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Klinische Anwendung der genetischen Sequenzierung bei Patienten mit frühem Magenkrebs und Magenadenom

6. September 2025 aktualisiert von: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Klinisches Sequenzierungsprojekt für Patienten mit Magenkrebs im Frühstadium und präkanzerösem Magenadenom für eine personalisierte Krebsklinik

Da fortgeschrittener Magenkrebs eine schlechte Prognose aufweist, ist es wichtig, Patienten mit Magenkrebs oder präkanzerösem Magenadenom mit einer Heilungsrate von 95 % oder mehr im Frühstadium zu erkennen. Darüber hinaus kann ein großer Teil des Magenkrebses im Frühstadium durch eine endoskopische Resektion vollständig entfernt werden, was den Patienten eine sehr hohe Lebensqualität sichert. Derzeit gibt es jedoch keine Marker, die zur Diagnose von Magenkrebs oder Magenadenomen im Frühstadium verwendet werden können. Darüber hinaus ist das größte Problem nach der endoskopischen Resektion von Magenkrebs im Frühstadium das metachrone Wiederauftreten des Krebses, das eine wiederholte endoskopische Resektion oder eine zusätzliche chirurgische Gastrektomie erfordert. Es gibt jedoch keine bekannten Marker zur Vorhersage eines erneuten Auftretens.

Bei der Flüssigbiopsie handelt es sich um eine Methode zur Gewinnung von Körperflüssigkeiten wie Magensaft oder Erguss über einen endoskopischen Einlass im Rahmen einer Magenspiegelung oder Koloskopie sowie von Blut. Basierend auf der fortschrittlichen Analysemethode enthüllt die Flüssigbiopsie mehr genetische Informationen als die Gewebebiopsie. Daher ist es sehr wahrscheinlich, dass es ein wesentlicher Faktor in der zukünftigen personalisierten Medizin wird. Daher wurde diese Studie entwickelt, um herauszufinden, ob die molekulare Profilierung des Tumors auf der Grundlage von Gewebe oder Blut zur Vorhersage der Prognose und Diagnose von Magenkrebs im Frühstadium und präkanzerösem Magenadenom verwendet werden kann.

Studienübersicht

Status

Rekrutierung

Bedingungen

Detaillierte Beschreibung

  1. Entnahme von Tumorproben: Gewebe und 10 ml Blut werden für die genomische Untersuchung von Patienten entnommen, bei denen histologisch Magenkrebs im Frühstadium oder eine präkanzeröse Magenadenomläsion diagnostiziert wurde. Zusätzliches Gewebe und Blut werden 2 Monate, 1 Jahr nach der Behandlung und bei erneutem Auftreten entnommen.

  2. Eignung von Tumorproben

    : Tumorbereiche (> 60 %) werden unter dem Mikroskop aus 4 μm dicken, ungefärbten Schnitten durch Vergleich mit einem H&E-gefärbten Objektträger präpariert und genomische DNA wurde mit einem Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Deutschland) gemäß extrahiert Herstelleranweisungen. Nach der Extraktion haben wir die Konzentrationen und die Verhältnisse 260/280 und 260/230 nm mit einem Spektrophotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA) gemessen. Jede Probe wurde dann mit einem Qubit-Fluorometer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) quantifiziert. Mit dem Qubit-Fluorometer gemessene Proben genomischer DNA mit mehr als 10 ng wurden der AmpliSeq-Bibliotheksvorbereitung unterzogen. Um „medikamentöse“ CNVs zu identifizieren, verwendeten wir einen 21-Gen-nCounter-CNV-Assay.

