Ta strona została przetłumaczona automatycznie i dokładność tłumaczenia nie jest gwarantowana. Proszę odnieść się do angielska wersja za tekst źródłowy.

Kliniczne zastosowanie sekwencjonowania genetycznego pacjentów z wczesnym rakiem żołądka i gruczolakiem żołądka

6 września 2025 zaktualizowane przez: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Projekt sekwencjonowania klinicznego dla pacjentów z wczesnym rakiem żołądka i przedrakowym gruczolakiem żołądka dla spersonalizowanej kliniki onkologicznej

Ponieważ zaawansowany rak żołądka ma złe rokowania, ważne jest wykrycie wczesnego raka żołądka lub stanu przedrakowego u pacjentów z gruczolakiem żołądka, u których odsetek wyleczeń wynosi co najmniej 95%. Ponadto duża część wczesnych postaci raka żołądka może być całkowicie usunięta metodą resekcji endoskopowej, co zapewnia pacjentom bardzo wysoką jakość życia. Jednak obecnie nie ma markerów, które można wykorzystać do rozpoznania wczesnego raka żołądka lub gruczolaka żołądka. Ponadto największym problemem po endoskopowej resekcji wczesnego raka żołądka jest nawrót metachroniczny nowotworu, który wymaga powtórnej resekcji endoskopowej lub dodatkowego chirurgicznego wycięcia żołądka. Nie odkryto jednak markerów predykcji nawrotu.

Biopsja płynna to metoda pozyskiwania płynów ustrojowych, takich jak sok żołądkowy lub wysięk, przez wlot endoskopowy podczas gastroskopii lub kolonoskopii oraz krwi. Biopsja płynna, oparta na zaawansowanej metodzie analizy, ujawnia więcej informacji genetycznych niż biopsja tkanki. Dlatego jest wysoce prawdopodobne, że stanie się istotnym czynnikiem w przyszłej medycynie spersonalizowanej. Dlatego badanie to zaprojektowano w celu ustalenia, czy profilowanie molekularne guza na podstawie tkanki lub krwi można wykorzystać do przewidywania rokowania i diagnozowania wczesnego raka żołądka i przedrakowego gruczolaka żołądka.

Przegląd badań

Status

Rekrutacyjny

Warunki

Szczegółowy opis

  1. Pobieranie próbek guza: Tkanka i 10 ml krwi zostanie pobrana do badania genomicznego osób, u których histologicznie zdiagnozowano wczesnego raka żołądka lub zmiany przednowotworowe gruczolaka żołądka, a dodatkowa tkanka i krew zostaną pobrane po 2 miesiącach, 1 roku po leczeniu i nawrocie.

  2. Przydatność próbek tmor

    : Obszary guza (> 60%) wycina się pod mikroskopem z niewybarwionych skrawków o grubości 4 μm przez porównanie ze szkiełkiem barwionym H&E, a genomowy DNA ekstrahuje się przy użyciu zestawu Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Niemcy) zgodnie z Instrukcja producenta. Po ekstrakcji zmierzyliśmy stężenia i stosunki 260/280 i 260/230 nm za pomocą spektrofotometru (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Każdą próbkę następnie oznaczono ilościowo za pomocą fluorometru Qubit (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Próbki genomowego DNA o ponad 10 ng zmierzonych za pomocą fluorometru Qubit poddano przygotowaniu biblioteki AmpliSeq. Aby zidentyfikować „lekowe” CNV, zastosowaliśmy 21-genowy test nCounter CNV.

