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Applicazione clinica del sequenziamento genetico dei pazienti con carcinoma gastrico precoce e adenoma gastrico

6 settembre 2025 aggiornato da: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Progetto di sequenziamento clinico per pazienti con carcinoma gastrico precoce e adenoma gastrico precanceroso per una clinica oncologica personalizzata

Poiché il cancro gastrico avanzato mostra una prognosi infausta, è importante rilevare il cancro gastrico precoce o i pazienti con adenoma gastrico precanceroso che hanno un tasso di guarigione del 95% o più. Inoltre, gran parte del carcinoma gastrico in fase iniziale può essere completamente asportato mediante resezione endoscopica, garantendo così un'altissima qualità di vita ai pazienti. Tuttavia, attualmente non ci sono marcatori che possono essere utilizzati per la diagnosi del cancro gastrico precoce o dell'adenoma gastrico. Inoltre, il problema più grande dopo la resezione endoscopica del cancro gastrico precoce è la recidiva metacrona del cancro, che richiede ripetute resezioni endoscopiche o gastrectomia chirurgica aggiuntiva. Tuttavia, non ci sono marcatori scoperti per la previsione della recidiva.

La biopsia liquida è un metodo per ottenere fluidi corporei come succo gastrico o versamento attraverso un ingresso endoscopico durante la gastroscopia o colonscopia e sangue. Sulla base del metodo di analisi avanzato, la biopsia liquida rivela più informazioni genetiche rispetto alla biopsia tissutale. Pertanto, è molto probabile che diventi un fattore essenziale nella futura medicina personalizzata. Pertanto, questo studio è stato progettato per identificare se il profilo molecolare del tumore basato su tessuto o sangue potesse essere utilizzato per la previsione della prognosi e la diagnosi del carcinoma gastrico precoce e dell'adenoma gastrico precanceroso.

Panoramica dello studio

Stato

Reclutamento

Condizioni

Descrizione dettagliata

  1. Acquisizione di campioni tumorali: verranno raccolti tessuto e 10 ml di sangue per l'esame genomico di quelli diagnosticati istologicamente con carcinoma gastrico precoce o lesione precancerosa dell'adenoma gastrico e verranno raccolti tessuto e sangue aggiuntivi a 2 mesi, 1 anno dopo il trattamento e recidiva.

  2. Idoneità dei campioni tmor

    : Le aree tumorali (> 60%) vengono sezionate al microscopio da sezioni non colorate di 4 μm di spessore rispetto a un vetrino colorato con H&E e il DNA genomico è stato estratto utilizzando un kit di tessuto Qiagen DNA FFPE (Qiagen, Hilden, Germania) secondo il istruzioni del produttore. Dopo l'estrazione, abbiamo misurato le concentrazioni e i rapporti 260/280 e 260/230 nm utilizzando uno spettrofotometro (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Ogni campione è stato quindi quantificato con un fluorometro Qubit (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Campioni di DNA genomico con più di 10 ng misurati dal fluorometro Qubit sono stati sottoposti alla preparazione della libreria AmpliSeq. Per identificare i CNV "drogabili", abbiamo utilizzato un test CNV nCounter a 21 geni.

  3. Metodo di profilatura molecolare del tumore

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: utilizziamo Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent) per rilevare frequenti mutazioni somatiche che sono state selezionate in base alla revisione della letteratura. Esamina 285 mutazioni in 50 oncogeni comunemente mutati e geni oncosoppressori. In primo luogo, 10 ng di DNA da ogni 89 campioni di tumore FFPE sono stati sottoposti ad amplificazione PCR multiplex in provetta singola utilizzando il pool di primer Ion AmpliSepCancer e i reagenti AmpliSepKit (Life Technologies). Il trattamento degli ampliconi risultanti con FuPa Preagent digerisce parzialmente i primer e fosforila gli ampliconi . Il fosforilato gli ampliconi sono legati a datteri ionici e purificati. Per la preparazione delle librerie con codice a barre, sostituiamo gli adattatori con codice a barre dal kit libreria Ion XpressTM. Il DNA ligato subisce la traduzione e l'amplificazione del nick per completare il collegamento tra adattatori e ampliconi e per generare materiale sufficiente per la treparazione del modello a valle. Due cicli di legame del reagente Agencourt® AMPure® XP con rapporti di volume tra sferette e campioni di 0,6 e 1,2 hanno rimosso il DNA di input ei primer non incorporati che formano gli ampliconi. Le molecole della libreria finale hanno una dimensione di 125-300 bp. Quindi trasferiamo i libri al sistema Ion OneTouchTM per la preparazione automatizzata del modello. Il sequenziamento viene eseguito sul sequenziatore Ion PGMTM secondo le istruzioni del produttore. Utilizziamo il software IonTorrent per l'analisi automatizzata dei dati.
    • nCounter copy Number Variation CodeSets : Abbiamo progettato su misura un test CNV a 21 geni come delineato in uno studio precedente. I 21 geni includevano AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA e TNIK. Per il rilevamento di CNV, sono stati utilizzati nCounter Copy Number Variation CodeSet con 200 ng di DNA genomico purificato. Il DNA è stato frammentato tramite digestione AluI e denaturato a 95°C. Il DNA frammentato è stato ibridato con il codeset di 21 geni nel kit nCounter Cancer CN Assay (Nanostring Technologies) per 18 ore a 65°C ed elaborato secondo le istruzioni del produttore. L'analizzatore digitale nCounter ha contato e tabulato i segnali delle sonde reporter. I dati quantificati sono stati analizzati utilizzando il software di analisi nSolver di NanoString.

