Tämä sivu käännettiin automaattisesti, eikä käännösten tarkkuutta voida taata. Katso englanninkielinen versio lähdetekstiä varten.

Varhaisen mahasyövän ja mahan adenoomapotilaiden geneettisen sekvensoinnin kliininen sovellus

lauantai 6. syyskuuta 2025 päivittänyt: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Kliininen sekvensointiprojekti varhaiselle mahasyöpäpotilaille ja syöpää edeltäville mahaadenoomapotilaille henkilökohtaiselle syöpäklinikalle

Koska pitkälle edennyt mahasyövän ennuste on huono, on tärkeää havaita varhainen mahasyöpä tai syöpää esiaste mahalaukun adenoomapotilaat, joiden paranemisaste on 95 % tai enemmän. Lisäksi suuri osa varhaisesta mahasyövästä voidaan leikata kokonaan endoskooppisella resektiolla, mikä takaa potilaille erittäin korkean elämänlaadun. Tällä hetkellä ei kuitenkaan ole olemassa markkereita, joita voitaisiin käyttää varhaisen mahasyövän tai mahan adenooman diagnosointiin. Lisäksi suurin ongelma varhaisen mahasyövän endoskooppisen resektion jälkeen on syövän metakroninen uusiutuminen, joka vaatii toistuvan endoskooppisen resektion tai lisäkirurgisen mahanpoiston. Toistumisen ennustamiseen ei kuitenkaan ole löydetty merkkiaineita.

Nestebiopsia on menetelmä kehon nesteiden, kuten mahanesteen tai effuusion, saamiseksi endoskooppisen sisääntulon kautta gastroskopian tai kolonoskopian aikana ja verta. Kehittyneen analyysimenetelmän perusteella nestebiopsia paljastaa enemmän geneettistä tietoa kuin kudosbiopsia. Siksi siitä tulee erittäin todennäköisesti olennainen tekijä tulevaisuuden henkilökohtaisessa lääketieteessä. Siksi tämä tutkimus suunniteltiin tunnistamaan, voidaanko kudokseen tai vereen perustuvaa kasvaimen molekulaarista profilointia käyttää varhaisen mahasyövän ja syövän esiasteen mahan adenooman ennusteen ja diagnoosin ennustamiseen.

Tutkimuksen yleiskatsaus

Tila

Rekrytointi

Ehdot

Yksityiskohtainen kuvaus

  1. Kasvainnäytteiden hankinta: kudosta ja 10 ml verta kerätään genomitutkimusta varten niiltä, ​​joilla on histologisesti diagnosoitu varhainen mahasyöpä tai syöpää edeltävä mahalaukun adenoomaleesio, ja lisää kudosta ja verta kerätään 2 kuukauden, 1 vuoden kuluttua hoidon ja uusiutumisen jälkeen.

  2. tmor-näytteiden soveltuvuus

    : Kasvainalueet (> 60 %) leikataan mikroskoopilla 4 μm:n paksuisista värjäämättömistä leikkeistä vertaamalla H&E-värjättyä objektilasia, ja genominen DNA uutettiin käyttämällä Qiagen DNA FFPE Tissue Kit -pakkausta (Qiagen, Hilden, Saksa) valmistajan ohjeita. Uuton jälkeen mittasimme pitoisuudet ja 260/280 ja 260/230 nm suhteet spektrofotometrillä (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Jokainen näyte kvantifioitiin sitten Qubit-fluorometrillä (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Genomisen DNA:n näytteet, joissa oli yli 10 ng Qubit-fluorometrillä mitattuna, alistettiin AmpliSeq-kirjaston valmistelulle. "Lääkekäyttöisten" CNV:iden tunnistamiseksi käytimme 21-geenistä nCounter CNV -määritystä.

