Tato stránka byla automaticky přeložena a přesnost překladu není zaručena. Podívejte se prosím na anglická verze pro zdrojový text.

Klinická aplikace genetického sekvenování pacientů s časným karcinomem žaludku a adenomem žaludku

6. září 2025 aktualizováno: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Projekt klinického sekvenování pro pacienty s časnou rakovinou žaludku a prekancerózním adenomem žaludku pro personalizovanou onkologickou kliniku

Vzhledem k tomu, že pokročilý karcinom žaludku vykazuje špatnou prognózu, je důležité včas odhalit pacienty s karcinomem žaludku nebo prekancerózním adenomem žaludku, u kterých je míra vyléčení 95 % nebo více. Navíc velká část časného karcinomu žaludku může být kompletně resekována endoskopickou resekcí, čímž je zajištěna velmi vysoká kvalita života pacientů. V současnosti však neexistují žádné markery, které by bylo možné použít pro diagnostiku časného karcinomu žaludku nebo adenomu žaludku. Navíc největším problémem po endoskopické resekci časného karcinomu žaludku je metachronní recidiva karcinomu, která vyžaduje opakovanou endoskopickou resekci nebo další chirurgickou gastrektomii. Neexistují však žádné objevené markery pro predikci recidivy.

Tekutá biopsie je metoda získávání tělních tekutin, jako je žaludeční šťáva nebo výpotek, endoskopickým vstupem během gastroskopie nebo kolonoskopie a krve. Na základě pokročilé metody analýzy odhaluje tekutá biopsie více genetických informací než tkáňová biopsie. Proto je vysoce pravděpodobné, že se stane základním faktorem budoucí personalizované medicíny. Proto byla tato studie navržena tak, aby identifikovala, zda molekulární profilování nádoru založené na tkáni nebo krvi může být použito pro predikci prognózy a diagnózy časného karcinomu žaludku a prekancerózního adenomu žaludku.

Přehled studie

Postavení

Nábor

Podmínky

Detailní popis

  1. Získávání vzorků nádorů: Tkáň a 10 ml krve bude odebráno pro genomické vyšetření u pacientů s histologicky diagnostikovaným časným karcinomem žaludku nebo prekancerózní lézí adenomu žaludku a další tkáň a krev budou odebrány 2 měsíce, 1 rok po léčbě a recidivě.

  2. Vhodnost vzorků tmor

    : Oblasti tumoru (> 60 %) se vyříznou pod mikroskopem ze 4 μm silných nebarvených řezů srovnáním s H&E barveným sklíčkem a genomová DNA byla extrahována pomocí Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Německo) podle pokyny výrobce. Po extrakci jsme změřili koncentrace a poměry 260/280 a 260/230 nm pomocí spektrofotometru (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Každý vzorek byl poté kvantifikován pomocí fluorometru Qubit (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Vzorky genomové DNA s více než 10 ng měřené fluorometrem Qubit byly podrobeny přípravě knihovny AmpliSeq. K identifikaci "léčitelných" CNV jsme použili 21genový nCounter CNV test.

  3. Metoda molekulárního profilování nádoru

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: K detekci častých somatických mutací, které byly vybrány na základě přehledu literatury, používáme Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent). Zkoumá 285 mutací v 50 běžně mutovaných onkogenech a tumor supresorových genech. Nejprve bylo 10 ng DNA z každého 89 vzorků nádoru FFPE podrobeno jednozkumavkové multiplexní PCR amplifikaci s použitím Ion AmpliSepCancer Primer Pool a činidel AmpliSepKit (Life Technologies). Ošetření výsledných amplikonů přípravkem FuPa Preagent částečně štěpí primery a fosforyluje amplikony . Fosforylát amplikonů je ligován do iontových daptérů a purifikován. Pro přípravu knihovny s čárovým kódem nahrazujeme adaptéry s čárovým kódem ze sady Ion XpressTM Library Kit. Ligovaná DNA prochází translací a amplifikací pro dokončení spojení mezi adaptéry a amplikony a pro vytvoření dostatečného materiálu pro zpracování dowmstream templátu. Dvě kola navázání činidla Agencourt® AMPure® XP v objemovém poměru kuliček ke vzorku 0,6 a 1,2 odstranila vstupní DNA a neinkorporované primery z amplikonů. Konečné molekuly knihovny mají velikost 125-300 bp. Knihovny poté přeneseme do systému Ion OneTouchTM pro automatizovanou přípravu šablon. Sekvenování se provádí na sekvenátoru Ion PGMTM podle pokynů výrobce. Pro automatizovanou analýzu dat používáme IonTorrent Software.
    • nCounter copy Number Variation CodeSets: Na zakázku jsme navrhli 21genový CNV test, jak je uvedeno v předchozí studii. Těchto 21 genů zahrnovalo AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC a TIK.3CA, Pro detekci CNV byly použity nCounter Copy Number Variation CodeSets s 200 ng purifikované genomové DNA. DNA byla fragmentována štěpením AluI a denaturována při 95 °C. Fragmentovaná DNA byla hybridizována s kódovou sadou 21 genů v nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) po dobu 18 hodin při 65 °C a zpracována podle pokynů výrobce. Digitální analyzátor nCounter počítal a seřadil signály reportérových sond. Kvantifikovaná data byla analyzována pomocí softwaru nSolver Analysis Software NanoString.

