早期胃癌および胃腺腫患者の遺伝子配列決定の臨床応用
個別化がんクリニックにおける早期胃がんおよび前がん性胃腺腫患者のクリニカルシーケンスプロジェクト
進行胃がんは予後が悪いため、95%以上の治癒率を持つ早期胃がんや前がん性胃腺腫患者を発見することが重要です。 さらに、早期胃がんの大部分は内視鏡切除によって完全に切除できるため、患者の非常に高い生活の質が保証されます。 しかし、現時点では、早期胃がんや胃腺腫の診断に使用できるマーカーはありません。 さらに、早期胃癌の内視鏡的切除後の最大の問題は癌の異時性再発であり、内視鏡的切除を繰り返すか、追加の外科的胃切除術が必要となる。 しかし、再発を予測するマーカーは発見されていません。
リキッドバイオプシーとは、胃カメラや大腸カメラ検査時に内視鏡の入口から胃液や滲出液などの体液と血液を採取する方法です。 高度な分析方法に基づいて、リキッドバイオプシーは組織生検よりも多くの遺伝情報を明らかにします。 したがって、今後の個別化医療においては必須の要素となる可能性が高い。 したがって、この研究は、組織または血液に基づく腫瘍の分子プロファイリングが、早期胃癌および前癌性胃腺腫の予後予測と診断に使用できるかどうかを確認するために設計されました。
調査の概要
詳細な説明
- 腫瘍サンプルの採取：早期胃がんまたは前がん性胃腺腫病変と組織学的に診断された患者のゲノム検査のために組織と血液10mlが採取され、治療後2か月、1年、再発の時点で追加の組織と血液が採取されます。
腫瘍サンプルの適合性
: 腫瘍領域 (> 60%) を、H&E 染色スライドと比較することにより、厚さ 4 μm の未染色切片から顕微鏡下で解剖し、Qiagen DNA FFPE 組織キット (Qiagen、ヒルデン、ドイツ) を使用してゲノム DNA を抽出しました。メーカーの説明書。 抽出後、分光光度計 (ND1000、Nanodrop Technologies、ThermoFisher Scientific、MA、USA) を使用して、濃度と 260/280 および 260/230 nm 比を測定しました。 次に、各サンプルを Qubit 蛍光光度計 (Life Technologies、米国カリフォルニア州カールズバッド) で定量しました。 Qubit 蛍光光度計で測定した 10 ng を超えるゲノム DNA サンプルを AmpliSeq ライブラリー調製に供しました。 「創薬の可能性がある」CNV を特定するために、21 遺伝子の nCounter CNV アッセイを使用しました。
腫瘍分子プロファイリングの方法
- Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0 : 文献レビューに基づいて選択された頻繁な体細胞突然変異を検出するために、Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent) を使用します。 よく変異する 50 のがん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の 285 の変異を検査します。 まず、89 の各 FFPE 腫瘍サンプルからの 10 ng の DNA に対して、Ion AmpliSepCancer プライマー プールおよび AmpliSepKit 試薬 (Life Technologies) を使用したシングルチューブ マルチプレックス PCR 増幅を行いました。結果として得られたアンプリコンを FuPa Preagent で処理すると、プライマーが部分的に消化され、アンプリコンがリン酸化されます。 。 アンプリコンのリン酸化物はイオンアダプターに連結され、精製されます。 バーコード付きライブラリの準備については、Ion XpressTM Library Kit のバーコード付きアダプターを使用します。 ライゲーションされた DNA はニックトランスレーションと増幅を受けて、アダプターとアンプリコン間の結合を完了し、下流のテンプレート処理に十分な材料を生成します。 ビーズ対サンプル体積比 0.6 および 1.2 での 2 ラウンドの Agencourt® AMPure® XP 試薬結合により、インプット DNA と取り込まれなかったプライマーが除去され、アンプリコンが形成されました。 最終的なライブラリ分子のサイズは 125 ～ 300 bp です。 次に、自動テンプレート準備のためにライブラリを Ion OneTouchTM システムに転送します。 配列決定は、メーカーの指示に従って Ion PGMTM シーケンサーで実行されます。 当社では自動データ分析に IonTorrent ソフトウェアを使用しています。
- nCounter copy Number variation CodeSets : 以前の研究で概説した 21 遺伝子 CNV アッセイをカスタム設計しました。 21 個の遺伝子には、AURAKA、CCND1、CCNE1、CDK4、CDK6、CDNK1A、CDNK2A、EGFR、ERBB2、ERBB3、FGFR1、FGFR2、IGFR1R、KLF5、KRAS、MDM2、MET、MITF、MYC、PIK3CA、および TNIK が含まれます。 CNV の検出には、200 ng の精製ゲノム DNA とともに nCounter Copy Number variation CodeSet を使用しました。 DNA は AluI 消化によって断片化され、95℃で変性されました。 断片化した DNA を、nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) の 21 遺伝子のコードセットと 65℃で 18 時間ハイブリダイズさせ、メーカーの指示に従って処理しました。 nCounter Digital Analyzer は、レポーター プローブのシグナルをカウントし、表にまとめました。 定量化されたデータは、NanoString の nSolver 分析ソフトウェアを使用して分析されました。
免疫組織化学
：RET、ATM、PD-L1、FGFR2、MLH、EGFR、ALK、ROS、TRKA。 MET、HER2、PTEN 損失 (一部のケースでは EGFR、CCNEI)
がんスキャン
: サムスンゲノム研究所の標的ディープシークエンシング
: Illumina HiSeq2000/2500 ベース、MiSeq NGS ターゲット シーケンシング
- ASFA™ スポッター
- 統計 : 遺伝子研究の分析は主に技術的なものです。 データは、要約統計表とグラフを使用して表示されます。 総無病生存期間は、内視鏡的切除を受けた被験者の医療記録に基づいてカプランマイヤー法によって計算されます。
研究の種類
入学 (予想される)
連絡先と場所
研究場所
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Seoul、大韓民国
- 募集
- Samsung Medical Center
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コンタクト：
- Hyuk Lee, Pf.
- メール：lhyuk.lee@samsung.com
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コンタクト：
- Jieun Na, Dr.
- メール：jieun90.na@samsung.com
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
受講資格のある性別
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- 19歳以上の方
- 組織学的に早期胃がんまたは前がん性胃腺腫と診断された方
- 上記の基準に該当する早期胃がんまたは前がん性胃腺腫の患者で、治療および診断のために以前の非研究目的の生検/内視鏡的切除により保存された余剰組織がある患者
- 余命3ヶ月以上の方
- 本臨床試験への参加に自主的に同意された方
除外基準:
- 十分なサンプルが得られない方
- 研究者の判断で本研究に不適当と判断した方
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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早期胃がんと前がん性腺腫の鑑別診断のためのバイオマーカーを特定します。
時間枠：最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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腫瘍の分子プロファイリングは次の方法で評価されます。
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最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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早期胃がんおよび前がん性腺腫病変の再発を予測するための予後バイオマーカーを特定します。
時間枠：最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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再発と非再発の場合の腫瘍の分子プロファイルの比較。 腫瘍の分子プロファイリングは次の方法で評価されます。
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最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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初回治療時、治療後2か月後、治療後1年後、または再発時の連続生検における腫瘍の分子プロファイルの変化。
時間枠：最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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腫瘍の分子プロファイリングの方法は上記と同様です。
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最初の治療日から最初の再発日まで、または最長 2 年間のいずれか早い方まで。
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協力者と研究者
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捜査官
- スタディディレクター：Hyuk Lee, Professor、Samsung Medical Center
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (予期された)
研究の完了 (予期された)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。
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