Nye analyser for påvisning av influensavirus

I. Bakgrunn

• Sesongbetinget influensavirus forårsaker anslagsvis 0,3-0,6 millioner dødsfall per år. Fugleinfluensavirus H5N1, H7N9 og H5N6 har en dødelighet på over 30 %. Svineinfluensavirus fra griser har også infisert mennesker.
• Molekylære analyser brukes nå rutinemessig for påvisning av influensavirus. M-genet brukes ofte som mål for alle influensa A-virus fordi nukleotidsekvensen til dette genet er relativt bevart blant alle influensa A-virusene. Verdens helseorganisasjon og US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) har publisert protokoller for molekylær påvisning av influensa A-virus M-gen.
• Nyere studier har imidlertid vist at mutasjoner i M-genet har ført til en redusert følsomhet for RT-PCR-analysen rettet mot dette genet. Derfor er det viktig å bruke alternative konserverte gener som målet for RT-PCR. I denne studien er målet vårt å evaluere to nye RT-PCR-analyser som er basert på PB2- og NS-gensegmentet

II. Studiemål - Å evaluere sensitiviteten og spesifisiteten til 2 nye RT-PCR-analyser

III. Overordnet studiedesign

• Etterforskerne vil tilfeldig hente arkiverte nasofaryngeale prøver og spyttprøver som tidligere ble testet for influensa A-virus ved hjelp av kommersielt tilgjengelige analyser i laboratoriet vårt, testet for influensa A-virus ved Public Health Laboratory Service Branch i Hong Kong. Disse prøvene vil bli testet for influensa A-virus med 4 forskjellige RT-PCR-analyser som listet nedenfor:

  1. Vår nye RT-PCR-analyse rettet mot PB2-genet
  2. Vår nye RT-PCR-analyse rettet mot NS-genet
  3. M-gen RT-PCR utgitt av Verdens helseorganisasjon

  4. M-gen RT-PCR publisert av US CDC

     Sensitivitet, spesifisitet, positiv prediktiv verdi og negativ prediktiv verdi vil bli bestemt.

     IV. Nukleinsyreekstraksjon og sanntids revers transkripsjon-polymerasekjedereaksjon (RT-PCR) for influensa A-virus

• Spytt- og nasofaryngeale prøver vil bli utsatt for total nukleinsyre (TNA) ekstraksjon av NucliSENS easyMAG (BioMerieux, Boxtel, Nederland).
• Monoplex sanntids RT-PCR-analyser for influensa A-virus vil bli utført. Primerne og probene for M-genet RT-PCR er publisert av WHO og US CDC.

V. Prøvestørrelse:

• Etterforskerne vil utføre alle 4 RT-PCR-analysene på totalt 320 prøver, inkludert
• 80 nasofaryngeale prøver som testet positivt for influensa A ved kommersielt tilgjengelige molekylære analyser eller ved testing utført ved Public Health Laboratory Services Branch i Hong Kong
• 80 nasofaryngeale prøver som testet negative for influensa A ved kommersielt tilgjengelige molekylære analyser eller ved testing utført ved Public Health Laboratory Services Branch i Hong Kong
• 80 spyttprøver som testet positivt for influensa A ved kommersielt tilgjengelige molekylære analyser
• 80 spyttprøver som testet negativt for influensa A ved kommersielt tilgjengelige molekylære analyser