  3. Metoda profilowania molekularnego nowotworów

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: Używamy Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent) do wykrywania częstych mutacji somatycznych wybranych na podstawie przeglądu literatury. Bada 285 mutacji w 50 często mutowanych onkogenach i genach supresorowych nowotworów. Najpierw 10 ng DNA z każdych 89 próbek guza FFPE poddano jednoprobówkowej, multipleksowej amplifikacji PCR przy użyciu Ion AmpliSepCancer Primer Pool i odczynników AmpliSepKit (Life Technologies). Traktowanie powstałych amplikonów za pomocą FuPa Preagent częściowo trawi startery i fosforyluje amplikony . Fosforylowane amplikony są ligowane z dapterami jonowymi i oczyszczane. Do przygotowania biblioteki z kodem kreskowym zastępujemy adaptery z kodem kreskowym z zestawu Ion XpressTM Library Kit. Zligowane DNA przechodzi translację nicków i amplifikację, aby zakończyć wiązanie między adapterami i amplikonami i wygenerować wystarczającą ilość materiału do dalszej obróbki matrycy. Dwie rundy wiązania odczynnika Agencourt® AMPure® XP przy stosunku kulek do objętości próbki wynoszącym 0,6 i 1,2 usunęły wejściowe DNA i niewłączone startery utworzyły amplikony. Ostateczne cząsteczki biblioteki mają wielkość 125-300 bp. Następnie przenosimy biblioteki do systemu Ion OneTouchTM w celu automatycznego przygotowania szablonu. Sekwencjonowanie przeprowadza się na sekwencerze Ion PGMTM zgodnie z instrukcjami producenta. Używamy oprogramowania IonTorrent do automatycznej analizy danych.
    • Zestawy kodów zmienności liczby kopii licznika: Specjalnie zaprojektowaliśmy 21-genowy test CNV, jak opisano w poprzednim badaniu. 21 genów obejmowało AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA i TNIK. Do wykrywania CNV zastosowano zestawy kodów zmienności liczby kopii nCounter z 200 ng oczyszczonego genomowego DNA. DNA fragmentowano przez trawienie AluI i denaturowano w temperaturze 95°C. Fragmentowany DNA hybrydyzowano z zestawem kodów 21 genów w zestawie nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) przez 18 godzin w temperaturze 65°C i przetwarzano zgodnie z instrukcjami producenta. Cyfrowy analizator nCounter zliczał i zestawiał sygnały z sond reporterowych. Dane ilościowe analizowano przy użyciu oprogramowania do analizy nSolver firmy NanoString.

    • Immunohistochemia

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Utrata MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI w wybranych przypadkach)

    • Skanowanie raka

      : ukierunkowane głębokie sekwencjonowanie w Samsung Genome Institute

      : Oparte na Illumina HiSeq2000/2500, ukierunkowane sekwencjonowanie MiSeq NGS

    • Obserwator ASFA™
  4. Statystyki: Analiza badań genetycznych ma przede wszystkim charakter techniczny. Dane prezentowane są za pomocą zbiorczych tabel statystycznych i wykresów. Całkowity okres przeżycia wolnego od choroby oblicza się metodą Kaplana-Meiera na podstawie dokumentacji medycznej pacjentów, którzy przeszli resekcję endoskopową.

Typ studiów

Obserwacyjny

Zapisy (Szacowany)

1730

Kontakty i lokalizacje

Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.

Kontakt w sprawie studiów

Lokalizacje studiów

Kryteria uczestnictwa

Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.

Kryteria kwalifikacji

Wiek uprawniający do nauki

19 lat do 100 lat (Dorosły, Starszy dorosły)

Akceptuje zdrowych ochotników

Nie dotyczy

Metoda próbkowania

Próbka prawdopodobieństwa

Badana populacja

W sumie zostanie włączonych 1730 pacjentów z wczesnym rakiem żołądka i przedrakowym gruczolakiem żołądka. Na podstawie wcześniejszych badań oczekuje się, że około 20% badanych będzie miało mutacje. W tym badaniu porównany zostanie wskaźnik metachronicznych nawrotów guza między grupą z mutacją a grupą bez mutacji. Na ogół odsetek metachronicznych nawrotów guza po endoskopowej resekcji wczesnego raka żołądka lub gruczolaka żołądka wynosi 6–10%. W tym badaniu oczekuje się, że odsetek metachronicznych nawrotów guza wyniesie odpowiednio 10% i 5% w grupie z mutacją i bez mutacji. Gdy przeprowadza się dwustronny test chi-kwadrat z mocą błędu typu 1 5% i 90%, oczekuje się, że 346 i 1384 poddanych zostanie włączonych odpowiednio do grupy z mutacją i grupy bez mutacji.

