Denne siden ble automatisk oversatt og nøyaktigheten av oversettelsen er ikke garantert. Vennligst referer til engelsk versjon for en kildetekst.

Klinisk anvendelse av genetisk sekvensering av tidlig gastrisk kreft og gastrisk adenompasienter

6. september 2025 oppdatert av: Hyuk Lee, Samsung Medical Center

Klinisk sekvenseringsprosjekt for tidlig gastrisk kreft og precancerøse gastrisk adenompasienter for personlig tilpasset kreftklinikk

Fordi avansert magekreft viser dårlig prognose, er det viktig å oppdage tidlig magekreft eller forstadier til gastrisk adenompasienter som har en helbredelsesrate på 95 % eller mer. Dessuten kan en stor del av tidlig gastrisk kreft resekeres fullstendig ved endoskopisk reseksjon, og dermed sikre svært høy livskvalitet for pasientene. Imidlertid er det foreløpig ingen markører som kan brukes for diagnostisering av tidlig magekreft eller gastrisk adenom. I tillegg er det største problemet etter endoskopisk reseksjon av tidlig gastrisk kreft metakront tilbakefall av kreften, som krever gjentatt endoskopisk reseksjon eller ytterligere kirurgisk gastrektomi. Imidlertid er det ingen oppdagede markører for prediksjon av tilbakefall.

Væskebiopsi er en metode for å få kroppsvæsker som magesaft eller effusjon gjennom et endoskopisk innløp under gastroskopi eller koloskopi og blod. Basert på den avanserte analysemetoden avslører flytende biopsi mer genetisk informasjon enn vevsbiopsi. Derfor er det høyst sannsynlig at det vil bli en viktig faktor i fremtidig persontilpasset medisin. Derfor ble denne studien designet for å identifisere om svulstens molekylære profilering basert på vev eller blod kunne brukes til å forutsi prognose og diagnose av tidlig magekreft og precancerøst gastrisk adenom.

Studieoversikt

Status

Rekruttering

Forhold

Detaljert beskrivelse

  1. Anskaffelse av tumorprøver: Vev og 10 ml blod vil bli samlet inn for genomisk undersøkelse av de histologisk diagnostisert med tidlig gastrisk kreft eller precancerøs gastrisk adenomlesjon, og ytterligere vev og blod vil bli samlet inn 2 måneder, 1 år etter behandling og tilbakefall.

  2. Egnethet for tmor-prøver

    : Tumorområder (> 60 %) dissekeres under mikroskopi fra 4 μm tykke ufargede snitt ved sammenligning med et H&E-farget lysbilde, og genomisk DNA ble ekstrahert ved bruk av et Qiagen DNA FFPE-vevsett (Qiagen, Hilden, Tyskland) i henhold til produsentens instruksjoner. Etter ekstraksjon målte vi konsentrasjoner og 260/280 og 260/230 nm forhold ved bruk av et spektrofotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Hver prøve ble deretter kvantifisert med et Qubit fluorometer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Prøver av genomisk DNA med mer enn 10 ng målt med Qubit-fluorometeret ble utsatt for AmpliSeq-bibliotekpreparering. For å identifisere "medikamenterbare" CNV-er brukte vi en 21-gen nCounter CNV-analyse.

  3. Metode for tumormolekylær profilering

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: Vi bruker Ion AmpliSep Cancer Panel V2(Ion Torrent) for å oppdage hyppige somatiske mutasjoner som ble valgt basert på litteraturgjennomgang. Den undersøker 285 mutasjoner i 50 ofte muterte onkogener og tumorsuppressorgener. Først gjennomgikk 10 ng DNA fra hver 89 FFPE-svulstprøver multipleks PCR-amplikasjon med enkeltrør ved bruk av Ion AmpliSepCancer Primer Pool og AmpliSepKit-reagensene (Life Technologies). . Fosforylatet, amplikonene, ligeres til Ion-daptere og renses. For forberedelse av strekkodede biblioteker erstatter vi strekkodede adaptere fra Ion XpressTM Library Kit. Det ligerte DNA gjennomgår nick-translasjon og amplisering for å fullføre koblingen mellom adaptere og amplikoner og for å generere tilstrekkelig materiale for nedstrøms-templatebehandling. To runder med Agencourt® AMPure® XP-reagensbinding ved 0,6 og 1,2 perle-til-prøve volumforhold fjernet input-DNA og ikke-inkorporerte primere danner amplikonene. De endelige bibliotekmolekylene er 125-300 bp i størrelse. Vi overfører deretter bibliotekene til Ion OneTouchTM-systemet for automatisert malpreparering. Sekvensering utføres på Ion PGMTM-sekvenser i henhold til produsentens instruksjoner. Vi bruker IonTorrent-programvare for automatisert dataanalyse.
    • nCounter copy Number Variation CodeSets: Vi skreddersydde en 21-gen CNV-analyse som beskrevet i en tidligere studie. De 21 genene inkluderte AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA og. For påvisning av CNV-er ble nCounter Copy Number Variation CodeSets brukt med 200 ng renset genomisk DNA. DNA ble fragmentert via Alul-fordøyelse og denaturert ved 95°C. Fragmentert DNA ble hybridisert med kodesettet av 21 gener i nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) i 18 timer ved 65 °C og behandlet i henhold til produsentens instruksjoner. nCounter Digital Analyzer telte og tabulerte signalene fra reportersonder. Kvantifiserte data ble analysert ved hjelp av NanoStrings nSolver Analysis Software.

