Denne side blev automatisk oversat, og nøjagtigheden af ​​oversættelsen er ikke garanteret. Der henvises til engelsk version for en kildetekst.

Klinisk anvendelse af genetisk sekvensering af tidlig gastrisk cancer og gastrisk adenompatienter

17. december 2020 opdateret af: Samsung Medical Center

Klinisk sekvenseringsprojekt for tidlig gastrisk kræft og præcancerøse gastrisk adenompatienter til personlig kræftklinik

Fordi fremskreden gastrisk cancer viser dårlig prognose, er det vigtigt at opdage tidlig gastrisk cancer eller præcancerøse gastrisk adenompatienter, som har en helbredelsesrate på 95 % eller mere. Desuden kan en stor del af den tidlige mavekræft resekteres fuldstændigt ved endoskopisk resektion og dermed sikre en meget høj livskvalitet for patienterne. Der er dog i øjeblikket ingen markører, der kan bruges til diagnosticering af tidlig gastrisk cancer eller gastrisk adenom. Derudover er det største problem efter endoskopisk resektion af tidlig gastrisk cancer metakront recidiv af canceren, som kræver gentagen endoskopisk resektion eller yderligere kirurgisk gastrectomi. Der er dog ingen opdagede markører for forudsigelse af gentagelse.

Væskebiopsi er en metode til at opnå kropsvæsker såsom mavesaft eller effusion gennem et endoskopisk indløb under gastroskopi eller koloskopi og blod. Baseret på den avancerede analysemetode afslører flydende biopsi mere genetisk information end vævsbiopsi. Derfor er det højst sandsynligt, at det bliver en væsentlig faktor i fremtidig personlig medicin. Derfor blev denne undersøgelse designet til at identificere, om tumorens molekylære profilering baseret på væv eller blod kunne bruges til forudsigelse af prognose og diagnosticering af tidlig gastrisk cancer og præcancerøst gastrisk adenom.

Studieoversigt

Status

Ukendt

Betingelser

Detaljeret beskrivelse

  1. Indsamling af tumorprøver: Væv og 10 ml blod vil blive indsamlet til genomisk undersøgelse af dem, der histologisk diagnosticeres med tidlig gastrisk cancer eller præcancerøs gastrisk adenomlæsion, og yderligere væv og blod vil blive opsamlet 2 måneder, 1 år efter behandling og recidiv.

  2. Egnethed af tmor prøver

    : Tumorområder (> 60 %) dissekeres under mikroskopi fra 4 μm tykke ufarvede snit ved sammenligning med et H&E-farvet objektglas, og genomisk DNA blev ekstraheret ved hjælp af et Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland) ifølge producentens instruktioner. Efter ekstraktion målte vi koncentrationer og 260/280 og 260/230 nm forhold ved hjælp af et spektrofotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Hver prøve blev derefter kvantificeret med et Qubit fluorometer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Prøver af genomisk DNA med mere end 10 ng målt med Qubit-fluorometeret blev udsat for AmpliSeq-biblioteksforberedelse. For at identificere "medicinerbare" CNV'er brugte vi et 21-gen nCounter CNV-assay.

  3. Metode til tumormolekylær profilering

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: Vi bruger Ion AmpliSep Cancer Panel V2(Ion Torrent) til at detektere hyppige somatiske mutationer, der blev udvalgt baseret på litteraturgennemgang. Den undersøger 285 mutationer i 50 almindeligt muterede onkogener og tumorsuppressorgener. Først gennemgik 10 ng DNA fra hver 89 FFPE-tumorprøver multipleks-PCR-amplikation i et enkelt rør ved hjælp af Ion AmpliSepCancer Primer Pool og AmpliSepKit-reagenserne (Life Technologies). Behandling af de resulterende amplikoner med FuPa-præagens fordøjer delvist primerne og ampli-phosphorylerer primerne. . Phosphorylatet, amplikonerne, ligeres til Ion-daptere og renses. Til forberedelse af stregkodebiblioteker erstatter vi stregkodede adaptere fra Ion XpressTM Library Kit. Det ligerede DNA gennemgår nick-translation og -amplikation for at fuldende koblingen mellem adaptere og amplikoner og for at generere tilstrækkeligt materiale til dowmstream-templatebehandling. To runder af Agencourt® AMPure® XP-reagensbinding ved 0,6 og 1,2 perle-til-prøve volumenforhold fjernede input-DNA, og ikke-inkorporerede primere danner amplikonerne. De endelige biblioteksmolekyler er 125-300 bp i størrelse. Vi overfører derefter bibliotekerne til Ion OneTouchTM-systemet til automatiseret skabelonforberedelse. Sekventering udføres på Ion PGMTM-sequenceren i henhold til producentens instruktioner. Vi bruger IonTorrent Software til automatiseret dataanalyse.
    • nCounter copy Number Variation CodeSets: Vi specialdesignede et 21-gener CNV-assay som beskrevet i en tidligere undersøgelse. De 21 gener inkluderede AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA og. Til påvisning af CNV'er blev nCounter Copy Number Variation CodeSets brugt med 200 ng oprenset genomisk DNA. DNA blev fragmenteret via Alul-fordøjelse og denatureret ved 95°C. Fragmenteret DNA blev hybridiseret med kodesættet af 21 gener i nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) i 18 timer ved 65°C og behandlet i henhold til producentens instruktioner. nCounter Digital Analyzer talte og tabulerede signalerne fra reportersonder. Kvantificerede data blev analyseret ved hjælp af NanoStrings nSolver Analysis Software.

