Új vizsgálatok az influenzavírus kimutatására

I. Háttér

• A szezonális influenzavírus becslések szerint évente 0,3-0,6 millió ember halálát okozza. A H5N1, H7N9 és H5N6 madárinfluenza vírusok halálozási aránya meghaladja a 30%-ot. A sertésekből származó sertésinfluenza vírusok az embereket is megfertőzték.
• A molekuláris vizsgálatokat ma már rutinszerűen alkalmazzák az influenzavírusok kimutatására. Az M gént gyakran használják minden influenza A vírus célpontjaként, mivel ennek a génnek a nukleotidszekvenciája viszonylag konzervált az összes influenza A vírus között. Az Egészségügyi Világszervezet és az Egyesült Államok Betegségellenőrzési és Megelőzési Központja (CDC) protokollokat tett közzé az influenza A vírus M génjének molekuláris kimutatására.
• A közelmúltban végzett vizsgálatok azonban kimutatták, hogy az M gén mutációi az ezt a gént célzó RT-PCR vizsgálat érzékenységének csökkenéséhez vezettek. Ezért fontos, hogy az RT-PCR célpontjaként alternatív konzervált géneket használjunk. Ebben a tanulmányban az a célunk, hogy értékeljünk két új RT-PCR vizsgálatot, amelyek a PB2 és NS génszegmensen alapulnak.

II. A vizsgálat célja - Két új RT-PCR vizsgálat érzékenységének és specificitásának értékelése

III. A tanulmány átfogó tervezése

• A nyomozók véletlenszerűen lekérik azokat az archivált orrgarat- és nyálmintákat, amelyeket korábban laboratóriumunkban kereskedelmi forgalomban kapható tesztekkel teszteltek influenza A vírusra, és amelyeket a hongkongi Public Health Laboratory Service Branch-ben teszteltek influenza A vírusra. Ezeket a mintákat 4 különböző RT-PCR vizsgálattal tesztelik az influenza A vírusra, az alábbiak szerint:

  1. Az új RT-PCR vizsgálatunk a PB2 gént célozza meg
  2. Új RT-PCR vizsgálatunk, amely az NS gént célozza meg
  3. Az Egészségügyi Világszervezet által közzétett M gén RT-PCR

  4. M gén RT-PCR, amelyet az US CDC publikált

     Meg kell határozni az érzékenységet, a specificitást, a pozitív prediktív értéket és a negatív prediktív értéket.

     IV. Nukleinsav extrakció és valós idejű reverz transzkripciós-polimeráz láncreakció (RT-PCR) az influenza A vírushoz

• A nyál- és nasopharyngealis mintákat teljes nukleinsav (TNA) extrakciónak vetik alá a NucliSENS easyMAG (BioMerieux, Boxtel, Hollandia) segítségével.
• Monoplex valós idejű RT-PCR vizsgálatokat végeznek az influenza A vírus kimutatására. Az M gén RT-PCR primerjeit és próbáit a WHO és az US CDC tette közzé.

V. Minta mérete:

• A vizsgálók mind a 4 RT-PCR vizsgálatot összesen 320 mintán elvégzik, beleértve a
• 80 nasopharyngeális minta, amelyek influenza A pozitívnak bizonyultak a kereskedelemben kapható molekuláris tesztekkel vagy a hongkongi Public Health Laboratory Services Branch-ben végzett vizsgálatokkal
• 80 nasopharyngeális minta, amelyek influenza A-ra negatívnak bizonyultak kereskedelmi forgalomban kapható molekuláris tesztekkel vagy a hongkongi Public Health Laboratory Services Branch-ben végzett vizsgálattal
• 80 nyálminta, amelyek influenza A pozitívnak bizonyultak a kereskedelemben kapható molekuláris tesztekkel
• 80 nyálminta, amelyek influenza A-ra negatívnak bizonyultak a kereskedelemben kapható molekuláris tesztekkel