Opis

Kryteria przyjęcia:

  1. Osoby, które ukończyły 19
  2. Osoby, u których histologicznie potwierdzono wczesny rak żołądka lub przedrakowy gruczolak żołądka
  3. Pacjenci z wczesnym rakiem żołądka lub gruczolakiem żołądka w stanie przedrakowym spełniający powyższe kryteria, u których zachowano nadmiar tkanki po poprzedniej biopsji/pobraniu endoskopowym niezwiązanym z badaniami w celu leczenia i postawienia diagnozy
  4. Ci, których oczekiwana długość życia przekracza 3 miesiące
  5. Osoby, które dobrowolnie wyraziły zgodę na udział w tym badaniu klinicznym

Kryteria wyłączenia:

  1. Ci, którzy nie dadzą wystarczającej liczby próbek
  2. Osoby, które według uznania badaczy zostaną uznane za nieodpowiednie do tego badania

Plan studiów

Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.

Jak projektuje się badanie?

Szczegóły projektu

Co mierzy badanie?

Podstawowe miary wyniku

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Zidentyfikuj biomarkery do diagnostyki różnicowej między wczesnym rakiem żołądka a gruczolakiem przedrakowym.
Ramy czasowe: Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.

Profilowanie molekularne guza ocenia się za pomocą następującej metody:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel zmienności liczby kopii nanostrun (CNV).
  3. Immunohistochemia: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Utrata MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI w wybranych przypadkach)
  4. Oparte na Illumina HiSeq2000/2500 ukierunkowane sekwencjonowanie MiSeq NGS
  5. Obserwator ASFA™
Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.
Zidentyfikuj prognostyczne biomarkery do przewidywania nawrotu wczesnego raka żołądka i zmian przedrakowych gruczolaka.
Ramy czasowe: Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.

Porównanie profilu molekularnego guza pomiędzy przypadkami nawrotu i braku nawrotu.

Profilowanie molekularne guza ocenia się za pomocą następującej metody:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel zmienności liczby kopii nanostrun (CNV).
  3. Immunohistochemia: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Utrata MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI w wybranych przypadkach)
  4. Oparte na Illumina HiSeq2000/2500 ukierunkowane sekwencjonowanie MiSeq NGS
  5. Obserwator ASFA™
Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.

Miary wyników drugorzędnych

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Zmiana profilu molekularnego guza w seryjnych biopsjach w czasie pierwszego leczenia, 2 miesiące po leczeniu, 1 rok po leczeniu lub nawrót.
Ramy czasowe: Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.
Metoda profilowania molekularnego guza jest taka sama jak powyżej.
Od daty pierwszego leczenia do daty pierwszego nawrotu choroby lub do 2 lat, w zależności od tego, co nastąpi wcześniej.

Współpracownicy i badacze

Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.

Sponsor

Samsung Medical Center

Śledczy

  • Główny śledczy: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Daty zapisu na studia

Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.

Główne daty studiów

Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)

17 grudnia 2020

Zakończenie podstawowe (Szacowany)

31 grudnia 2029

Ukończenie studiów (Szacowany)

31 grudnia 2031

Daty rejestracji na studia

Pierwszy przesłany

8 listopada 2020

Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości

6 grudnia 2020

Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)

14 grudnia 2020

Aktualizacje rekordów badań

Ostatnia wysłana aktualizacja (Szacowany)

12 września 2025

Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości

6 września 2025

Ostatnia weryfikacja

1 września 2025

Więcej informacji

Terminy związane z tym badaniem

Dodatkowe istotne warunki MeSH

Inne numery identyfikacyjne badania

  • 2020-08-070-002

Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)

Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?

NIEZDECYDOWANY

Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze

Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .

Subskrybuj