  3. Kasvaimen molekyyliprofiloinnin menetelmä

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0 : Käytämme Ion AmpliSep Cancer Panel V2:ta (Ion Torrent) havaitaksemme toistuvia somaattisia mutaatioita, jotka valittiin kirjallisuuskatsauksen perusteella. Se tutkii 285 mutaatiota 50 yleisesti mutatoidussa onkogeenissa ja kasvainsuppressorigeenissä. Ensin 10 ng:lle DNA:ta kustakin 89 FFPE-kasvainnäytteestä tehtiin yksiputkinen, moninkertainen PCR-monistus käyttäen Ion AmpliSepCancer Primer Poolia ja AmpliSepKit-reagensseja (Life Technologies). Saatujen amplikonien käsittely FuPa-preagenssilla pilkkoo osittain amphosphosphoryt ja -alukkeet. . Fosforyloi amplikonit ligoidaan ionidaptereihin ja puhdistetaan. Viivakoodikirjaston valmistelua varten korvaamme Ion XpressTM Library Kitin viivakoodisovittimet. Ligatoitu DNA käy läpi nick-translaatiota ja monistumista liitoksen saattamiseksi loppuun sovittimien ja amplikonien välillä ja riittävän materiaalin tuottamiseksi alavirran templaattikäsittelyä varten. Kaksi Agencourt® AMPure® XP Reagentin sitoutumiskierrosta 0,6:n ja 1,2:n helmien ja näytteen tilavuussuhteilla poisti syöte-DNA:n ja inkorporoitumattomat alukkeet muodostivat amplikonit. Lopulliset kirjastomolekyylit ovat kooltaan 125-300 bp. Tämän jälkeen siirrämme kirjastot Ion OneTouchTM -järjestelmään automaattista mallipohjan valmistelua varten. Sekvensointi suoritetaan Ion PGMTM -sekvensoijalla valmistajan ohjeiden mukaisesti. Käytämme IonTorrent-ohjelmistoa automaattiseen tietojen analysointiin.
    • nLaskurikopionumeron vaihtelukoodisarjat: Suunnittelimme räätälöitynä 21-geenisen CNV-määrityksen, kuten aiemmassa tutkimuksessa esitettiin. 21 geeniä olivat AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, TNIK3. CNV:iden havaitsemiseen käytettiin nCounter Copy Number Variation CodeSets -koodeja 200 ng:n puhdistetun genomisen DNA:n kanssa. DNA fragmentoitiin AluI-digestiolla ja denaturoitiin 95 °C:ssa. Fragmentoitu DNA hybridisoitiin 21 geenin koodisarjan kanssa nCounter Cancer CN Assay Kitissä (Nanostring Technologies) 18 tunnin ajan 65 °C:ssa ja prosessoitiin valmistajan ohjeiden mukaisesti. nCounter Digital Analyzer laski ja taulukoi reportterikoettimien signaalit. Kvantifioidut tiedot analysoitiin NanoStringin nSolver Analysis Software -ohjelmistolla.

    • Immunohistokemia

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-häviö (EGFR,CCNEI tietyissä tapauksissa)

    • Syöpäskannaus

      : kohdennettu syväsekvensointi Samsung Genome Institutessa

      : Illumina HiSeq2000/2500-pohjainen, MiSeq NGS kohdistettu sekvensointi

    • ASFA™ Spotteri
  4. Tilastot: Geenitutkimuksen analyysi on ensisijaisesti teknistä. Tiedot esitetään yhteenvetotilastotaulukoiden ja -kaavioiden avulla. Taudista vapaa kokonaiseloonjäämisaika lasketaan Kaplan-Meier-menetelmällä endoskooppisen resektion läpikäyneiden potilaiden potilastietojen perusteella.

Opintotyyppi

Havainnollistava

Ilmoittautuminen (Arvioitu)

1730

Yhteystiedot ja paikat

Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.

Opiskeluyhteys

Opiskelupaikat

  • Etelä -Korea
      • Seoul, Etelä -Korea
        • Rekrytointi
        • Samsung Medical Center
        • Ottaa yhteyttä:

Osallistumiskriteerit

Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.

Kelpoisuusvaatimukset

Opintokelpoiset iät

19 vuotta - 100 vuotta (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)

Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia

Ei käytössä

Näytteenottomenetelmä

Todennäköisyysnäyte

Tutkimusväestö

Mukaan otetaan yhteensä 1 730 potilasta, joilla on varhainen mahasyöpä ja syöpää esiaste mahalaukun adenooma. Aiempien tutkimusten perusteella noin 20 %:lla koehenkilöistä odotetaan olevan mutaatioita. Tässä tutkimuksessa verrataan metakronisen kasvaimen uusiutumistiheyttä mutaatioryhmän ja ei-mutaatioryhmän välillä. Yleisesti metakronisen kasvaimen uusiutumistiheyden on raportoitu olevan 6–10 % varhaisen mahasyövän tai mahalaukun ademonan endoskooppisen resektion jälkeen. Tässä tutkimuksessa metakronisen kasvaimen uusiutumisasteen odotetaan olevan 10 % ja 5 % mutaatioryhmässä ja ei-mutaatioryhmässä. Kun suoritetaan kaksipuolinen khin-neliötesti, jonka teho on 5 % ja 90 % tyypin 1 virheestä, 346 ja 1384 tutkittavan oletetaan kuuluvan mutaatioryhmään ja ei-mutaatioryhmään.