  3. Methode zur molekularen Profilierung von Tumoren

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: Wir verwenden das Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent), um häufige somatische Mutationen zu erkennen, die auf der Grundlage einer Literaturrecherche ausgewählt wurden. Es untersucht 285 Mutationen in 50 häufig mutierten Onkogenen und Tumorsuppressorgenen. Zunächst wurden 10 ng DNA aus jeweils 89 FFPE-Tumorproben einer Einzelröhrchen-Multiplex-PCR-Amplifikation unter Verwendung des Ion AmpliSepCancer Primer Pools und der AmpliSepKit-Reagenzien (Life Technologies) unterzogen. Durch die Behandlung der resultierenden Amplikons mit FuPa Preagent werden die Primer teilweise verdaut und die Amplikons phosphoryliert . Die phosphorylierten Amplikons werden an Ionendapter ligiert und gereinigt. Für die Vorbereitung von Barcode-Bibliotheken ersetzen wir Barcode-Adapter aus dem Ion XpressTM Library Kit. Die ligierte DNA wird einer Nick-Translation und Amplifikation unterzogen, um die Verknüpfung zwischen Adaptern und Amplikons zu vervollständigen und ausreichend Material für die Downstream-Templat-Treparation zu erzeugen. Zwei Runden Agencourt® AMPure® XP-Reagenzbindung bei Verhältnissen von Kügelchen-zu-Probenvolumen von 0,6 und 1,2 entfernten die eingegebene DNA und nicht eingebaute Primer bilden die Amplifikate. Die endgültigen Bibliotheksmoleküle sind 125–300 bp groß. Anschließend übertragen wir die Bibliotheken zur automatisierten Vorlagenvorbereitung an das Ion OneTouchTM-System. Die Sequenzierung wird auf dem Ion PGMTM-Sequenzer gemäß den Anweisungen des Herstellers durchgeführt. Wir verwenden die IonTorrent-Software zur automatisierten Datenanalyse.
    • nCounter-Copy-Number-Variation-Codesets: Wir haben einen 21-Gen-CNV-Assay speziell entwickelt, wie in einer früheren Studie beschrieben. Zu den 21 Genen gehörten AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA und TNIK. Zum Nachweis von CNVs wurden nCounter Copy Number Variation CodeSets mit 200 ng gereinigter genomischer DNA verwendet. Die DNA wurde mittels AluI-Verdauung fragmentiert und bei 95 °C denaturiert. Fragmentierte DNA wurde mit dem Codesatz von 21 Genen im nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) 18 Stunden lang bei 65 °C hybridisiert und gemäß den Anweisungen des Herstellers verarbeitet. Der nCounter Digital Analyzer zählte und tabellarisch die Signale der Reportersonden. Quantifizierte Daten wurden mit der nSolver Analysis Software von NanoString analysiert.

    • Immunhistochemie

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-Verlust (EGFR, CCNEI in ausgewählten Fällen)

    • Krebsscan

      : gezielte Tiefensequenzierung am Samsung Genome Institute

      : Illumina HiSeq2000/2500-basierte, gezielte MiSeq NGS-Sequenzierung

    • ASFA™ Spotter
  4. Statistik: Die Analyse der Genforschung ist in erster Linie technischer Natur. Die Daten werden mithilfe zusammenfassender Statistiktabellen und Diagramme dargestellt. Die gesamte krankheitsfreie Überlebenszeit wird nach der Kaplan-Meier-Methode anhand der Krankenakten von Probanden berechnet, die sich einer endoskopischen Resektion unterzogen haben.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Geschätzt)

1730

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienkontakt

Studienorte

  • Südkorea
      • Seoul, Südkorea
        • Rekrutierung
        • Samsung Medical Center
        • Kontakt:

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

19 Jahre bis 100 Jahre (Erwachsene, Älterer Erwachsener)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

N/A

Probenahmeverfahren

Wahrscheinlichkeitsstichprobe

Studienpopulation

Insgesamt werden 1730 Patienten mit Magenkrebs im Frühstadium und präkanzerösem Magenadenom eingeschlossen. Basierend auf früheren Studien wird erwartet, dass etwa 20 % der Probanden Mutationen aufweisen. In dieser Studie wird die metachrone Tumorrezidivrate zwischen der Mutationsgruppe und der Nicht-Mutationsgruppe verglichen. Im Allgemeinen wird die metachrone Tumorrezidivrate nach endoskopischer Resektion bei Magenkrebs im Frühstadium oder Magenademona mit 6–10 % angegeben. In dieser Studie wird erwartet, dass die metachrone Tumorrezidivrate in der Mutations- bzw. Nicht-Mutationsgruppe 10 % bzw. 5 % beträgt. Wenn ein zweiseitiger Chi-Quadrat-Test mit einer Trennschärfe von 5 % und einem Typ-1-Fehler von 90 % durchgeführt wird, wird erwartet, dass 346 und 1384 Probanden in die Mutationsgruppe bzw. Nicht-Mutationsgruppe aufgenommen werden.

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  1. Diejenigen, die über 19 Jahre alt sind
  2. Diejenigen, bei denen histologisch ein Magenkrebs im Frühstadium oder ein präkanzeröses Magenadenom bestätigt wurde
  3. Patienten mit Magenkrebs im Frühstadium oder präkanzerösem Magenadenom, die unter die oben genannten Kriterien fallen und über überschüssiges Gewebe aus einer früheren, nicht forschungsbezogenen Biopsie/endoskopischen Entnahme zur Behandlung und Diagnose verfügen
  4. Diejenigen, deren Lebenserwartung mehr als 3 Monate beträgt
  5. Diejenigen, die freiwillig der Teilnahme an dieser klinischen Studie zugestimmt haben

Ausschlusskriterien:

  1. Diejenigen, die nicht genügend Proben liefern
  2. Diejenigen, die nach Ermessen der Forscher für diese Studie als ungeeignet erachtet werden

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Identifizieren Sie Biomarker für die Differenzialdiagnose zwischen Magenkrebs im Frühstadium und präkanzerösem Adenom.
Zeitfenster: Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.

Das molekulare Profil des Tumors wird mit der folgenden Methode beurteilt:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0
  2. Panel zur Variation der Nanostring-Kopienanzahl (CNV).
  3. Immunhistochemie: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-Verlust (EGFR, CCNEI in ausgewählten Fällen)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-basierte, gezielte MiSeq NGS-Sequenzierung
  5. ASFA™ Spotter
Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.
Identifizieren Sie prognostische Biomarker zur Vorhersage des Wiederauftretens von Magenkrebs im Frühstadium und einer präkanzerösen Adenomläsion.
Zeitfenster: Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.

Vergleich des molekularen Profils des Tumors zwischen den Fällen von Rezidiven und Nichtrezidiven.

Das molekulare Profil des Tumors wird mit der folgenden Methode beurteilt:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0
  2. Panel zur Variation der Nanostring-Kopienanzahl (CNV).
  3. Immunhistochemie: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET-, HER2-, PTEN-Verlust (EGFR, CCNEI in ausgewählten Fällen)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-basierte, gezielte MiSeq NGS-Sequenzierung
  5. ASFA™ Spotter
Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Veränderung des molekularen Profils des Tumors bei Serienbiopsien zum Zeitpunkt der Erstbehandlung, 2 Monate nach der Behandlung, 1 Jahr nach der Behandlung oder Wiederauftreten.
Zeitfenster: Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.
Die Methode zur molekularen Profilierung des Tumors ist dieselbe wie oben.
Vom Datum der Erstbehandlung bis zum Datum des ersten Rezidivs oder bis zu 2 Jahre, je nachdem, was zuerst eintrat.

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

Samsung Medical Center

Ermittler

  • Hauptermittler: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

17. Dezember 2020

Primärer Abschluss (Geschätzt)

31. Dezember 2029

Studienabschluss (Geschätzt)

31. Dezember 2031

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

8. November 2020

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

6. Dezember 2020

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

14. Dezember 2020

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Geschätzt)

12. September 2025

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

6. September 2025

Zuletzt verifiziert

1. September 2025

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • 2020-08-070-002

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Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

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