    • Immunhistokemi

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-tab (EGFR, CCNEI i udvalgte tilfælde)

    • Kræftscanning

      : målrettet dyb sekventering ved Samsung Genome Institute

      : Illumina HiSeq2000/2500-baseret, MiSeq NGS-målrettet sekventering

    • ASFA™ Spotter
  4. Statistik : Analyse af genetisk forskning er primært teknisk. Data præsenteres ved hjælp af opsummerende statistiktabeller og grafer. Den samlede sygdomsfrie overlevelsesperiode beregnes ved Kaplan-Meier-metoden gennem lægejournaler af forsøgspersoner, der har gennemgået endoskopisk resektion.

Undersøgelsestype

Observationel

Tilmelding (Forventet)

1730

Kontakter og lokationer

Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.

Studiesteder

Deltagelseskriterier

Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.

Berettigelseskriterier

Aldre berettiget til at studere

19 år til 100 år (VOKSEN, OLDER_ADULT)

Tager imod sunde frivillige

N/A

Køn, der er berettiget til at studere

Alle

Prøveudtagningsmetode

Sandsynlighedsprøve

Studiebefolkning

I alt 1730 patienter med tidlig gastrisk cancer og præcancerøst gastrisk adenom vil blive indskrevet. Baseret på tidligere undersøgelser forventes cirka 20 % af forsøgspersonerne at have mutationer. I denne undersøgelse vil metakron tumorgentagelsesrate mellem mutationsgruppen og ikke-mutationsgruppen blive sammenlignet. Generelt rapporteres tilbagevendende frekvens for metakron tumor efter endoskopisk resektion for tidlig gastrisk cancer eller gastrisk ademon at være 6%-10%. I denne undersøgelse forventes den metakrone tumorgentagelsesrate at være 10 % og 5 % i henholdsvis mutations- og ikke-mutationsgruppen. Når der udføres en tosidet chi-kvadrattest med en potens på 5 % og 90 % type 1 fejl, forventes 346 og 1384 udsatte at indgå i henholdsvis mutationsgruppen og ikke-mutationsgruppen.

Beskrivelse

Inklusionskriterier:

  1. Dem, der er over 19 år
  2. Dem, der blev histologisk bekræftet med tidlig gastrisk cancer eller forstadigt gastrisk adenom
  3. Patienter med tidlig gastrisk cancer eller præcancerøst gastrisk adenom, der falder ind under ovenstående kriterier, som har overskydende væv lagret fra tidligere ikke-forskningsformål biopsi/endodoskopisk fjernelse til behandling og diagnose
  4. Dem, hvis forventede levetid er mere end 3 måneder
  5. De, der frivilligt har givet samtykke til at deltage i dette kliniske forsøg

Ekskluderingskriterier:

  1. Dem, der ikke vil give nok prøver
  2. Dem, der efter forskernes skøn anses for upassende til denne undersøgelse

Studieplan

Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.

Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?

Design detaljer

Hvad måler undersøgelsen?

Primære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
Identificer biomarkører til differentialdiagnose mellem tidlig gastrisk cancer og præcancerøst adenom.
Tidsramme: Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.

Tumors molekylære profilering vurderes ved følgende metode:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel for nanostreng kopinummervariation (CNV).
  3. Immunhistokemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-tab (EGFR, CCNEI i udvalgte tilfælde)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-baseret, MiSeq NGS-målrettet sekventering
  5. ASFA™ Spotter
Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.
Identificer prognostiske biomarkører til at forudsige tilbagefald af tidlig mavekræft og præcancerøs adenomlæsion.
Tidsramme: Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.

Sammenligning af tumors molekylære profil mellem tilfældene af recidiv og ikke-recidiv.

Tumors molekylære profilering vurderes ved følgende metode:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel for nanostreng kopinummervariation (CNV).
  3. Immunhistokemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-tab (EGFR, CCNEI i udvalgte tilfælde)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-baseret, MiSeq NGS-målrettet sekventering
  5. ASFA™ Spotter
Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
Ændring i tumorens molekylære profil på seriebiopsier på tidspunktet for indledende behandling, 2 måneder efter behandling, 1 år efter behandling eller recidiv.
Tidsramme: Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.
Metoden til tumors molekylære profilering er den samme som ovenstående.
Fra datoen for den første behandling indtil datoen for første gentagelse eller op til 2 år, alt efter hvad der kom først.

Samarbejdspartnere og efterforskere

Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.

Sponsor

Samsung Medical Center

Efterforskere

  • Studieleder: Hyuk Lee, Professor, Samsung Medical Center

Datoer for undersøgelser

Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.

Studer store datoer

Studiestart (FAKTISKE)

17. december 2020

Primær færdiggørelse (FORVENTET)

31. december 2022

Studieafslutning (FORVENTET)

31. december 2022

Datoer for studieregistrering

Først indsendt

8. november 2020

Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier

6. december 2020

Først opslået (FAKTISKE)

14. december 2020

Opdateringer af undersøgelsesjournaler

Sidste opdatering sendt (FAKTISKE)

21. december 2020

Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier

17. december 2020

Sidst verificeret

1. september 2020

Mere information

Begreber relateret til denne undersøgelse

Yderligere relevante MeSH-vilkår

Andre undersøgelses-id-numre

  • 2020-08-070-002

Plan for individuelle deltagerdata (IPD)

Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?

UBESLUTET

Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter

Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt

Ingen

Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt

Ingen

Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .

Kliniske forsøg med Tidlig mavekræft

Søg i lignende forsøg

Sponsorer og samarbejdspartnere

Medicinske tilstande

Narkotikainterventioner

CROs by country

CROs in Sweden

Betingelser

Sjældne sygdomme

Narkotikainterventioner

Kosttilskud

Sponsor / samarbejdspartnere

Placeringer

3
Abonner