Uudet määritykset influenssaviruksen havaitsemiseksi

I. Tausta

• Kausi-influenssavirus aiheuttaa arviolta 0,3-0,6 miljoonaa kuolemaa vuodessa. Lintuinfluenssaviruksen H5N1, H7N9 ja H5N6 kuolleisuus on yli 30 %. Sikojen sikainfluenssavirukset ovat saaneet tartunnan myös ihmisiin.
• Molekyylimäärityksiä käytetään nykyään rutiininomaisesti influenssavirusten havaitsemisessa. M-geeniä käytetään usein kohteena kaikille influenssa A-viruksille, koska tämän geenin nukleotidisekvenssi on suhteellisen konservoitunut kaikkien influenssa A-virusten joukossa. Maailman terveysjärjestö ja Yhdysvaltain tautien valvonta- ja ehkäisykeskukset (CDC) ovat julkaisseet protokollat ​​influenssa A -viruksen M-geenin molekyylien havaitsemiseksi.
• Viimeaikaiset tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että mutaatiot M-geenissä ovat johtaneet tähän geeniin kohdistuvan RT-PCR-määrityksen herkkyyden heikkenemiseen. Siksi on tärkeää käyttää vaihtoehtoisia konservoituneita geenejä RT-PCR:n kohteena. Tässä tutkimuksessa tavoitteenamme on arvioida kaksi uutta RT-PCR-määritystä, jotka perustuvat PB2- ja NS-geenisegmentteihin.

II. Tutkimuksen tavoite - Arvioida kahden uuden RT-PCR-määrityksen herkkyys ja spesifisyys

III. Opintojen kokonaissuunnittelu

• Tutkijat hakevat satunnaisesti arkistoidut nenänielun ja sylkinäytteet, jotka on aiemmin testattu influenssa A -viruksen varalta laboratoriossamme kaupallisesti saatavilla olevilla määrityksillä ja jotka on testattu influenssa A -viruksen varalta Hongkongin kansanterveyslaboratorion palvelupisteessä. Nämä näytteet testataan influenssa A -viruksen varalta neljällä eri RT-PCR-määrityksellä, jotka on lueteltu alla:

  1. Uusi RT-PCR-analyysimme kohdistuu PB2-geeniin
  2. Uusi RT-PCR-analyysimme kohdistuu NS-geeniin
  3. Maailman terveysjärjestön julkaisema M-geenin RT-PCR

  4. M-geenin RT-PCR, julkaissut US CDC

     Herkkyys, spesifisyys, positiivinen ennustearvo ja negatiivinen ennustearvo määritetään.

     IV. Nukleiinihapon uutto ja reaaliaikainen käänteistranskriptiopolymeraasiketjureaktio (RT-PCR) influenssa A -virukselle

• Sylki- ja nenänielun näytteet alistetaan kokonaisnukleiinihappo (TNA) -uuttoon NucliSENS easyMAG:lla (BioMerieux, Boxtel, Alankomaat).
• Monoplex-reaaliaikaiset RT-PCR-määritykset influenssa A -virukselle suoritetaan. WHO ja US CDC ovat julkaisseet M-geenin RT-PCR:n alukkeet ja koettimet.

V. Näytteen koko:

• Tutkijat suorittavat kaikki 4 RT-PCR-määritystä yhteensä 320 näytteelle, mukaan lukien
• 80 nenänielun näytettä, jotka osoittautuivat positiivisiksi influenssa A:n suhteen kaupallisesti saatavilla olevilla molekyylimäärityksillä tai Hongkongin kansanterveyslaboratoriopalveluiden osastolla tehdyillä testeillä
• 80 nenänielun näytettä, jotka osoittautuivat negatiivisiksi influenssa A:n suhteen kaupallisesti saatavilla olevilla molekyylimäärityksillä tai Hongkongin kansanterveyslaboratoriopalveluiden osastolla tehdyillä testeillä
• 80 sylkinäytettä, jotka osoittautuivat positiivisiksi influenssa A:n suhteen kaupallisesti saatavilla olevilla molekyylimäärityksillä
• 80 sylkinäytettä, jotka osoittautuivat negatiivisiksi influenssa A:n suhteen kaupallisesti saatavilla olevilla molekyylimäärityksillä