Kuvaus

Sisällyttämiskriteerit:

  1. Ne, jotka ovat yli 19-vuotiaita
  2. Ne, joilla oli histologisesti varhainen mahasyöpä tai syöpää esiaste mahalaukun adenooma
  3. Potilaat, joilla on varhainen mahasyöpä tai syöpää edeltävä mahan adenooma, joka kuuluu yllä mainittuihin kriteereihin ja joilla on ylimääräistä kudosta varastoituna aikaisemmasta ei-tutkimustarkoituksiin tehdystä biopsiasta/endodoskooppisesta poistosta hoitoa ja diagnoosia varten
  4. Ne, joiden elinajanodote on yli 3 kuukautta
  5. Ne, jotka ovat vapaaehtoisesti suostuneet osallistumaan tähän kliiniseen tutkimukseen

Poissulkemiskriteerit:

  1. Ne, jotka eivät tuota tarpeeksi näytteitä
  2. Ne, jotka katsotaan sopimattomiksi tähän tutkimukseen tutkijoiden harkinnan mukaan

Opintosuunnitelma

Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.

Miten tutkimus on suunniteltu?

Suunnittelun yksityiskohdat

Mitä tutkimuksessa mitataan?

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Tunnista biomarkkerit erotusdiagnoosissa varhaisen mahasyövän ja esisyövän adenooman välillä.
Aikaikkuna: Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.

Kasvaimen molekyyliprofilointi arvioidaan seuraavalla menetelmällä:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Nanostring copy number variation (CNV) -paneeli
  3. Immunohistokemia: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-häviö (EGFR,CCNEI tietyissä tapauksissa)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-pohjainen, MiSeq NGS kohdistettu sekvensointi
  5. ASFA™ Spotteri
Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.
Tunnista prognostiset biomarkkerit varhaisen mahasyövän ja esisyövän adenoomaleesion uusiutumisen ennustamiseksi.
Aikaikkuna: Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.

Kasvaimen molekyyliprofiilin vertailu uusiutuvien ja uusiutumattomien tapausten välillä.

Kasvaimen molekyyliprofilointi arvioidaan seuraavalla menetelmällä:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Nanostring copy number variation (CNV) -paneeli
  3. Immunohistokemia: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-häviö (EGFR,CCNEI tietyissä tapauksissa)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-pohjainen, MiSeq NGS kohdistettu sekvensointi
  5. ASFA™ Spotteri
Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Muutos kasvaimen molekyyliprofiilissa sarjabiopsioissa alkuhoidon aikana, 2 kuukautta hoidon jälkeen, 1 vuosi hoidon jälkeen tai uusiutuminen.
Aikaikkuna: Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.
Kasvaimen molekyyliprofilointimenetelmä on sama kuin edellä.
Alkuhoitopäivästä ensimmäiseen uusiutumispäivään tai enintään 2 vuotta sen mukaan, kumpi tuli ensin.

Yhteistyökumppanit ja tutkijat

Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.

Sponsori

Samsung Medical Center

Tutkijat

  • Päätutkija: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Opintojen ennätyspäivät

Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan ​​julkisella verkkosivustolla.

Opi tärkeimmät päivämäärät

Opiskelun aloitus (Todellinen)

Torstai 17. joulukuuta 2020

Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)

Maanantai 31. joulukuuta 2029

Opintojen valmistuminen (Arvioitu)

Keskiviikko 31. joulukuuta 2031

Opintoihin ilmoittautumispäivät

Ensimmäinen lähetetty

Sunnuntai 8. marraskuuta 2020

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Sunnuntai 6. joulukuuta 2020

Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)

Maanantai 14. joulukuuta 2020

Tutkimustietojen päivitykset

Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)

Perjantai 12. syyskuuta 2025

Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit

Lauantai 6. syyskuuta 2025

Viimeksi vahvistettu

Maanantai 1. syyskuuta 2025

Lisää tietoa

Tähän tutkimukseen liittyvät termit

Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja

Muut tutkimustunnusnumerot

  • 2020-08-070-002

Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)

Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?

PÄÄTTÄMÄTÖN

Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta

Ei

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta

Ei

Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .

Tilaa