową Organizację Zdrowia

  4. RT-PCR genu M opublikowane przez amerykańskie CDC

     Określona zostanie czułość, specyficzność, dodatnia wartość predykcyjna i ujemna wartość predykcyjna.

     IV. Ekstrakcja kwasu nukleinowego i reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją w czasie rzeczywistym (RT-PCR) dla wirusa grypy A

• Próbki śliny i jamy nosowo-gardłowej zostaną poddane ekstrakcji całkowitego kwasu nukleinowego (TNA) za pomocą NucliSENS easyMAG (BioMerieux, Boxtel, Holandia).
• Zostaną przeprowadzone testy RT-PCR w czasie rzeczywistym Monoplex dla wirusa grypy A. Startery i sondy do RT-PCR genu M zostały opublikowane przez WHO i amerykańskie CDC.

V. Wielkość próbki:

• Badacze przeprowadzą wszystkie 4 testy RT-PCR na łącznie 320 próbkach, w tym
• 80 próbek z jamy nosowo-gardłowej, które uzyskały pozytywny wynik testu na grypę A za pomocą dostępnych na rynku testów molekularnych lub testów przeprowadzonych w Public Health Laboratory Services Branch w Hong Kongu
• 80 próbek z jamy nosowo-gardłowej, które dały wynik ujemny w kierunku grypy A za pomocą dostępnych na rynku testów molekularnych lub testów przeprowadzonych w Public Health Laboratory Services Branch w Hong Kongu
• 80 próbek śliny, które uzyskały pozytywny wynik testu na grypę A w dostępnych na rynku testach molekularnych
• 80 próbek śliny, które dały wynik ujemny w kierunku grypy A za pomocą dostępnych na rynku testów molekularnych