Denna sida har översatts automatiskt och översättningens korrekthet kan inte garanteras. Vänligen se engelsk version för en källtext.

Klinisk tillämpning av genetisk sekvensering av tidig gastrisk cancer och gastriska adenompatienter

17 december 2020 uppdaterad av: Samsung Medical Center

Kliniskt sekvenseringsprojekt för tidig gastrisk cancer och precancerösa gastriska adenompatienter för personlig cancerklinik

Eftersom avancerad magcancer visar dålig prognos är det viktigt att upptäcka tidig magcancer eller precancerösa magadenompatienter som har en botningsgrad på 95 % eller mer. Dessutom kan en stor del av tidig magcancer resekeras helt genom endoskopisk resektion, vilket säkerställer en mycket hög livskvalitet för patienterna. Det finns dock för närvarande inga markörer som kan användas för diagnos av tidig magcancer eller gastriskt adenom. Dessutom är det största problemet efter endoskopisk resektion av tidig magcancer metakront återfall av cancern, vilket kräver upprepad endoskopisk resektion eller ytterligare kirurgisk gastrectomy. Det finns dock inga upptäckta markörer för förutsägelse av återfall.

Vätskebiopsi är en metod för att erhålla kroppsvätskor såsom magsaft eller effusion genom ett endoskopiskt inlopp under gastroskopi eller koloskopi och blod. Baserat på den avancerade analysmetoden avslöjar flytande biopsi mer genetisk information än vävnadsbiopsi. Därför är det högst troligt att det kommer att bli en viktig faktor i framtida personlig medicin. Därför utformades denna studie för att identifiera om tumörens molekylära profilering baserad på vävnad eller blod kunde användas för att förutsäga prognos och diagnos av tidig magcancer och precancerös magadenom.

Studieöversikt

Status

Okänd

Betingelser

Detaljerad beskrivning

  1. Insamling av tumörprover: Vävnad och 10 ml blod kommer att samlas in för genomisk undersökning av de histologiskt diagnostiserade med tidig magcancer eller precancerös gastrisk adenom lesion, och ytterligare vävnad och blod kommer att samlas in 2 månader, 1 år efter behandling och återfall.

  2. Lämplighet för tmor-prover

    : Tumörområden (> 60%) dissekeras under mikroskopi från 4 μm tjocka ofärgade sektioner i jämförelse med ett H&E-färgat objektglas, och genomiskt DNA extraherades med hjälp av ett Qiagen DNA FFPE Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Tyskland) enligt tillverkarens instruktioner. Efter extraktion mätte vi koncentrationer och 260/280 och 260/230 nm förhållanden med hjälp av en spektrofotometer (ND1000, Nanodrop Technologies, ThermoFisher Scientific, MA, USA). Varje prov kvantifierades sedan med en Qubit-fluorometer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Prover av genomiskt DNA med mer än 10 ng uppmätt med Qubit-fluorometern utsattes för AmpliSeq-biblioteksberedning. För att identifiera "drogbara" CNVs använde vi en 21-gen nCounter CNV-analys.