    • Immunhistokjemi

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN tap (EGFR, CCNEI i utvalgte tilfeller)

    • Kreftskanning

      : målrettet dyp sekvensering ved Samsung Genome Institute

      : Illumina HiSeq2000/2500-basert, MiSeq NGS målrettet sekvensering

    • ASFA™ Spotter
  4. Statistikk : Analyse av genetisk forskning er først og fremst teknisk. Data presenteres ved hjelp av oppsummerende statistikktabeller og grafer. Den totale sykdomsfrie overlevelsesperioden beregnes ved Kaplan-Meier-metoden gjennom medisinske journaler av forsøkspersoner som har gjennomgått endoskopisk reseksjon.

Studietype

Observasjonsmessig

Registrering (Antatt)

1730

Kontakter og plasseringer

Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.

Studiekontakt

Studiesteder

  • Sør -Korea
      • Seoul, Sør -Korea
        • Rekruttering
        • Samsung Medical Center
        • Ta kontakt med:

Deltakelseskriterier

Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.

Kvalifikasjonskriterier

Alder som er kvalifisert for studier

19 år til 100 år (Voksen, Eldre voksen)

Tar imot friske frivillige

N/A

Prøvetakingsmetode

Sannsynlighetsprøve

Studiepopulasjon

Totalt 1730 pasienter med tidlig magekreft og precancerøst gastrisk adenom vil bli registrert. Basert på tidligere studier forventes omtrent 20 % av forsøkspersonene å ha mutasjoner. I denne studien vil metakron tumorresidivrate mellom mutasjonsgruppen og ikke-mutasjonsgruppen sammenlignes. Generelt er det rapportert at metakron tumorresidivfrekvens etter endoskopisk reseksjon for tidlig magekreft eller gastrisk ademon er 6–10 %. I denne studien forventes den metakrone tumorresidivfrekvensen å være 10 % og 5 % i henholdsvis mutasjons- og ikke-mutasjonsgruppen. Når en tosidig kjikvadrattest med en potens på 5 % og 90 % type 1 feil utføres, forventes 346 og 1384 utsatte å bli inkludert i henholdsvis mutasjonsgruppen og ikke-mutasjonsgruppen.

Beskrivelse

Inklusjonskriterier:

  1. De som er over 19 år
  2. De som ble histologisk bekreftet med tidlig magekreft eller precancerøst gastrisk adenom
  3. Pasienter med tidlig gastrisk kreft eller precancerøst gastrisk adenom som faller inn under kriteriene ovenfor som har overflødig vev lagret fra tidligere biopsi/endodoskopisk fjerning uten forskningsformål for behandling og diagnose
  4. De som har en forventet levetid på mer enn 3 måneder
  5. De som frivillig har samtykket til å delta i denne kliniske studien

Ekskluderingskriterier:

  1. De som ikke vil gi nok prøver
  2. De som anses som upassende for denne studien etter forskernes skjønn

Studieplan

Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.

Hvordan er studiet utformet?

Designdetaljer

Hva måler studien?

Primære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
Identifisere biomarkører for differensialdiagnose mellom tidlig magekreft og precancerøst adenom.
Tidsramme: Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.

Tumorens molekylære profilering vurderes ved hjelp av følgende metode:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel for nanostreng kopinummervariasjon (CNV).
  3. Immunhistokjemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN tap (EGFR, CCNEI i utvalgte tilfeller)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-basert, MiSeq NGS målrettet sekvensering
  5. ASFA™ Spotter
Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.
Identifiser prognostiske biomarkører for å forutsi tilbakefall av tidlig magekreft og precancerøs adenomlesjon.
Tidsramme: Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.

Sammenligning av svulstens molekylære profil mellom tilfeller av residiv og ikke-residiv.

Tumorens molekylære profilering vurderes ved hjelp av følgende metode:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel for nanostreng kopinummervariasjon (CNV).
  3. Immunhistokjemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN tap (EGFR, CCNEI i utvalgte tilfeller)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-basert, MiSeq NGS målrettet sekvensering
  5. ASFA™ Spotter
Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
Endring i svulstens molekylære profil på seriebiopsier ved førstegangsbehandling, 2 måneder etter behandling, 1 år etter behandling eller residiv.
Tidsramme: Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.
Metoden for tumors molekylære profilering er den samme som ovenfor.
Fra datoen for førstegangsbehandling til datoen for første tilbakefall eller opptil 2 år, avhengig av hva som kom først.

Samarbeidspartnere og etterforskere

Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.

Sponsor

Samsung Medical Center

Etterforskere

  • Hovedetterforsker: Hyuk Lee, MD, PhD, Samsung Medical Center

Studierekorddatoer

Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.

Studer hoveddatoer

Studiestart (Faktiske)

17. desember 2020

Primær fullføring (Antatt)

31. desember 2029

Studiet fullført (Antatt)

31. desember 2031

Datoer for studieregistrering

Først innsendt

8. november 2020

Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene

6. desember 2020

Først lagt ut (Faktiske)

14. desember 2020

Oppdateringer av studieposter

Sist oppdatering lagt ut (Antatt)

12. september 2025

Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene

6. september 2025

Sist bekreftet

1. september 2025

Mer informasjon

Begreper knyttet til denne studien

Ytterligere relevante MeSH-vilkår

Andre studie-ID-numre

  • 2020-08-070-002

Plan for individuelle deltakerdata (IPD)

Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?

UBESLUTTE

Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter

Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt

Nei

Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt

Nei

Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .

Abonnere