Nya analyser för upptäckt av influensavirus

I. Bakgrund

• Säsongsinfluensavirus orsakar uppskattningsvis 0,3-0,6 miljoner dödsfall per år. Aviär influensavirus H5N1, H7N9 och H5N6 har en dödlighet på över 30 %. Svininfluensavirus från grisar har också infekterat människor.
• Molekylära analyser används nu rutinmässigt för att detektera influensavirus. M-genen används ofta som mål för alla influensa A-virus eftersom nukleotidsekvensen för denna gen är relativt konserverad bland alla influensa A-virus. Världshälsoorganisationen och US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) har publicerat protokoll för molekylär detektion av M-genen för influensa A-virus.
• Nyligen genomförda studier har dock visat att mutationer i M-genen har lett till en minskad känslighet hos RT-PCR-analyser riktade mot denna gen. Därför är det viktigt att använda alternativa konserverade gener som mål för RT-PCR. I denna studie är vårt mål att utvärdera två nya RT-PCR-analyser som är baserade på PB2- och NS-gensegment

II. Studiemål - Att utvärdera känsligheten och specificiteten för 2 nya RT-PCR-analyser

III. Övergripande studiedesign

• Utredarna kommer slumpmässigt att hämta arkiverade nasofarynx- och salivprover som tidigare testats för influensa A-virus med hjälp av kommersiellt tillgängliga analyser i vårt laboratorium, testade för influensa A-virus vid Public Health Laboratory Service Branch i Hong Kong. Dessa prover kommer att testas för influensa A-virus med fyra olika RT-PCR-analyser enligt nedan:

  1. Vår nya RT-PCR-analys riktar sig mot PB2-genen
  2. Vår nya RT-PCR-analys riktar sig mot NS-genen
  3. M-genen RT-PCR publicerad av Världshälsoorganisationen

  4. M-gen RT-PCR publicerad av US CDC

     Sensitivitet, specificitet, positivt prediktivt värde och negativt prediktivt värde kommer att bestämmas.

     IV. Nukleinsyraextraktion och omvänd transkription-polymeraskedjereaktion i realtid (RT-PCR) för influensa A-virus

• Saliv och nasofaryngeala prover kommer att utsättas för total nukleinsyra (TNA) extraktion med NucliSENS easyMAG (BioMerieux, Boxtel, Nederländerna).
• Monoplex realtids-RT-PCR-analyser för influensa A-virus kommer att utföras. Primrarna och sonderna för M-genen RT-PCR har publicerats av WHO och US CDC.

V. Provstorlek:

• Utredarna kommer att utföra alla 4 RT-PCR-analyser på totalt 320 prover, inklusive
• 80 nasofaryngeala prover som testade positivt för influensa A genom kommersiellt tillgängliga molekylära analyser eller genom testning utförd på Public Health Laboratory Services Branch i Hong Kong
• 80 nasofaryngeala prover som testades negativt för influensa A genom kommersiellt tillgängliga molekylära analyser eller genom tester utförda vid Public Health Laboratory Services Branch i Hong Kong
• 80 salivprover som testades positivt för influensa A genom kommersiellt tillgängliga molekylära analyser
• 80 salivprover som testade negativt för influensa A genom kommersiellt tillgängliga molekylära analyser