    • Imunohistochemie

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Ztráta MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI ve vybraných případech)

    • Skenování rakoviny

      : cílené hluboké sekvenování v Samsung Genome Institute

      : Na bázi Illumina HiSeq2000/2500, MiSeq NGS cílené sekvenování

    • ASFA™ Spotter
  4. Statistika: Analýza genetického výzkumu je především technická. Data jsou prezentována pomocí souhrnných statistických tabulek a grafů. Celková doba přežití bez onemocnění se vypočítává Kaplan-Meierovou metodou prostřednictvím lékařských záznamů osob, které podstoupily endoskopickou resekci.

Typ studie

Pozorovací

Zápis (Odhadovaný)

1730

Kontakty a umístění

Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.

Studijní kontakt

Studijní místa

Kritéria účasti

Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.

Kritéria způsobilosti

Věk způsobilý ke studiu

19 let až 100 let (Dospělý, Starší dospělý)

Přijímá zdravé dobrovolníky

N/A

Metoda odběru vzorků

Ukázka pravděpodobnosti

Studijní populace

Celkem bude zařazeno 1730 pacientů s časným karcinomem žaludku a prekancerózním adenomem žaludku. Na základě předchozích studií se očekává, že přibližně 20 % subjektů bude mít mutace. V této studii bude porovnána míra metachronní recidivy tumoru mezi mutovanou a nemutovanou skupinou. Obecně se udává četnost recidivy metachronního tumoru po endoskopické resekci pro časnou rakovinu žaludku nebo žaludeční ademona 6 %-10 %. V této studii se očekává, že míra metachronní recidivy nádoru bude 10 % ve skupině s mutací a 5 % ve skupině bez mutace. Když je proveden oboustranný chí-kvadrát test s mocninou 5 % a 90 % chyby typu 1, očekává se, že 346 a 1384 testovaných bude zahrnuto do skupiny mutací a skupiny nemutovaných.

Popis

Kritéria pro zařazení:

  1. Ti, kteří jsou starší 19 let
  2. Ti, u kterých byla histologicky potvrzena časná rakovina žaludku nebo prekancerózní adenom žaludku
  3. Pacienti s časným karcinomem žaludku nebo prekancerózním adenomem žaludku spadajícím pod výše uvedená kritéria, kteří mají přebytečnou tkáň uloženou z předchozí biopsie/endodoskopického odběru pro nevýzkumné účely za účelem léčby a diagnózy
  4. Ti, jejichž délka života je delší než 3 měsíce
  5. Ti, kteří dobrovolně souhlasili s účastí na tomto klinickém hodnocení

Kritéria vyloučení:

  1. Ti, kteří neposkytnou dostatek vzorků
  2. Ti, kteří jsou podle uvážení výzkumníků považováni za nevhodné pro tuto studii

Studijní plán

Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.

Jak je studie koncipována?

Detaily designu

Co je měření studie?

Primární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Identifikujte biomarkery pro diferenciální diagnostiku mezi časným karcinomem žaludku a prekancerózním adenomem.
Časové okno: Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.

Moleulární profilování nádoru se hodnotí následující metodou:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel variace počtu kopií nanostružek (CNV).
  3. Imunohistochemie: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Ztráta MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI ve vybraných případech)
  4. Cílené sekvenování MiSeq NGS na bázi Illumina HiSeq2000/2500
  5. ASFA™ Spotter
Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.
Identifikujte prognostické biomarkery pro predikci recidivy časného karcinomu žaludku a prekancerózní léze adenomu.
Časové okno: Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.

Porovnání molekulárního profilu nádoru mezi případy recidivy a nerecidivy.

Moleulární profilování nádoru se hodnotí následující metodou:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel variace počtu kopií nanostružek (CNV).
  3. Imunohistochemie: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Ztráta MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI ve vybraných případech)
  4. Cílené sekvenování MiSeq NGS na bázi Illumina HiSeq2000/2500
  5. ASFA™ Spotter
Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.

Sekundární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Změna molekulárního profilu nádoru na sériových biopsiích v době počáteční léčby, 2 měsíce po léčbě, 1 rok po léčbě nebo recidiva.
Časové okno: Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.
Metoda molekulárního profilování nádoru je stejná jako výše.
Od data počáteční léčby do data první recidivy nebo do 2 let, podle toho, co nastane dříve.

Spolupracovníci a vyšetřovatelé

Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.

Sponzor

Samsung Medical Center

Vyšetřovatelé

  • Vrchní vyšetřovatel: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Termíny studijních záznamů

Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.

Hlavní termíny studia

Začátek studia (Aktuální)

17. prosince 2020

Primární dokončení (Odhadovaný)

31. prosince 2029

Dokončení studie (Odhadovaný)

31. prosince 2031

Termíny zápisu do studia

První předloženo

8. listopadu 2020

První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality

6. prosince 2020

První zveřejněno (Aktuální)

14. prosince 2020

Aktualizace studijních záznamů

Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)

12. září 2025

Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality

6. září 2025

Naposledy ověřeno

1. září 2025

Více informací

Termíny související s touto studií

Další relevantní podmínky MeSH

Další identifikační čísla studie

  • 2020-08-070-002

Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)

Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?

NEROZHODNÝ

Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty

Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA

Ne

Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA

Ne

Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .

Předplatit