  3. Metod för tumörmolekylär profilering

    • Ion Torrent PGM Amplieq Cancer Panel 2.0: Vi använder Ion AmpliSep Cancer Panel V2 (Ion Torrent) för att upptäcka frekventa somatiska mutationer som valdes ut baserat på litteraturgenomgång. Den undersöker 285 mutationer i 50 vanligen muterade onkogener och tumörsuppressorgener. Först genomgick 10 ng DNA från varje 89 FFPE-tumörprov en-rör, multiplex PCR-amplikation med hjälp av Ion AmpliSepCancer Primer Pool och AmpliSepKit-reagensen (Life Technologies). . Fosforylatet som amplikonerna ligeras till jondaptrar och renas. För streckkodade biblioteksförberedelser byter vi ut streckkodsadaptrar från Ion XpressTM Library Kit. Det ligerade DNA:t genomgår nick-translation och amplicering för att fullborda kopplingen mellan adaptrar och amplikoner och för att generera tillräckligt med material för nedströms-mallbehandling. Två omgångar av Agencourt® AMPure® XP-reagensbindning vid 0,6 och 1,2 volymförhållanden pärla till prov avlägsnade ingående DNA och oinkorporerade primrar bildar amplikonerna. De slutliga biblioteksmolekylerna är 125-300 bp i storlek. Vi överför sedan biblioteken till Ion OneTouchTM-systemet för automatisk mallberedning. Sekvensering utförs på Ion PGMTM-sekvenseraren enligt tillverkarens instruktioner. Vi använder IonTorrent Software för automatiserad dataanalys.
    • nCounter copy Number Variation CodeSets: Vi specialdesignade en 21-gener CNV-analys enligt beskrivningen i en tidigare studie. De 21 generna inkluderade AURAKA, CCND1, CCNE1, CDK4, CDK6, CDNK1A, CDNK2A, EGFR, ERBB2, ERBB3, FGFR1, FGFR2, IGFR1R, KLF5, KRAS, MDM2, MET, MITF, MYC, PIK3CA och. För detektion av CNV användes nCounter Copy Number Variation CodeSets med 200 ng renat genomiskt DNA. DNA fragmenterades via Alul-klyvning och denaturerades vid 95°C. Fragmenterat DNA hybridiserades med koduppsättningen av 21 gener i nCounter Cancer CN Assay Kit (Nanostring Technologies) under 18 timmar vid 65°C och bearbetades enligt tillverkarens instruktioner. nCounter Digital Analyzer räknade och tabellerade signalerna från reportersonder. Kvantifierade data analyserades med hjälp av NanoStrings nSolver Analysis Software.

    • Immunhistokemi

      : RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-förlust (EGFR, CCNEI i utvalda fall)

    • Cancer Scan

      : riktad djupsekvensering vid Samsung Genome Institute

      : Illumina HiSeq2000/2500-baserad, MiSeq NGS-riktad sekvensering

    • ASFA™ Spotter
  4. Statistik : Analys av genetisk forskning är i första hand teknisk. Data presenteras med hjälp av sammanfattande statistiktabeller och grafer. Den totala sjukdomsfria överlevnaden beräknas med Kaplan-Meier-metoden genom journaler av försökspersoner som genomgått endoskopisk resektion.

Studietyp

Observationell

Inskrivning (Förväntat)

1730

Kontakter och platser

Det här avsnittet innehåller kontaktuppgifter för dem som genomför studien och information om var denna studie genomförs.

Studieorter

Deltagandekriterier

Forskare letar efter personer som passar en viss beskrivning, så kallade behörighetskriterier. Några exempel på dessa kriterier är en persons allmänna hälsotillstånd eller tidigare behandlingar.

Urvalskriterier

Åldrar som är berättigade till studier

19 år till 100 år (VUXEN, OLDER_ADULT)

Tar emot friska volontärer

N/A

Kön som är behöriga för studier

Allt

Testmetod

Sannolikhetsprov

Studera befolkning

Totalt kommer 1730 patienter med tidig magcancer och precancerösa magadenom att registreras. Baserat på tidigare studier förväntas cirka 20 % av försökspersonerna ha mutationer. I denna studie kommer metakron tumörrecidivfrekvens mellan mutationsgruppen och icke-mutationsgruppen att jämföras. I allmänhet rapporteras återkommande frekvens av metakron tumör efter endoskopisk resektion för tidig magcancer eller gastrisk ademon vara 6–10 %. I denna studie förväntas den metakrona tumörrecidivfrekvensen vara 10 % och 5 % i mutations- respektive icke-mutationsgruppen. När ett tvåsidigt chi-kvadrattest med en styrka på 5 % och 90 % typ 1-fel utförs förväntas 346 och 1384 utsatta ingå i mutationsgruppen respektive icke-mutationsgruppen.