    • Immunoistochimica

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Perdita di MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI in casi selezionati)

    • Scansione del cancro

      : sequenziamento profondo mirato al Samsung Genome Institute

      : Sequenziamento mirato MiSeq NGS basato su Illumina HiSeq2000/2500

    • Spotter ASFA™
  4. Statistica: l'analisi della ricerca genetica è principalmente tecnica. I dati sono presentati utilizzando tabelle statistiche riassuntive e grafici. Il periodo totale di sopravvivenza libera da malattia è calcolato con il metodo Kaplan-Meier attraverso le cartelle cliniche dei soggetti sottoposti a resezione endoscopica.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

1730

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Luoghi di studio

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

Da 19 anni a 100 anni (Adulto, Adulto più anziano)

Accetta volontari sani

N/A

Metodo di campionamento

Campione di probabilità

Popolazione di studio

Saranno arruolati un totale di 1730 pazienti con carcinoma gastrico in fase iniziale e adenoma gastrico precanceroso. Sulla base di studi precedenti, si prevede che circa il 20% dei soggetti abbia mutazioni. In questo studio, verrà confrontato il tasso di recidiva del tumore metacrono tra il gruppo mutante e il gruppo non mutante. In generale, il tasso di recidiva del tumore metacrono dopo resezione endoscopica per carcinoma gastrico precoce o ademona gastrica è riportato essere del 6% -10%. In questo studio, il tasso di recidiva del tumore metacrono dovrebbe essere rispettivamente del 10% e del 5% nel gruppo mutato e non mutato. Quando viene eseguito un test chi-quadrato a due code con una potenza del 5% e del 90% di errore di tipo 1, 346 e 1384 soggetti dovrebbero essere inclusi rispettivamente nel gruppo di mutazione e nel gruppo di non mutazione.

Descrizione

Criterio di inclusione:

  1. Coloro che hanno più di 19 anni
  2. Coloro che sono stati istologicamente confermati con carcinoma gastrico precoce o adenoma gastrico precanceroso
  3. Pazienti con carcinoma gastrico in fase iniziale o adenoma gastrico precanceroso che rientrano nei criteri di cui sopra che hanno tessuto in eccesso conservato da una precedente biopsia/rimozione endodoscopica per scopi non di ricerca per il trattamento e la diagnosi
  4. Coloro la cui aspettativa di vita è superiore a 3 mesi
  5. Coloro che hanno volontariamente acconsentito a partecipare a questa sperimentazione clinica

Criteri di esclusione:

  1. Coloro che non produrranno abbastanza campioni
  2. Coloro che sono considerati inappropriati per questo studio a discrezione dei ricercatori

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Identificare i biomarcatori per la diagnosi differenziale tra carcinoma gastrico precoce e adenoma precanceroso.
Lasso di tempo: Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.

Il profilo molecolare del tumore viene valutato con il seguente metodo:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0
  2. Pannello di variazione del numero di copie di nanostring (CNV).
  3. Immunoistochimica: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Perdita di MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI in casi selezionati)
  4. Sequenziamento mirato MiSeq NGS basato su Illumina HiSeq2000/2500
  5. Spotter ASFA™
Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.
Identificare i biomarcatori prognostici per prevedere la recidiva del carcinoma gastrico precoce e la lesione precancerosa dell'adenoma.
Lasso di tempo: Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.

Confronto del profilo molecolare del tumore tra i casi di recidiva e non recidiva.

Il profilo molecolare del tumore viene valutato con il seguente metodo:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0
  2. Pannello di variazione del numero di copie di nanostring (CNV).
  3. Immunoistochimica: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. Perdita di MET, HER2, PTEN (EGFR,CCNEI in casi selezionati)
  4. Sequenziamento mirato MiSeq NGS basato su Illumina HiSeq2000/2500
  5. Spotter ASFA™
Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Modifica del profilo molecolare del tumore su biopsie seriali al momento del trattamento iniziale, 2 mesi dopo il trattamento, 1 anno dopo il trattamento o recidiva.
Lasso di tempo: Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.
Il metodo del profilo molecolare del tumore è lo stesso di cui sopra.
Dalla data del trattamento iniziale fino alla data della prima recidiva o fino a 2 anni, a seconda dell'evento che si verifica per primo.

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

Samsung Medical Center

Investigatori

  • Investigatore principale: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

17 dicembre 2020

Completamento primario (Stimato)

31 dicembre 2029

Completamento dello studio (Stimato)

31 dicembre 2031

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

8 novembre 2020

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

6 dicembre 2020

Primo Inserito (Effettivo)

14 dicembre 2020

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Stimato)

12 settembre 2025

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

6 settembre 2025

Ultimo verificato

1 settembre 2025

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • 2020-08-070-002

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INDECISO

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No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

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