Beskrivning

Inklusionskriterier:

  1. De som är över 19 år
  2. De som var histologiskt bekräftade med tidig magcancer eller precancerös magadenom
  3. Patienter med tidig magcancer eller precanceröst gastriskt adenom som faller under ovanstående kriterier som har överflödig vävnad lagrad från tidigare biopsi/endodoskopiskt avlägsnande för behandling och diagnos
  4. De vars förväntade livslängd är mer än 3 månader
  5. De som frivilligt har samtyckt till att delta i denna kliniska prövning

Exklusions kriterier:

  1. De som inte kommer att ge tillräckligt med prover
  2. De som anses olämpliga för denna studie efter forskarnas gottfinnande

Studieplan

Det här avsnittet ger detaljer om studieplanen, inklusive hur studien är utformad och vad studien mäter.

Hur är studien utformad?

Designdetaljer

Vad mäter studien?

Primära resultatmått

Resultatmått
Åtgärdsbeskrivning
Tidsram
Identifiera biomarkörer för differentialdiagnos mellan tidig magcancer och precanceröst adenom.
Tidsram: Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.

Tumörens molekylära profilering bedöms med följande metod:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel för nanostring-kopietalsvariation (CNV).
  3. Immunhistokemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-förlust (EGFR, CCNEI i utvalda fall)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-baserad, MiSeq NGS-riktad sekvensering
  5. ASFA™ Spotter
Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.
Identifiera prognostiska biomarkörer för att förutsäga återfall av tidig magcancer och precancerös adenom lesion.
Tidsram: Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.

Jämförelse av tumörens molekylära profil mellan fallen av recidiv och icke-recidiv.

Tumörens molekylära profilering bedöms med följande metod:

  1. Ion Torrent PGM Amplieq Canccer Panel 2.0
  2. Panel för nanostring-kopietalsvariation (CNV).
  3. Immunhistokemi: RET, ATM, PD-L1, FGFR2, MLH, EGFR, ALK, ROS, TRKA. MET, HER2, PTEN-förlust (EGFR, CCNEI i utvalda fall)
  4. Illumina HiSeq2000/2500-baserad, MiSeq NGS-riktad sekvensering
  5. ASFA™ Spotter
Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.

Sekundära resultatmått

Resultatmått
Åtgärdsbeskrivning
Tidsram
Förändring i tumörens molekylära profil på seriebiopsier vid tidpunkten för initial behandling, 2 månader efter behandling, 1 år efter behandling eller återfall.
Tidsram: Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.
Metoden för tumörens molekylära profilering är samma som ovan.
Från datumet för initial behandling till datumet för första recidiv eller upp till 2 år, beroende på vilket som inträffade först.

Samarbetspartners och utredare

Det är här du hittar personer och organisationer som är involverade i denna studie.

Sponsor

Samsung Medical Center

Utredare

  • Studierektor: Hyuk Lee, Professor, Samsung Medical Center

Studieavstämningsdatum

Dessa datum spårar framstegen för inlämningar av studieposter och sammanfattande resultat till ClinicalTrials.gov. Studieposter och rapporterade resultat granskas av National Library of Medicine (NLM) för att säkerställa att de uppfyller specifika kvalitetskontrollstandarder innan de publiceras på den offentliga webbplatsen.

Studera stora datum

Studiestart (FAKTISK)

17 december 2020

Primärt slutförande (FÖRVÄNTAT)

31 december 2022

Avslutad studie (FÖRVÄNTAT)

31 december 2022

Studieregistreringsdatum

Först inskickad

8 november 2020

Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna

6 december 2020

Första postat (FAKTISK)

14 december 2020

Uppdateringar av studier

Senaste uppdatering publicerad (FAKTISK)

21 december 2020

Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna

17 december 2020

Senast verifierad

1 september 2020

Mer information

Termer relaterade till denna studie

Ytterligare relevanta MeSH-villkor

Andra studie-ID-nummer

  • 2020-08-070-002

Plan för individuella deltagardata (IPD)

Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?

OBESLUTSAM

Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument

Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt

Nej

Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt

Nej

Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .

Kliniska prövningar på Tidig magcancer

Sök liknande försök

Sponsorer och medarbetare

Medicinska tillstånd

Läkemedelsinterventioner

CROs by country

CROs in Zambia

Betingelser

Sällsynta sjukdomar

Läkemedelsinterventioner

Kosttillskott

Sponsor / medarbetare

Platser

3
Prenumerera